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Yorodumi- PDB-6ekp: Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M S88Y with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ekp | ||||||
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Title | Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand | ||||||
Components | Trp operon repressor | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Ligand Binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.46 Å | ||||||
Authors | Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Herud-Sikimic, O. / Juergens, G. / Hocker, B. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2021 Title: A biosensor for the direct visualization of auxin Authors: Herud-Sikimic, O. / Stiel, A.C. / Kolb, M. / Shanmugaratnam, S. / Berendzen, K.W. / Feldhaus, C. / Hocker, B. / Juergens, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ekp.cif.gz | 143.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ekp.ent.gz | 113.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ekp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/6ekp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/6ekp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ejwC 6ejzC 6elbC 6elfC 6elgC 6eniC 6ennC 1troS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13559.525 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: trpR, rtrY, b4393, JW4356 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P0A881 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-P3G / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.05 Calcium Chloride 0.1M Bis-Tris pH 6.5 30% PEG 550 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.00002 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 25, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE-CRYSTAL SI / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00002 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.46→41.904 Å / Num. obs: 39396 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.292 % / Biso Wilson estimate: 23.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 20.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1tro Resolution: 1.46→41.904 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.43
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 141.97 Å2 / Biso mean: 39.1988 Å2 / Biso min: 18.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.46→41.904 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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