[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6elb: Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81M N87G... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6elb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81M N87G S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand | ||||||
Components | Trp operon repressor | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Ligand Binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.437 Å | ||||||
Authors | Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Herud-Sikimic, O. / Juergens, G. / Hocker, B. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2021 Title: A biosensor for the direct visualization of auxin Authors: Herud-Sikimic, O. / Stiel, A.C. / Kolb, M. / Shanmugaratnam, S. / Berendzen, K.W. / Feldhaus, C. / Hocker, B. / Juergens, G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6elb.cif.gz | 145.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6elb.ent.gz | 117 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6elb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6elb_validation.pdf.gz | 442.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6elb_full_validation.pdf.gz | 442.1 KB | Display | |
Data in XML | 6elb_validation.xml.gz | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6elb_validation.cif.gz | 19.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/6elb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/6elb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ejwC 6ejzC 6ekpC 6elfC 6elgC 6eniC 6ennC 1troS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 13518.452 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: trpR / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P0A881 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.46 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 25% PEG 3350 0.17M KCl 3% D-(+) Trehalose dihydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 25, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si111-DCM with sagital bender / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.437→45.37 Å / Num. obs: 41356 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.179 % / Biso Wilson estimate: 19.68 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 18.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1tro Resolution: 1.437→45.37 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.05
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.88 Å2 / Biso mean: 27.6782 Å2 / Biso min: 13.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.437→45.37 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
|