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万見
- PDB-6en4: SF3b core in complex with a splicing modulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6en4
タイトルSF3b core in complex with a splicing modulator
要素
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 3
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
キーワードSPLICING / Protein complex / splicing modulator
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / SAGA complex ...U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / SAGA complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal complex assembly / regulation of RNA splicing / U2 snRNA binding / regulation of DNA repair / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / stem cell differentiation / spliceosomal complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / nuclear speck / chromatin remodeling / mRNA binding / protein-containing complex binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / PPP2R1A-like HEAT repeat / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal ...Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / PPP2R1A-like HEAT repeat / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BGZ / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 3 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Splicing factor 3B subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Cretu, C. / Pena, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Splicing Modulation by Antitumor Macrolide Compounds.
著者: Cretu, C. / Agrawal, A.A. / Cook, A. / Will, C.L. / Fekkes, P. / Smith, P.G. / Luhrmann, R. / Larsen, N. / Buonamici, S. / Pena, V.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor 3B subunit 3
B: Splicing factor 3B subunit 5
C: Splicing factor 3B subunit 1
D: PHD finger-like domain-containing protein 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,0568
ポリマ－253,3234
非ポリマー7334
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15900 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area85290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.067, 154.568, 210.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Splicing factor 3B subunit ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein ...Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein 130 / SAP 130


分子量: 135018.984 Da / 分子数: 1 / 変異: internal deletion 1068-1085 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B3, KIAA0017, SAP130 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15393
#2: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10018.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B5, SF3B10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BWJ5
#3: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155


分子量: 96615.734 Da / 分子数: 1 / 変異: deletion 1-452 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B1, SAP155 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75533

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タンパク質 , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b


分子量: 11670.525 Da / 分子数: 1 / 変異: deletion 99-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF5A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7RTV0

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非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-BGZ / [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{S})-6-methyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] ethanoate / プラジエノリドB


分子量: 536.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H48O8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.83 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM HEPES-NaOH, pH 7-7.4, 200 mM KCl, and 38-39% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
PH範囲: 7.0-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→48.79 Å / Num. obs: 64636 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.85
反射 シェル解像度: 3.08→3.19 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6273 / CC1/2: 0.556 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IFE

5ife


解像度: 3.08→48.79 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 --
Rwork0.2325 --
obs-64404 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17205 0 41 0 17246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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