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- PDB-6emz: Structure of the Tn1549 transposon Integrase (aa 82-397, R225K) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6emz
タイトルStructure of the Tn1549 transposon Integrase (aa 82-397, R225K) in complex with circular intermediate DNA (CI5-DNA)
要素
  • (DNA (44-MER)) x 2
  • Int protein
キーワードRECOMBINATION / transposase protein - DNA complex / tyrosine recombinase / Y-transposase / Tn916-like conjugative transposon / antibiotic resistance transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, Tn916-type, N-terminal DNA binding / DNA binding domain of tn916 integrase / Core-binding (CB) domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Core-binding (CB) domain profile. / Phage integrase family / Integrase, catalytic domain / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Int protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Rubio-Cosials, A. / Barabas, O.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Transposase-DNA Complex Structures Reveal Mechanisms for Conjugative Transposition of Antibiotic Resistance.
著者: Rubio-Cosials, A. / Schulz, E.C. / Lambertsen, L. / Smyshlyaev, G. / Rojas-Cordova, C. / Forslund, K. / Karaca, E. / Bebel, A. / Bork, P. / Barabas, O.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Int protein
C: DNA (44-MER)
E: DNA (44-MER)
B: Int protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5954
ポリマ－99,5954
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15420 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area37290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.590, 125.060, 77.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Int protein / Integrase


分子量: 36258.668 Da / 分子数: 2 / 変異: R225K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: int / プラスミド: pETM28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q7BP35
#2: DNA鎖 DNA (44-MER)


分子量: 13607.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Circular intermediate DNA / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (44-MER)


分子量: 13469.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Circular intermediate DNA / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.98 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NH4-fluoride, 14% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→48.36 Å / Num. obs: 40207 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 13.29 / Net I/σ(I): 13.29
反射 シェル解像度: 2.52→2.67 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / CC1/2: 0.552 / Rsym value: 0.941 / % possible all: 79.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EMY

6emy


解像度: 2.79→48.357 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 1467 4.94 %
Rwork0.1965 --
obs0.1994 29672 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.63 Å2 / Biso mean: 67.3522 Å2 / Biso min: 21.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→48.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4839 1453 0 122 6414
Biso mean---43.97 -
残基数----703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3999205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4793669
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.79-2.88970.3121300.25872618274890
2.8897-3.00540.35391250.27232639276491
3.0054-3.14220.33241400.26352737287794
3.1422-3.30780.26131290.2272822295197
3.3078-3.5150.30261480.21762872302098
3.515-3.78630.2441580.20662873303199
3.7863-4.16710.2421660.17682874304099
4.1671-4.76970.23111520.162329103062100
4.7697-6.00750.24181590.179329193078100
6.0075-48.36470.22421600.174429413101100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6684.6468-4.07827.5141-5.07625.36790.05720.0715-0.2964-0.2712-0.2555-0.4383-0.01630.45960.20920.42370.04330.04360.3015-0.01150.31028.3457-22.0537-22.5433
26.4006-0.65211.89362.18230.07243.8005-0.13450.49950.3508-0.02550.0457-0.2592-0.35030.41070.08710.4326-0.08570.0150.23920.03790.34685.9884-11.0231-19.1378
31.2520.48790.96020.17150.27210.69560.0266-0.12651.10730.01360.06591.257-0.1723-0.1886-0.05630.63940.11170.2920.4929-0.03930.8614-25.1719-15.4383-12.9754
42.1972-0.3632-0.51113.43960.48322.1773-0.1973-0.0751-0.17760.6620.05090.62120.0938-0.10990.10780.4721-0.02760.15030.2878-0.02530.4666-22.2293-32.6279-8.8638
53.4113-0.5565-0.63777.67425.81786.0458-0.53140.06150.4038-0.37060.07470.57670.4303-0.04540.35930.6147-0.1279-0.23910.41190.01240.4923-17.4175-11.37656.0756
66.41990.763-1.82626.4769-4.35333.1560.93391.66250.7871-0.77160.63181.3949-1.605-0.7173-1.0950.91890.1898-0.09271.0839-0.15371.153-31.6389-30.7112-32.4403
73.5622-1.7733-3.11114.32070.00343.53980.13410.49480.1794-0.32820.04610.4206-0.3236-0.5929-0.2470.3003-0.0045-0.04840.3613-0.040.2918-11.3049-25.802-21.7799
85.87354.36084.29473.3463.27413.1570.2865-0.987-0.941-1.07080.0083-2.0979-1.613-1.2424-0.42371.5265-0.3258-0.18571.26070.05380.98233.7641-14.82730.9866
93.66652.7367-2.6872.7477-2.32292.20081.0395-0.77280.16581.1506-0.6259-0.81690.1745-0.087-0.43810.8599-0.1534-0.13510.5270.0570.60038.53766.18330.8038
103.56623.1898-0.41552.2826-0.195-0.00310.3322-0.2994-0.98650.3138-0.0378-0.9820.1478-0.2715-0.31060.84270.0016-0.15490.49990.13980.84147.87053.412727.6022
113.1142.4493-0.86861.9518-0.72730.2855-0.3285-3.50730.72151.80630.3425-1.1756-0.7405-0.6523-0.5241.25590.1048-0.21190.9983-0.32460.73122.7093-11.1564-5.8634
122.9027-1.6785-1.76923.15230.663.6353-0.19920.9612-0.8675-0.7768-0.15790.5358-0.4356-1.19110.17930.60270.0167-0.07640.6173-0.15860.4762-18.9391-29.9517-25.8909
133.9944-1.1932-0.86944.76691.28723.2112-0.08980.4139-1.2908-0.31670.017-1.14820.58220.7207-0.01860.7590.09850.18240.6034-0.10031.210521.4683-5.444310.3718
142.53421.22441.142.2256-0.22470.8152-0.23340.582-0.59760.35240.2204-0.66911.01630.7965-0.79191.18810.09840.40270.1563-0.15491.518911.5353-15.119313.4335
153.49661.63040.18294.2061-0.89953.3312-0.13490.1899-0.0236-0.52170.03370.62980.2916-0.29160.09210.4610.0671-0.01650.1760.00160.4453-8.7918.613721.7647
165.76053.5911-2.30244.5219-0.40713.8010.2766-0.17410.32170.1786-0.27650.9429-0.1824-0.0107-0.07410.41830.0755-0.01140.259-0.00980.4611-8.396217.787424.8358
170.26722.38410.0933.2472.11121.5928-0.21770.0340.0183-0.1192-0.17340.18860.34030.04880.33140.66020.0155-0.01350.3580.01160.3964-10.3408-7.955820.7909
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 81 through 127 )A81 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 179 )A128 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 180 through 205 )A180 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 206 through 356 )A206 - 356
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 357 through 396 )A357 - 396
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid -15 through -11 )C-15 - -11
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid -10 through -1 )C-10 - -1
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 0 through 4 )C0 - 4
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 5 through 20 )C5 - 20
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid -14 through 0 )E-14 - 0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 1 through 5 )E1 - 5
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 6 through 20 )E6 - 20
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 81 through 164 )B81 - 164
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 165 through 192 )B165 - 192
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 193 through 275 )B193 - 275
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 276 through 314 )B276 - 314
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 315 through 396 )B315 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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