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万見
- PDB-6emf: Crystal structure of Rrp1 from Chaetomium thermophilum in space g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6emf
タイトルCrystal structure of Rrp1 from Chaetomium thermophilum in space group C2
要素G0S4M2
キーワードRIBOSOME / Ribosome biogenesis / translation
機能・相同性Ribosomal RNA processing protein 1-like / Nucleolar protein,Nop52 / preribosome, small subunit precursor / rRNA processing / nucleus / PROLINE / Ribosomal RNA-processing protein 1
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Ahmed, Y.L. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Visualizing the Assembly Pathway of Nucleolar Pre-60S Ribosomes.
著者: Lukas Kater / Matthias Thoms / Clara Barrio-Garcia / Jingdong Cheng / Sherif Ismail / Yasar Luqman Ahmed / Gert Bange / Dieter Kressler / Otto Berninghausen / Irmgard Sinning / Ed Hurt / Roland Beckmann /
要旨: Eukaryotic 60S ribosomal subunits are comprised of three rRNAs and ∼50 ribosomal proteins. The initial steps of their formation take place in the nucleolus, but, owing to a lack of structural ...Eukaryotic 60S ribosomal subunits are comprised of three rRNAs and ∼50 ribosomal proteins. The initial steps of their formation take place in the nucleolus, but, owing to a lack of structural information, this process is poorly understood. Using cryo-EM, we solved structures of early 60S biogenesis intermediates at 3.3 Å to 4.5 Å resolution, thereby providing insights into their sequential folding and assembly pathway. Besides revealing distinct immature rRNA conformations, we map 25 assembly factors in six different assembly states. Notably, the Nsa1-Rrp1-Rpf1-Mak16 module stabilizes the solvent side of the 60S subunit, and the Erb1-Ytm1-Nop7 complex organizes and connects through Erb1's meandering N-terminal extension, eight assembly factors, three ribosomal proteins, and three 25S rRNA domains. Our structural snapshots reveal the order of integration and compaction of the six major 60S domains within early nucleolar 60S particles developing stepwise from the solvent side around the exit tunnel to the central protuberance.
履歴
登録2017年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G0S4M2
B: G0S4M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,86811
ポリマ－66,2032
非ポリマー6659
水2,108117
1
A: G0S4M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4126
ポリマ－33,1021
非ポリマー3105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: G0S4M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4565
ポリマ－33,1021
非ポリマー3544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.720, 74.675, 68.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 G0S4M2


分子量: 33101.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0031510 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0S4M2
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM Proline 100 mM HEPES pH 7.5 10% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→47.791 Å / Num. obs: 19400 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 32.56 Å2 / Net I/σ(I): 6.88

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→47.791 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.59 / 位相誤差: 25.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 988 5.1 %
Rwork0.1987 --
obs0.2004 19376 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.09 Å2 / Biso mean: 40.4765 Å2 / Biso min: 6.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→47.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3711 0 44 117 3872
Biso mean--61.96 39.62 -
残基数----461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4955179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8322770
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6501-2.78980.30211410.24912499264096
2.7898-2.96460.27911350.24726342769100
2.9646-3.19350.30541300.23042635276599
3.1935-3.51470.24961470.197926292776100
3.5147-4.02310.20481480.180326342782100
4.0231-5.06780.18921480.164526592807100
5.0678-47.79920.21151390.197526982837100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.4124 Å / Origin y: 1.8168 Å / Origin z: 34.3928 Å
111213212223313233
T0.0825 Å20.0149 Å20.0138 Å2-0.0702 Å20.0026 Å2--0.0839 Å2
L0.168 °20.008 °20.3736 °2-0.5174 °2-0.1022 °2--0.9239 °2
S0.0008 Å °-0.0031 Å °-0.0303 Å °0.0069 Å °-0.0273 Å °-0.0155 Å °-0.0283 Å °0.0163 Å °-0.0027 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 259
2X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 258
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 9
4X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 7
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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