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- PDB-6en7: Crystal structure of the ribosome assembly factor Nsa1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6en7
タイトルCrystal structure of the ribosome assembly factor Nsa1
要素Ribosome biogenesis protein NSA1
キーワードCHAPERONE / Ribosome / biogenesis
機能・相同性WDR74/Nsa1 / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / WD40-repeat-containing domain superfamily / nucleolus / nucleus / Ribosome biogenesis protein NSA1
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Altegoer, F. / Bange, G.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Visualizing the Assembly Pathway of Nucleolar Pre-60S Ribosomes.
著者: Lukas Kater / Matthias Thoms / Clara Barrio-Garcia / Jingdong Cheng / Sherif Ismail / Yasar Luqman Ahmed / Gert Bange / Dieter Kressler / Otto Berninghausen / Irmgard Sinning / Ed Hurt / Roland Beckmann /
要旨: Eukaryotic 60S ribosomal subunits are comprised of three rRNAs and ∼50 ribosomal proteins. The initial steps of their formation take place in the nucleolus, but, owing to a lack of structural ...Eukaryotic 60S ribosomal subunits are comprised of three rRNAs and ∼50 ribosomal proteins. The initial steps of their formation take place in the nucleolus, but, owing to a lack of structural information, this process is poorly understood. Using cryo-EM, we solved structures of early 60S biogenesis intermediates at 3.3 Å to 4.5 Å resolution, thereby providing insights into their sequential folding and assembly pathway. Besides revealing distinct immature rRNA conformations, we map 25 assembly factors in six different assembly states. Notably, the Nsa1-Rrp1-Rpf1-Mak16 module stabilizes the solvent side of the 60S subunit, and the Erb1-Ytm1-Nop7 complex organizes and connects through Erb1's meandering N-terminal extension, eight assembly factors, three ribosomal proteins, and three 25S rRNA domains. Our structural snapshots reveal the order of integration and compaction of the six major 60S domains within early nucleolar 60S particles developing stepwise from the solvent side around the exit tunnel to the central protuberance.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome biogenesis protein NSA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9821
ポリマ－51,9821
非ポリマー00
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.723, 81.100, 87.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA1 / NOP7-associated protein 1


分子量: 51982.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NSA1, YGL111W, G2990 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P53136
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 25% w/v PEG-1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→59.5 Å / Num. obs: 15750 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04384 / Net I/σ(I): 34.78
反射 シェル解像度: 2.4→2.489 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1126 / Mean I/σ(I) obs: 14.02 / Num. unique obs: 1543 / CC1/2: 0.992 / % possible all: 99.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5SUM

5sum


解像度: 2.403→46.408 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 19.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 745 4.73 %
Rwork0.1781 --
obs0.1801 15750 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→46.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2955 0 0 230 3185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5164052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.5481818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4027-2.58820.2491450.19582937X-RAY DIFFRACTION100
2.5882-2.84870.25541300.19752973X-RAY DIFFRACTION100
2.8487-3.26080.20531510.18752969X-RAY DIFFRACTION100
3.2608-4.10790.19681490.16442994X-RAY DIFFRACTION100
4.1079-46.41620.22411700.16813132X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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