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- PDB-6el8: Crystal structure of the Forkhead domain of human FOXN1 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6el8
タイトルCrystal structure of the Forkhead domain of human FOXN1 in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*C)-3')
  • Forkhead box protein N1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / FOXN1 / Thumus / transcription factor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of positive thymic T cell selection / lymphoid lineage cell migration into thymus / thymus epithelium morphogenesis / positive regulation of epithelial cell differentiation / nail development / positive regulation of hair follicle development / blood vessel morphogenesis / T cell lineage commitment / T cell homeostasis / hair follicle development ...regulation of positive thymic T cell selection / lymphoid lineage cell migration into thymus / thymus epithelium morphogenesis / positive regulation of epithelial cell differentiation / nail development / positive regulation of hair follicle development / blood vessel morphogenesis / T cell lineage commitment / T cell homeostasis / hair follicle development / epidermis development / keratinocyte differentiation / animal organ morphogenesis / defense response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...: / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein N1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Newman, J.A. / Aitkenhead, H.A. / Pinkas, D.M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the Forkhead domain of human FOXN1 in complex with DNA
著者: Newman, J.A. / Aitkenhead, H.A. / Pinkas, D.M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
履歴
登録2017年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年2月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_sheet_hbond ...atom_site / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 3.02018年4月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_poly_seq_scheme ...atom_site / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 3.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein N1
B: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*C)-3')
D: Forkhead box protein N1
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9376
ポリマ－38,9376
非ポリマー00
水5,639313
1
A: Forkhead box protein N1
B: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4693
ポリマ－19,4693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
2
D: Forkhead box protein N1
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4693
ポリマ－19,4693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.848, 43.284, 58.317
Angle α, β, γ (deg.)90.05, 95.67, 93.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Forkhead box protein N1 / Winged-helix transcription factor nude


分子量: 11524.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First two residues remain from cleavage of purification tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXN1, RONU, WHN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15353
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*A)-3')


分子量: 3998.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3945.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 8% Peg 4000, 0.1M Acetate pH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月30日
放射モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→34.52 Å / Num. obs: 44332 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.61→1.65 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1937 / CC1/2: 0.963 / Rpim(I) all: 0.333 / % possible all: 53.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OCN

5ocn


解像度: 1.61→34 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 2080 4.75 %
Rwork0.1938 --
obs0.1959 43746 89.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1442 1054 0 313 2809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4743824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4561410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6097-1.64720.431810.40891502X-RAY DIFFRACTION49
1.6472-1.68840.4302870.37761912X-RAY DIFFRACTION61
1.6884-1.7340.39531380.36542530X-RAY DIFFRACTION82
1.734-1.78510.3871580.35112801X-RAY DIFFRACTION91
1.7851-1.84270.37911700.30672894X-RAY DIFFRACTION93
1.8427-1.90850.34061420.2852926X-RAY DIFFRACTION95
1.9085-1.98490.27871550.25362958X-RAY DIFFRACTION95
1.9849-2.07530.2961280.24843013X-RAY DIFFRACTION96
2.0753-2.18470.29941410.22392981X-RAY DIFFRACTION97
2.1847-2.32150.27011350.2153030X-RAY DIFFRACTION97
2.3215-2.50070.25841560.20152989X-RAY DIFFRACTION97
2.5007-2.75230.25761550.19873005X-RAY DIFFRACTION97
2.7523-3.15030.25441360.20393058X-RAY DIFFRACTION98
3.1503-3.96810.20071330.15733037X-RAY DIFFRACTION97
3.9681-34.53190.16991650.13683030X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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