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- PDB-5ocn: Crystal structure of the forkhead domain of human FOXN1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ocn
タイトルCrystal structure of the forkhead domain of human FOXN1
要素Forkhead box protein N1
キーワードTRANSCRIPTION / Forkhead domain / thymus / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of positive thymic T cell selection / lymphoid lineage cell migration into thymus / thymus epithelium morphogenesis / nail development / positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of hair follicle development / blood vessel morphogenesis / T cell lineage commitment / T cell homeostasis / epidermis development ...regulation of positive thymic T cell selection / lymphoid lineage cell migration into thymus / thymus epithelium morphogenesis / nail development / positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of hair follicle development / blood vessel morphogenesis / T cell lineage commitment / T cell homeostasis / epidermis development / hair follicle development / keratinocyte differentiation / animal organ morphogenesis / defense response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...: / : / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Forkhead box protein N1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Pinkas, D.M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the forkhead domain of human FOXN1
著者: Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Pinkas, D.M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
履歴
登録2017年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年2月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein N1
B: Forkhead box protein N1
C: Forkhead box protein N1
D: Forkhead box protein N1
E: Forkhead box protein N1
F: Forkhead box protein N1
G: Forkhead box protein N1
H: Forkhead box protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,50816
ポリマ－92,1958
非ポリマー3138
水36020
1
A: Forkhead box protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5241
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Forkhead box protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5241
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Forkhead box protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5241
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Forkhead box protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5241
非ポリマー391
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Forkhead box protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5241
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Forkhead box protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5241
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Forkhead box protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5241
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Forkhead box protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5632
ポリマ－11,5241
非ポリマー391
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.141, 78.203, 263.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Forkhead box protein N1 / Winged-helix transcription factor nude


分子量: 11524.400 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXN1, RONU, WHN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O15353
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 32 % PEG 3350, 0.25 M Potassium Citrate tribasic, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→43.92 Å / Num. obs: 24950 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.321 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3240 / CC1/2: 0.876 / Rpim(I) all: 0.713 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2c6y

2c6y


解像度: 2.7→43.913 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2838 1269 5.12 %
Rwork0.2511 --
obs0.2527 24773 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.913 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5307 0 8 20 5335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4637384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.883235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036789
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003915
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.80810.46041430.39392583X-RAY DIFFRACTION99
2.8081-2.93590.39611130.33432524X-RAY DIFFRACTION99
2.9359-3.09060.32771540.30472532X-RAY DIFFRACTION98
3.0906-3.28420.29391320.28812605X-RAY DIFFRACTION100
3.2842-3.53770.29311430.27772588X-RAY DIFFRACTION100
3.5377-3.89350.30891300.23662598X-RAY DIFFRACTION100
3.8935-4.45640.26021490.22752602X-RAY DIFFRACTION99
4.4564-5.61280.24371570.22062665X-RAY DIFFRACTION100
5.6128-43.9190.26991480.23612807X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.80481.32950.60713.589-0.88763.7826-0.0611-0.38360.12690.09590.29110.4725-0.1266-0.4415-0.23470.37110.0460.04220.44270.08520.47412.0243-1.4826-57.6107
24.60630.7971-3.03576.376-2.61837.8403-0.019-0.1582-0.3276-0.2911-0.341-0.6033-0.11430.29920.3250.42810.0202-0.00820.38840.04460.485423.11733.9129-73.5848
34.49070.4203-0.35244.83362.44736.05510.12630.0849-0.09160.297-0.07420.2545-0.1588-0.021-0.03570.45890.07520.07240.45080.03350.4997.902-9.4648-40.7406
45.30431.27960.32832.3709-0.04488.4521-0.0953-0.083-0.49220.08770.0263-0.07591.43260.15220.15840.86290.01810.08690.4389-0.010.522820.6616-6.9385-90.5615
53.06531.04860.21595.41940.94728.95750.06650.8130.0824-0.39890.09820.4253-0.2932-1.4382-0.12430.89840.0108-0.00361.15640.00290.61942.86714.0993-105.9241
65.3247-2.7085-2.1535.8225-1.42544.46210.2785-0.2940.59610.3669-0.2141-0.3106-0.5995-0.61870.0871.2338-0.0136-0.15930.8347-0.01440.70210.713710.3712-123.269
73.73790.2536-0.05285.72081.14256.50460.0715-0.3289-0.61690.7144-0.16270.26851.0108-0.70940.03041.0865-0.21180.05140.72790.10170.57322.8828-8.1297-155.8463
84.36752.9363-0.31154.7028-0.41065.22680.48140.074-0.33760.4421-0.3723-0.19931.3740.3821-0.13721.41310.1013-0.11040.69490.06030.578414.4489-10.0097-139.4897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 270 through 363)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 270 through 363)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 272 through 363)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 274 through 362)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 272 through 361)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 270 through 361)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 275 through 362)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 275 through 362)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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