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- PDB-6eko: Crystal structure of Type IIP restriction endonuclease PfoI with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eko
タイトルCrystal structure of Type IIP restriction endonuclease PfoI with cognate DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*T)-3')
  • Restriction endonuclease PfoI
キーワードHYDROLASE / Restriction endonuclease / PD-(D/E)xK nuclease
機能・相同性type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease PfoI
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.284 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Manakova, E. / Jovaisaite, V. / Grazulis, S. / Siksnys, V.
資金援助リトアニア, 2件
組織認可番号国
Research Council of LithuaniaMIP-41/2013リトアニア
European UnionBioStruct-X (grant agreement 283570)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Unique mechanism of target recognition by PfoI restriction endonuclease of the CCGG-family.
著者: Tamulaitiene, G. / Manakova, E. / Jovaisaite, V. / Tamulaitis, G. / Grazulis, S. / Bochtler, M. / Siksnys, V.
履歴
登録2017年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease PfoI
B: Restriction endonuclease PfoI
F: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8518
ポリマ－79,6914
非ポリマー1604
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The dimeric assembly is evidenced by gel filtration, dynamic light scattering, crystal structure and from the homology to other related restriction endonucleases
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13620 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area25820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.279, 91.663, 152.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Restriction endonuclease PfoI


分子量: 35587.695 Da / 分子数: 2 / 変異: K187A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / Variant: biovar 126 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: A0A452CST9*PLUS, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*T)-3')


分子量: 4257.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cognate oligoduplex with 3'-T-overhang and unpaired central recognition sequence base pair (C-C)
由来: (合成) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 % / 解説: needles
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Reservoir: 20% PEG8000, 0.1M TrisHCl pH8.5, LiCl 0.2M and glycerol 10%. Protein-DNA complex concentration 5.3 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: cryo-protected by passing through mineral oil
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.96112,0.98010
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月3日
詳細: Rh-coated Si mirrors: M1 collimating mirror, M2 toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Water-cooled double-crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961121
20.98011
反射解像度: 2.28→47.96 Å / Num. obs: 36181 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.216 / Rsym value: 0.198 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.28→2.41 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4683 / Rpim(I) all: 0.442 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Jun 17, 2015 BUILT=20150617データ削減
SCALACCP4 6.2: Scala version 3.3.20 : 23/06/11データスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
Coot0.6.1 Miramar (revision 2740)モデル構築
PHENIX1.8.3_1479精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.284→47.96 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 6650 9.77 %
Rwork0.2051 --
obs0.2094 36082 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.284→47.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4919 564 4 263 5750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0857739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1472129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005895
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2842-2.31010.36021520.34941526X-RAY DIFFRACTION73
2.3101-2.33730.39852000.32281831X-RAY DIFFRACTION86
2.3373-2.36580.30611780.3041945X-RAY DIFFRACTION94
2.3658-2.39580.34692170.31132058X-RAY DIFFRACTION98
2.3958-2.42730.35952090.27832110X-RAY DIFFRACTION100
2.4273-2.46050.29612180.28212079X-RAY DIFFRACTION100
2.4605-2.49570.33432480.26392056X-RAY DIFFRACTION100
2.4957-2.53290.32761820.25852106X-RAY DIFFRACTION100
2.5329-2.57250.28961910.25522093X-RAY DIFFRACTION100
2.5725-2.61470.2992210.2712095X-RAY DIFFRACTION100
2.6147-2.65980.25372430.27992052X-RAY DIFFRACTION100
2.6598-2.70810.3262070.25742138X-RAY DIFFRACTION100
2.7081-2.76020.34042270.24532048X-RAY DIFFRACTION100
2.7602-2.81660.29812120.24782111X-RAY DIFFRACTION100
2.8166-2.87780.28052260.24722062X-RAY DIFFRACTION100
2.8778-2.94470.32882570.23932054X-RAY DIFFRACTION100
2.9447-3.01840.28662350.23952079X-RAY DIFFRACTION100
3.0184-3.10.29032130.2362110X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.19120.3092170.22952070X-RAY DIFFRACTION100
3.1912-3.29410.26982460.22142082X-RAY DIFFRACTION100
3.2941-3.41180.26542540.20012036X-RAY DIFFRACTION100
3.4118-3.54840.25162270.17632104X-RAY DIFFRACTION100
3.5484-3.70980.21562070.17962097X-RAY DIFFRACTION100
3.7098-3.90530.20082410.16252057X-RAY DIFFRACTION100
3.9053-4.14990.17982660.15152063X-RAY DIFFRACTION100
4.1499-4.47010.17562130.13962063X-RAY DIFFRACTION100
4.4701-4.91950.15052200.1342100X-RAY DIFFRACTION100
4.9195-5.63050.1972690.15172049X-RAY DIFFRACTION100
5.6305-7.09010.20972280.16092080X-RAY DIFFRACTION100
7.0901-47.97110.16952260.15982051X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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