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- PDB-6ejv: Nuclease NucB from Bacillus licheniformis in sulphate free conditions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ejv
タイトルNuclease NucB from Bacillus licheniformis in sulphate free conditions
要素Nuclease
キーワードHYDROLASE / nuclease / DNAse / metal dependent
機能・相同性Deoxyribonuclease NucA/NucB / Deoxyribonuclease NucA/NucB / Nuclease
機能・相同性情報
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Stransky, J. / Dohnalek, J. / Oestergaard, L.A.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
European Regional Development FundCZ.1.05.11.00/02.0109 チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LM2015043 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of novel nuclease NucB from Bacillus licheniformis
著者: Stransky, J. / Dohnalek, J. / Oestergaard, L.H.
履歴
登録2017年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease
B: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1253
ポリマ－24,0032
非ポリマー1221
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, The enzyme forms dimer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.440, 58.470, 72.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclease


分子量: 12001.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: putative EC3.1.21.1
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: nucB, BL00126 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: Q65J43
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.12 M 1,6-Hexanediol 0.12 M 1-Butanol 0.12 M 1,2-Propanediol 0.12 M 2-Propanol 0.12 M 1,4-Butanediol 0.12 M 1,3-Propanediol 0.1 M Tris and Bicine pH 8.5 12.5 % v/v 2-Methyl- -2,4,- ...詳細: 0.12 M 1,6-Hexanediol 0.12 M 1-Butanol 0.12 M 1,2-Propanediol 0.12 M 2-Propanol 0.12 M 1,4-Butanediol 0.12 M 1,3-Propanediol 0.1 M Tris and Bicine pH 8.5 12.5 % v/v 2-Methyl- -2,4,-pentanediol 12.5 % PEG 1000 12.5 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2+ 70 kV / 波長: 1.3418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日 / 詳細: HELIOS MX
放射モノクロメーター: GOEBLE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.5 Å / Num. obs: 24852 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 14.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1354 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.518 / Rrim(I) all: 1.018 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EJS

6ejs


解像度: 1.75→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.087
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1667 1199 4.8 %RANDOM
Rwork0.1569 ---
obs0.1574 24802 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.45 Å2 / Biso mean: 22.3148 Å2 / Biso min: 11.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1676 0 8 280 1964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191807
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8181.9512450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.69133805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6965239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.12521.95487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.36715299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2551523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212091
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.731.759907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7191.753905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5272.6221139
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 92 -
Rwork0.243 1705 -
all-1797 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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