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万見
- PDB-6i23: Flavin Analogue Sheds Light on Light-Oxygen-Voltage Domain Mechanism -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i23
タイトルFlavin Analogue Sheds Light on Light-Oxygen-Voltage Domain Mechanism
要素(Aureochrome1-like ...) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / LOV Domain / FMN / Dark grown / fluorescence / light sensing / transcription factor PAS domain / Ochronomas danica
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9O9 / ACETATE ION / Aureochrome1-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ochromonas danica (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Kalvaitis, M.E. / Allemann, R.K. / Mart, R.J. / Johnson, L.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: A Noncanonical Chromophore Reveals Structural Rearrangements of the Light-Oxygen-Voltage Domain upon Photoactivation.
著者: Kalvaitis, M.E. / Johnson, L.A. / Mart, R.J. / Rizkallah, P. / Allemann, R.K.
履歴
登録2018年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aureochrome1-like protein
B: Aureochrome1-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,80415
ポリマ－29,1372
非ポリマー1,66713
水2,288127
1
A: Aureochrome1-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1187
ポリマ－14,3821
非ポリマー7366
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aureochrome1-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6868
ポリマ－14,7551
非ポリマー9317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.563, 104.563, 68.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-523-

HOH

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要素

-
Aureochrome1-like ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aureochrome1-like protein


分子量: 14382.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ochromonas danica (真核生物) / 遺伝子: OdAUREO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5NSW6
#2: タンパク質 Aureochrome1-like protein


分子量: 14754.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ochromonas danica (真核生物) / 遺伝子: OdAUREO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5NSW6

-
非ポリマー , 6種, 140分子

#3: 化合物 ChemComp-9O9 / 1-deoxy-1-(7,8-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimido[4,5-b]quinolin-10(2H)-yl)-5-O-phosphono-D-ribitol / 1-デオキシ-1-[3,4-ジヒドロ-7,8-ジメチル-2,4-ジオキソピリミド[4,5-b]キノリン-10(2H)-(以下略)


分子量: 455.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N3O9P
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Na citrate, 0.3 M NH4 chloride, 15-20% PEG 2000
PH範囲: 4.5 - 4.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→90.55 Å / Num. obs: 30564 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 1.451 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2235 / CC1/2: 0.942 / Rrim(I) all: 1.521 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A8B

5a8b


解像度: 2→90.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 10.242 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 9 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 1501 5.1 %RANDOM
Rwork0.18746 ---
obs0.18917 27817 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.833 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.37 Å2-1.19 Å20 Å2
2---2.37 Å20 Å2
3---7.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→90.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 108 127 2277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022204
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7172.0142986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00134707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7735268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11124.851101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.40315358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5291513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5363.1351059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5153.1291056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4034.6831321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4034.6861322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8763.4461145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8763.4471146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.025.031663
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.84637.1142665
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.84637.1312666
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 121 -
Rwork0.349 2023 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0898-0.2306-0.6324.59841.39122.1081-0.10960.407-0.2682-0.33720.21110.13130.1305-0.1662-0.10150.0597-0.0575-0.02020.0868-0.01490.0508-35.114534.5844-2.7867
23.20460.15650.49374.73161.11152.2727-0.0077-0.28680.42050.5425-0.04380.1676-0.0348-0.00220.05150.0928-0.02340.01690.043-0.03710.0613-46.769912.43963.7788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A178 - 307
2X-RAY DIFFRACTION2B178 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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