PDB-6eju: Nuclease NucB from Bacillus licheniformis in P1 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eju

タイトル

Nuclease NucB from Bacillus licheniformis in P1 space group

要素

Nuclease

キーワード

HYDROLASE / nuclease / DNAse / metal dependent

機能・相同性

Deoxyribonuclease NucA/NucB / Deoxyribonuclease NucA/NucB / Nuclease

機能・相同性情報

生物種

Bacillus licheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Stransky, J. / Dohnalek, J. / Oestergaard, L.A.

資金援助

チェコ, 3件

組織	認可番号	国
European Regional Development Fund	CZ.1.05/1.1.00/02.0109	チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)	LM2015043	チェコ
European Regional Development Fund	CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776	チェコ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of novel nuclease NucB from Bacillus licheniformis
著者: Stransky, J. / Dohnalek, J. / Oestergaard, L.H.

履歴

登録	2017年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eju.cif.gz	62.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eju.ent.gz	44.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eju.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eju_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eju_full_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示
XML形式データ	6eju_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	6eju_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/6eju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/6eju	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ejsC 6ejtSC 6ejvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5omt-d 3akm-2 2jx3-d 4dx9-19 6ivd-1 1tou-d 2wcl-d 5ier-4 1lid-d 2myt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nuclease

B: Nuclease

ヘテロ分子

24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, The enzyme forms dimer in solution
12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	23.227, 48.000, 52.203
Angle α, β, γ (deg.)	75.510, 89.530, 89.600
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nuclease 分子量: 12001.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: putative EC 3.1.21.1 由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) 遺伝子: nucB, BL00126 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: Q65J43
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 0.02 M MnCl2 (soaked)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.823 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月4日
放射	モノクロメーター: 2 MIRROR AND DOUBLE-CRYSTAL MONCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.823 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→46.47 Å / Num. obs: 15502 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 21.43 Å² / CC_1/2: 0.979 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 722 / CC_1/2: 0.639 / R_pim(I) all: 0.148 / R_rim(I) all: 0.236 / % possible all: 64.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ejt

6ejt

解像度: 1.9→46.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.13
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1767	795	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1736	-	-	-
obs	0.1738	15489	90.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.54 Å² / B_iso mean: 25.4376 Å² / B_iso min: 1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0.34 Å²	-1.05 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0.77 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1676	0	40	242	1958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.67	1.965	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.733	3	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.739	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.208	22.381	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.366	15	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.27	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.892	2.254	876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.855	2.25	875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.786	3.369	1093

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	38	-
R_work	0.333	809	-
all	-	847	-
obs	-	-	67.01 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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