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- PDB-6ejm: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD81 LARGE EXTRACELLULAR LOOP IN COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ejm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD81 LARGE EXTRACELLULAR LOOP IN COMPLEX WITH SINGLE CHAIN FV FRAGMENT 5
要素
  • CD81 antigen
  • SINGLE CHAIN FV FRAGMENT
キーワードCELL ADHESION / HELICAL BUNDLE / ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / macrophage fusion / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / osteoclast fusion / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of macrophage migration ...positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / macrophage fusion / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / osteoclast fusion / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of macrophage migration / immunological synapse formation / transferrin receptor binding / protein localization to lysosome / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / MHC class II protein binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of B cell proliferation / Regulation of Complement cascade / basal plasma membrane / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / receptor internalization / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class II protein complex binding / integrin binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / vesicle / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cd81 Antigen, Extracellular Domain; Chain: A / Tetraspanin / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Cd81 Antigen, Extracellular Domain; Chain: A / Tetraspanin / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Harris, S.F. / Villasenor, A.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structure-Guided Combinatorial Engineering Facilitates Affinity and Specificity Optimization of Anti-CD81 Antibodies.
著者: Nelson, B. / Adams, J. / Kuglstatter, A. / Li, Z. / Harris, S.F. / Liu, Y. / Bohini, S. / Ma, H. / Klumpp, K. / Gao, J. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2017年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD81 antigen
B: CD81 antigen
H: SINGLE CHAIN FV FRAGMENT
I: SINGLE CHAIN FV FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8434
ポリマ－73,8434
非ポリマー00
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area27130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.351, 100.502, 116.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CD81 antigen / 26 kDa cell surface protein TAPA-1 / Target of the antiproliferative antibody 1 / Tetraspanin-28 / Tspan-28


分子量: 10922.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD81, TAPA1, TSPAN28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60033
#2: 抗体 SINGLE CHAIN FV FRAGMENT


分子量: 25999.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 1.75 M ammonium sulfate, 1 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→41.57 Å / Num. obs: 40627 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1421 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 30.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→41.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 6.573 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.233
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27825 2064 5.1 %RANDOM
Rwork0.21538 ---
obs0.21856 38497 85.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.397 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å20 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→41.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4843 0 0 229 5072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9731.9596691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2675627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.2424.33194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.55415836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1241520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1281.53129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12325033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1931812
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1394.51658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.149→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 37 -
Rwork0.329 895 -
obs--26.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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