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- PDB-6eit: Coxsackievirus A24v in complex with the D1-D2 fragment of ICAM-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eit
タイトルCoxsackievirus A24v in complex with the D1-D2 fragment of ICAM-1
要素
  • Intercellular adhesion molecule 1
  • VP1
  • VP2
  • VP3
キーワードVIRUS / Enterovirus / Receptor / Complex / picornavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / membrane to membrane docking / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / membrane to membrane docking / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / Interleukin-10 signaling / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / immunological synapse / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to leukemia inhibitory factor / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / cellular response to glucose stimulus / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to amyloid-beta / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / integrin binding / transmembrane signaling receptor activity / viral capsid / signaling receptor activity / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / virus receptor activity / channel activity / : / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / monoatomic ion transmembrane transport / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / RNA helicase activity / cell adhesion / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / external side of plasma membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / focal adhesion / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / proteolysis / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Immunoglobulin domain / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like ...: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Immunoglobulin domain / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Intercellular adhesion molecule 1 / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Hurdiss, D.L. / Ranson, N.A.
資金援助 オランダ, ドイツ, 英国, 3件
組織認可番号国
Netherlands Organization for Scientific ResearchNWO-VICI-91812628 オランダ
German Research FoundationSFB685 ドイツ
Wellcome Trust102572/B/13/Z 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Role of enhanced receptor engagement in the evolution of a pandemic acute hemorrhagic conjunctivitis virus.
著者: Jim Baggen / Daniel L Hurdiss / Georg Zocher / Nitesh Mistry / Richard W Roberts / Jasper J Slager / Hongbo Guo / Arno L W van Vliet / Maryam Wahedi / Kimberley Benschop / Erwin Duizer / ...著者: Jim Baggen / Daniel L Hurdiss / Georg Zocher / Nitesh Mistry / Richard W Roberts / Jasper J Slager / Hongbo Guo / Arno L W van Vliet / Maryam Wahedi / Kimberley Benschop / Erwin Duizer / Cornelis A M de Haan / Erik de Vries / José M Casasnovas / Raoul J de Groot / Niklas Arnberg / Thilo Stehle / Neil A Ranson / Hendrik Jan Thibaut / Frank J M van Kuppeveld /
要旨: Acute hemorrhagic conjunctivitis (AHC) is a painful, contagious eye disease, with millions of cases in the last decades. Coxsackievirus A24 (CV-A24) was not originally associated with human disease, ...Acute hemorrhagic conjunctivitis (AHC) is a painful, contagious eye disease, with millions of cases in the last decades. Coxsackievirus A24 (CV-A24) was not originally associated with human disease, but in 1970 a pathogenic "variant" (CV-A24v) emerged, which is now the main cause of AHC. Initially, this variant circulated only in Southeast Asia, but it later spread worldwide, accounting for numerous AHC outbreaks and two pandemics. While both CV-A24 variant and nonvariant strains still circulate in humans, only variant strains cause AHC for reasons that are yet unknown. Since receptors are important determinants of viral tropism, we set out to map the CV-A24 receptor repertoire and establish whether changes in receptor preference have led to the increased pathogenicity and rapid spread of CV-A24v. Here, we identify ICAM-1 as an essential receptor for both AHC-causing and non-AHC strains. We provide a high-resolution cryo-EM structure of a virus-ICAM-1 complex, which revealed critical ICAM-1-binding residues. These data could help identify a possible conserved mode of receptor engagement among ICAM-1-binding enteroviruses and rhinoviruses. Moreover, we identify a single capsid substitution that has been adopted by all pandemic CV-A24v strains and we reveal that this adaptation enhances the capacity of CV-A24v to bind sialic acid. Our data elucidate the CV-A24v receptor repertoire and point to a role of enhanced receptor engagement in the adaptation to the eye, possibly enabling pandemic spread.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3880
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3880
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: VP1
2: VP2
3: VP3
4: Intercellular adhesion molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1314
ポリマ－100,1314
非ポリマー00
水00
1
1: VP1
2: VP2
3: VP3
4: Intercellular adhesion molecule 1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,007,868240
ポリマ－6,007,868240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
Buried area11340 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area41720 Å2
手法UCSF CHIMERA
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 34378.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
細胞株: Normal human conjunctival (NHC) cells / 参照: UniProt: G3C8J7, UniProt: V9VEF3*PLUS
#2: タンパク質 VP2


分子量: 29817.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
細胞株: Normal human conjunctival (NHC) cells / 参照: UniProt: A0A088F913, UniProt: V9VEF3*PLUS
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26637.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
細胞株: Normal human conjunctival (NHC) cells / 参照: UniProt: Q0GYP7, UniProt: V9VEF3*PLUS
#4: タンパク質 Intercellular adhesion molecule 1 / ICAM-1 / Major group rhinovirus receptor


分子量: 9297.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ICAM1 / 細胞株 (発現宿主): CHO Lec3.2.8.1 cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P05362
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Coxsackievirus A24v in complex with the D1 and D2 domains of ICAM-1COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Coxsackievirus A24COMPLEX#1-#31NATURAL
3D1 and D2 domains of ICAM-1COMPLEX#41RECOMBINANT
分子量値: 8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)12089
23homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻直径: 300 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.5
詳細: TBS buffer (Coxsackievirus A24v) Phosphate buffer (ICAM-1 D1-D2)
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
グリッドのタイプ: Lacey grids coated in a 3 nm carbon film (Agar Scientific, UK)
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 8 K
詳細: On-grid binding of the receptor was performed by applying 3 microliters of ICAM-1 (9.85 mg/ml) to the pre-blotted, virus-containing grid, and leaving for 30 seconds before blotting and freezing

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2652

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 2 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: gCTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26311 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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