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万見
- PDB-6egn: Crystal Structure of a Three-stranded Coiled Coil Peptide Contain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6egn
タイトルCrystal Structure of a Three-stranded Coiled Coil Peptide Containing a Trigonal Planar Hg(II)S3 Site Modified by D-Leu in the Second Coordination Sphere
要素Hg(II)(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3-
キーワードDE NOVO PROTEIN / De Novo Three-stranded Helical Coiled Coil Peptide / Hg(II)S3 complex / D-amino acids / D-Leu / Trigonal Planar Hg(II) Structure
機能・相同性: / PROLINE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01ES012236 米国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2019
タイトル: How Outer Coordination Sphere Modifications Can Impact Metal Structures in Proteins: A Crystallographic Evaluation.
著者: Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.title ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hg(II)(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3-
B: Hg(II)(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3-
C: Hg(II)(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3-
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,13912
ポリマ－12,4173
非ポリマー3,7229
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.636, 80.508, 88.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質・ペプチド Hg(II)(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3-


分子量: 4138.846 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 174分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#4: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% w/v PEG3350
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月19日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 20279 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 36.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 178615
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.84-1.878.20.46810110.9050.1740.5010.63799.4
1.87-1.9190.42310350.9270.1520.4510.69699.6
1.91-1.949.30.379910.9340.1320.3940.74199.5
1.94-1.989.50.32910090.9640.1160.350.72299.4
1.98-2.039.50.28910650.9550.1010.3070.78199.4
2.03-2.079.20.2499950.9680.0890.2650.84199.1
2.07-2.129.40.21510070.9620.0770.2290.89199.2
2.12-2.189.30.19410330.9780.070.2070.91898.8
2.18-2.259.20.1710030.9750.0620.1820.94898.6
2.25-2.329.20.15510230.9770.0580.1660.9698.1
2.32-2.48.90.1469930.9790.0550.1571.05197.7
2.4-2.590.13910390.9860.0520.1491.06698.1
2.5-2.618.80.1299880.9840.0490.1381.10197
2.61-2.758.90.12210190.9890.0460.1311.13897
2.75-2.928.90.1169990.9830.0450.1251.13896.1
2.92-3.158.60.10810130.9850.0410.1171.18195.7
3.15-3.468.50.09510060.9890.0360.1021.14395.1
3.46-3.9680.08910150.9920.0340.0961.14395
3.96-4.997.80.08610210.990.0340.0931.09893.4
4.99-507.10.08710140.9870.0370.0951.14986.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
HKL-2000データ収集
精密化解像度: 1.84→19.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Blow DPI: 0.099 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.091
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 980 4.85 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 20219 96.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 147.85 Å2 / Biso mean: 46.02 Å2 / Biso min: 22.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.19 Å20 Å20 Å2
2---1.391 Å20 Å2
3---8.5809 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→19.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数862 0 38 165 1065
Biso mean--95.83 54.75 -
残基数----114
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d388SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes131HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it955HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion119SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1184SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d967HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1291HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.52
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 127 4.52 %
Rwork0.227 2682 -
all0.229 2809 -
obs--93.29 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0074-1.4675.1197-4.79364.2396-0.0044-0.2824-0.14540.2124-0.5755-0.6338-0.07280.50350.5798-0.0708-0.0621-0.0630.04710.12550.03152.50265.292417.9375
20.1323-0.56552.8621-3.84534.5143-0.02450.0176-0.08760.15740.0476-0.0275-0.0799-0.1445-0.023-0.0003-0.0238-0.0281-0.0050.0476-0.0074-6.89845.240215.1706
31.2519-1.27041.0749-2.13543.4425-0.1215-0.0293-0.1765-0.3627-0.103-0.22950.6890.08650.2245-0.01950.03760.0557-0.00950.05290.0502-1.35630.015210.7418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|*}A0 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2{B|*}B0 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3{C|*}C0 - 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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