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- PDB-6efg: Pyruvate decarboxylase from Kluyveromyces lactis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6efg
タイトルPyruvate decarboxylase from Kluyveromyces lactis
要素Pyruvate decarboxylase
キーワードLYASE / pyruvate decarboxylase / thiamine diphosphate / substrate activation
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...: / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Kutter, S. / Konig, S.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structures of pyruvate decarboxylase from Kluyveromyces lactis in the absence of ligands and in the presence of the substrate surrogate pyruvamide
著者: Kutter, S. / Konig, S.
#1: ジャーナル: FEBS J. / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of pyruvate decarboxylase from Kluyveromyces lactis. Implications for the substrate activation mechanism of this enzyme.
著者: Kutter, S. / Wille, G. / Relle, S. / Weiss, M.S. / Hubner, G. / Konig, S.
履歴
登録2018年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate decarboxylase
B: Pyruvate decarboxylase
D: Pyruvate decarboxylase
E: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,66612
ポリマ－246,8674
非ポリマー1,7988
水5,549308
1
A: Pyruvate decarboxylase
B: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3336
ポリマ－123,4342
非ポリマー8994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area37660 Å2
手法PISA
2
D: Pyruvate decarboxylase
E: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3336
ポリマ－123,4342
非ポリマー8994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area37560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.360, 78.480, 100.570
Angle α, β, γ (deg.)80.10, 67.72, 77.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Pyruvate decarboxylase


分子量: 61716.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
参照: UniProt: Q12629, pyruvate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 2 mg/mL KlPDC in 2 mM MES, 18 mM citrate, pH 6.25, 4 mM thiamine diphosphate, 4 mM magnesium sulfate, 2 mM DTT, 1:1 with mother liquor (18-24% w/v PEG2000/PEG6000), ~25 days at 8 degrees C, ...詳細: 2 mg/mL KlPDC in 2 mM MES, 18 mM citrate, pH 6.25, 4 mM thiamine diphosphate, 4 mM magnesium sulfate, 2 mM DTT, 1:1 with mother liquor (18-24% w/v PEG2000/PEG6000), ~25 days at 8 degrees C, soaked for 30 seconds in 2 uL mother liquor + 2 uL 15% w/v glycerol, 200 mM acetaldehyde prior to flash freezing.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→38.25 Å / Num. obs: 126964 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 24.75 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.04→2.08 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4511 / CC1/2: 0.689 / Rpim(I) all: 0.508 / Rrim(I) all: 0.837 / % possible all: 66.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
xia20.5.492-g24d9851b-dials-1.8データ削減
XDS20180409データ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2VK4

2vk4


解像度: 2.04→38.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 9.157 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.223 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2903 970 0.8 %RANDOM
Rwork0.22069 ---
obs0.22123 125994 93.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.997 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å2-1.22 Å2-0.76 Å2
2---1.37 Å20.62 Å2
3---1.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.04→38.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16531 0 108 308 16947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01416986
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01715486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.66123137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9191.63536202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.72652133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.90323.607793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.669152797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9431572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.22293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.983.7648562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.983.7638561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4025.63110682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4015.63210683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0954.0448424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0954.0448425
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7195.94512455
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.01445.03719349
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.01445.03419332
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.044→2.097 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 56 -
Rwork0.38 7349 -
obs--73.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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