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- PDB-6ef4: Crystal structure of mouse PP2A Aalpha P179R mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ef4
タイトルCrystal structure of mouse PP2A Aalpha P179R mutant
要素Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
キーワードPROTEIN BINDING / PP2A / Aalpha
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / ERKs are inactivated / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Co-inhibition by CTLA4 / Beta-catenin phosphorylation cascade / Co-stimulation by CD28 / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Negative regulation of MAPK pathway / Spry regulation of FGF signaling ...Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / ERKs are inactivated / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Co-inhibition by CTLA4 / Beta-catenin phosphorylation cascade / Co-stimulation by CD28 / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Negative regulation of MAPK pathway / Spry regulation of FGF signaling / Regulation of TP53 Degradation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Cyclin D associated events in G1 / meiotic spindle elongation / RAF activation / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / PKR-mediated signaling / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / mitotic sister chromatid separation / protein phosphatase type 2A complex / DARPP-32 events / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / FAR/SIN/STRIPAK complex / Platelet sensitization by LDL / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / ERK/MAPK targets / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / female meiotic nuclear division / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / protein antigen binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein serine/threonine phosphatase activity / T cell homeostasis / chromosome, centromeric region / lateral plasma membrane / negative regulation of hippo signaling / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / chromosome segregation / protein heterodimerization activity / neuronal cell body / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / HEAT repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant ...: / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / HEAT repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang, Z. / Shen, G. / Xu, W.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2019
タイトル: The Highly Recurrent PP2A A alpha-Subunit Mutation P179R Alters Protein Structure and Impairs PP2A Enzyme Function to Promote Endometrial Tumorigenesis.
著者: Taylor, S.E. / O'Connor, C.M. / Wang, Z. / Shen, G. / Song, H. / Leonard, D. / Sangodkar, J. / LaVasseur, C. / Avril, S. / Waggoner, S. / Zanotti, K. / Armstrong, A.J. / Nagel, C. / Resnick, ...著者: Taylor, S.E. / O'Connor, C.M. / Wang, Z. / Shen, G. / Song, H. / Leonard, D. / Sangodkar, J. / LaVasseur, C. / Avril, S. / Waggoner, S. / Zanotti, K. / Armstrong, A.J. / Nagel, C. / Resnick, K. / Singh, S. / Jackson, M.W. / Xu, W. / Haider, S. / DiFeo, A. / Narla, G.
履歴
登録2018年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5101
ポリマ－65,5101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.523, 122.523, 160.963
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A isoform R1-alpha


分子量: 65509.500 Da / 分子数: 1 / 変異: P179R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ppp2r1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76MZ3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 17427 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 112094
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3.4-3.56.313960.7270.4560.88998.7
3.5-3.616.614350.7910.3630.86999.90.8720.946
3.61-3.746.614200.8710.160.9921000.3860.419
3.74-3.896.614080.9410.1570.9261000.3790.411
3.89-4.076.614440.9630.1211.01799.90.2910.316
4.07-4.286.614210.9750.0911.0531000.2190.237
4.28-4.556.514580.9850.0671.1021000.1590.173
4.55-4.96.514390.9910.0511.0499.90.120.13
4.9-5.46.514520.9910.0491.04899.90.1150.125
5.4-6.176.414800.9930.0441.0531000.1030.112
6.17-7.786.214910.9980.0281.01699.60.0650.071
7.78-505.915830.9990.0170.93498.30.0370.041

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IAE

2iae


解像度: 3.4→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 25.45 / SU ML: 0.383 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 884 5.1 %RANDOM
Rwork0.2187 ---
obs0.2196 16510 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 239.45 Å2 / Biso mean: 126.481 Å2 / Biso min: 73.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å20 Å20 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3---2.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4465 0 0 0 4465
残基数----572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0124536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8451.6276155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2995571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9422.986221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.87815832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9621528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023294
LS精密化 シェル解像度: 3.399→3.487 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 54 -
Rwork0.319 1153 -
all-1207 -
obs--94.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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