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- PDB-6edx: Crystal Structure of SGK3 PX domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6edx
タイトルCrystal Structure of SGK3 PX domain
要素Serine/threonine-protein kinase Sgk3
キーワードTRANSFERASE / PX domain / endosome / trafficking / sorting nexin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-binding transcription factor activity / chloride channel regulator activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / calcium channel regulator activity / sodium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / regulation of cell migration / phosphatidylinositol binding / regulation of cell growth / recycling endosome ...regulation of DNA-binding transcription factor activity / chloride channel regulator activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / calcium channel regulator activity / sodium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / regulation of cell migration / phosphatidylinositol binding / regulation of cell growth / recycling endosome / Stimuli-sensing channels / regulation of cell population proliferation / early endosome / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Sgk3, catalytic domain / CISK, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Protein kinase, C-terminal ...Serine/threonine-protein kinase Sgk3, catalytic domain / CISK, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase Sgk3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.009 Å
データ登録者Chandra, M. / Collins, B.M.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP160101743 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1099114 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1136021 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Classification of the human phox homology (PX) domains based on their phosphoinositide binding specificities.
著者: Chandra, M. / Chin, Y.K. / Mas, C. / Feathers, J.R. / Paul, B. / Datta, S. / Chen, K.E. / Jia, X. / Yang, Z. / Norwood, S.J. / Mohanty, B. / Bugarcic, A. / Teasdale, R.D. / Henne, W.M. / Mobli, M. / Collins, B.M.
履歴
登録2018年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Sgk3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0882
ポリマ－13,9961
非ポリマー921
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.339, 74.339, 51.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Sgk3 / Cytokine-independent survival kinase / Serum/glucocorticoid-regulated kinase 3 / ...Cytokine-independent survival kinase / Serum/glucocorticoid-regulated kinase 3 / Serum/glucocorticoid-regulated kinase-like


分子量: 13996.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SGK3, CISK, SGKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96BR1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Sodium Citrate, 2M Sodium Malonate (pH 5.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.009→42.59 Å / Num. obs: 9533 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.009→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique obs: 682 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.051

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XTE

1xte


解像度: 2.009→42.59 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 26.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2128 966 10.13 %
Rwork0.187 --
obs0.1907 9533 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.009→42.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数952 0 6 21 979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.981328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.963381
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0109-2.11690.26261400.24771193X-RAY DIFFRACTION89
2.1169-2.24940.24661360.25521231X-RAY DIFFRACTION90
2.2494-2.4230.25791340.23331213X-RAY DIFFRACTION90
2.423-2.66660.23611370.23721225X-RAY DIFFRACTION90
2.6666-3.0520.22261360.21451208X-RAY DIFFRACTION90
3.052-3.84320.22741400.16841223X-RAY DIFFRACTION90
3.8432-26.2850.16831430.13371256X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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