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万見
- PDB-6ede: tRNA 2'-phosphotransferase -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ede
タイトルtRNA 2'-phosphotransferase
要素Probable RNA 2'-phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / KptA / Tpt1 / TRPT1
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1/KptA family, N-terminal domain / RNA 2'-phosphotransferase KptA, putative / Phosphotransferase KptA/Tpt1 / RNA 2'-phosphotransferase, N-terminal domain / RNA 2'-phosphotransferase, C-terminal domain / RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HQG / Probable RNA 2'-phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.553 Å
データ登録者Shuman, S. / Goldgur, Y. / Banerjee, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 GM126945 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of tRNA splicing enzyme Tpt1 illuminates the mechanism of RNA 2'-PO4recognition and ADP-ribosylation.
著者: Banerjee, A. / Munir, A. / Abdullahu, L. / Damha, M.J. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
履歴
登録2018年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable RNA 2'-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0752
ポリマ－23,4361
非ポリマー6391
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.284, 53.284, 308.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1192-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable RNA 2'-phosphotransferase


分子量: 23435.961 Da / 分子数: 1 / 変異: C46S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372) (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: kptA, Cthe_3059
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A3DJX6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-HQG / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate / Appr-1′′p


分子量: 639.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N5O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 10 %MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 39099 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 17.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 56.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / CC1/2: 0.884 / Rpim(I) all: 0.208 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6E3A

6e3a


解像度: 1.553→46.145 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1876 2000 5.14 %
Rwork0.1727 --
obs0.1735 38941 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.553→46.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1459 0 40 201 1700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8532082
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.826921
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5534-1.59220.22861360.2282496X-RAY DIFFRACTION97
1.5922-1.63530.21161370.19772548X-RAY DIFFRACTION100
1.6353-1.68340.22411410.18382584X-RAY DIFFRACTION100
1.6834-1.73770.18521390.17432569X-RAY DIFFRACTION100
1.7377-1.79980.20861390.17562588X-RAY DIFFRACTION100
1.7998-1.87190.17661400.16482585X-RAY DIFFRACTION100
1.8719-1.95710.19391420.16732619X-RAY DIFFRACTION100
1.9571-2.06030.19111410.16842612X-RAY DIFFRACTION100
2.0603-2.18940.2011430.16342617X-RAY DIFFRACTION100
2.1894-2.35840.21931410.17452625X-RAY DIFFRACTION100
2.3584-2.59570.18171440.17912669X-RAY DIFFRACTION100
2.5957-2.97130.17461480.17332716X-RAY DIFFRACTION100
2.9713-3.74320.16081470.15992722X-RAY DIFFRACTION100
3.7432-46.16560.19591620.17742991X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.1205 Å / Origin y: -5.2842 Å / Origin z: 12.6288 Å
111213212223313233
T0.1526 Å20.0147 Å2-0.0038 Å2-0.1294 Å20.0327 Å2--0.1254 Å2
L0.7996 °2-0.7048 °20.0003 °2-2.434 °20.2863 °2--1.3936 °2
S0.0178 Å °0.0041 Å °0.0323 Å °-0.0833 Å °0.0034 Å °0.0215 Å °-0.0664 Å °-0.0127 Å °-0.003 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 4 through 900)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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