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- PDB-6edd: Crystal structure of a GNAT Superfamily PA3944 acetyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6edd
タイトルCrystal structure of a GNAT Superfamily PA3944 acetyltransferase in complex with CoA (P1 space group)
要素Acetyltransferase PA3944
キーワードTRANSFERASE / PA3944 / GNAT / acetyltransferase / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性: / Acetyltransferase (GNAT) domain / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Acyl-CoA N-acyltransferase / COENZYME A / Acetyltransferase PA3944
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Czub, M.P. / Porebski, P.J. / Majorek, K.A. / Satchell, K.J. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: A Gcn5-Related N-Acetyltransferase (GNAT) Capable of Acetylating Polymyxin B and Colistin Antibiotics in Vitro.
著者: Czub, M.P. / Zhang, B. / Chiarelli, M.P. / Majorek, K.A. / Joe, L. / Porebski, P.J. / Revilla, A. / Wu, W. / Becker, D.P. / Minor, W. / Kuhn, M.L.
履歴
登録2018年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase PA3944
B: Acetyltransferase PA3944
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,15815
ポリマ－44,1922
非ポリマー1,96613
水8,485471
1
A: Acetyltransferase PA3944
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9887
ポリマ－22,0961
非ポリマー8926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acetyltransferase PA3944
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1708
ポリマ－22,0961
非ポリマー1,0747
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.452, 44.175, 60.125
Angle α, β, γ (deg.)81.880, 73.320, 89.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 191 / Label seq-ID: 11 - 193

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetyltransferase PA3944 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT


分子量: 22096.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA3944 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q9HX72, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 484分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 ul of 10 mg/ml protein incubated with 5mM CoA and 5 mM colistin was mixed with 0.2 ul of the well condition (MCSG suite I condition 11 - 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate, ...詳細: 0.3 ul of 10 mg/ml protein incubated with 5mM CoA and 5 mM colistin was mixed with 0.2 ul of the well condition (MCSG suite I condition 11 - 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate, 20% w/v PEG 3000) and equilibrated against well solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月9日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.914
11H, -K, H-L20.086
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 49684 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.423 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 121370
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.582.10.39724400.7730.3350.5210.7993.5
1.58-1.612.40.3823830.7760.3210.50.85694.1
1.61-1.642.50.31625160.8290.2660.4140.83795.1
1.64-1.672.50.29224200.8540.2460.3830.87195.2
1.67-1.712.50.23524700.8950.1980.3090.90395.4
1.71-1.752.50.21324850.9040.1780.2790.93395.9
1.75-1.792.50.17824610.9340.1490.2330.98895.6
1.79-1.842.50.15125070.9540.1260.1971.02396
1.84-1.892.50.12624320.9640.1050.1651.12696
1.89-1.952.50.11224910.970.0940.1471.45396
1.95-2.022.50.08525200.9820.0710.1121.39996.7
2.02-2.12.50.07324800.9880.060.0951.45796.9
2.1-2.22.50.06424960.990.0530.0831.61397.2
2.2-2.322.50.05925400.9910.0490.0771.77297.4
2.32-2.462.50.05225130.9930.0420.0671.68497.6
2.46-2.652.50.04725250.9940.0380.0611.80397.8
2.65-2.922.50.04325050.9940.0350.0562.03897.7
2.92-3.342.40.03625550.9950.0290.0472.15297.7
3.34-4.212.40.03124600.9970.0250.042.09696.4
4.21-502.40.03424850.9960.0270.0442.50195.7

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EDV

6edv


解像度: 1.55→34.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU R Cruickshank DPI: 0.0202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.019
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1935 2225 4.7 %RANDOM
Rwork0.1656 ---
obs0.167 44683 91.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.32 Å2 / Biso mean: 19.859 Å2 / Biso min: 8.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.34 Å25.97 Å22.72 Å2
2---15.22 Å2-1.77 Å2
3---3.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→34.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3036 0 130 476 3642
Biso mean--22.9 31.34 -
残基数----377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0143360
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.6814599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7311.6716717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5225406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.94619.144222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06215491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.491546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02675
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6260 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.554→1.594 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 53 -
Rwork0.201 1129 -
all-1182 -
obs--30.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.18180.480.15813.1643-2.18773.9929-0.38780.2381-0.3513-0.17970.0087-0.53810.67840.6490.3790.22390.07870.05070.26140.01610.162525.706-2.94961.185
22.201-1.90460.24921.9031-0.02140.79040.17110.2893-0.2474-0.1369-0.1970.2760.0936-0.11440.02590.037-0.02860.00450.2201-0.00520.143912.978-1.87451.205
31.9927-0.8683-1.04670.38330.50342.69270.2130.3385-0.1885-0.1163-0.14880.0786-0.0998-0.0981-0.06430.18070.0054-0.00670.2895-0.0090.18979.1785.99644.816
42.32131.1101-1.2012.8719-0.39371.8458-0.02050.1206-0.0234-0.1166-0.0013-0.10590.11920.10580.02180.01910.00220.00530.12730.00190.069521.7450.42752.936
51.17620.8478-0.57352.2152-0.02030.96080.03170.0448-0.0377-0.00790.0037-0.106-0.01120.0625-0.03530.0041-0.0040.01040.12390.00450.075421.51110.35259.015
61.20660.72460.1553.3912-0.09561.57650.0523-0.00130.02870.0583-0.03970.1498-0.1378-0.133-0.01250.0240.00240.02260.10360.00350.061412.16218.75962.539
71.6406-0.29581.60871.8405-0.43615.7229-0.02760.20150.0691-0.1885-0.0040.1616-0.1467-0.21290.03150.0608-0.00450.02790.12920.00520.091112.92122.25151.329
85.81222.96574.63416.62617.424511.15490.2594-0.87350.32920.6791-0.36110.57580.1437-0.7060.10170.2535-00.14580.27460.02820.283725.75216.25370.961
95.9849-1.7876-4.34357.57463.38936.7624-0.1220.29870.0557-0.4109-0.0432-0.077-0.01840.15530.16520.266-0.0020.00170.34440.03410.263713.56211.27341.24
101.55460.99780.86151.63220.01143.97940.0822-0.16-0.12740.0672-0.00350.16720.3123-0.2828-0.07860.04640.00610.01430.13010.01420.105720.4899.38126.732
113.0860.1471-0.49540.446-0.20061.06510.004-0.13550.09490.1264-0.0138-0.0758-0.04370.12940.00990.0473-0.01430.00240.1690.00960.099627.17718.43434.228
121.1544-0.3158-0.52792.2486-0.97931.6790.0244-0.1030.07110.21060.0126-0.0327-0.08960.0248-0.0370.0256-0.01890.00220.12760.00110.056223.11420.16526.002
138.8076-4.5022-1.94523.04040.94641.2631-0.02080.1896-0.1593-0.06-0.01230.27460.0405-0.22220.0330.0768-0.0106-0.00850.10620.01520.080116.74320.01817.235
142.1674-0.7479-0.22643.8478-0.4341.428-0.0016-0.26630.08870.3990.0108-0.2248-0.2120.1067-0.00920.071-0.02110.00370.1250.01150.08227.833.19223.97
155.28371.26412.50265.2111.57536.16560.0213-0.40320.10710.45670.0012-0.3743-0.04560.1176-0.02260.11050.00860.0180.10710.01080.114326.05435.45924.836
162.2792-3.01875.35636.1327-6.770512.65330.17920.41020.119-0.827-0.381-0.40610.31310.92930.20170.19960.05840.11050.35710.08620.244315.10929.62911.007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3A43 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4A57 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5A86 - 140
6X-RAY DIFFRACTION6A141 - 164
7X-RAY DIFFRACTION7A165 - 185
8X-RAY DIFFRACTION8A186 - 192
9X-RAY DIFFRACTION9B0 - 8
10X-RAY DIFFRACTION10B9 - 32
11X-RAY DIFFRACTION11B33 - 69
12X-RAY DIFFRACTION12B70 - 112
13X-RAY DIFFRACTION13B113 - 134
14X-RAY DIFFRACTION14B135 - 175
15X-RAY DIFFRACTION15B176 - 185
16X-RAY DIFFRACTION16B186 - 192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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