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- PDB-5ctv: Catalytic domain of LytA, the major autolysin of Streptococcus pn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ctv
タイトルCatalytic domain of LytA, the major autolysin of Streptococcus pneumoniae, (C60A, H133A, C136A mutant) complexed with peptidoglycan fragment
要素
  • Autolysin
  • fragment of peptidoglycan
キーワードHYDROLASE / LytA / pneumococci / autolysis / amidase / peptidoglycan complex / antibiotics
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / establishment of competence for transformation / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. ...Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Achour, A. / Sandalova, T. / Mellroth, P.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of the major pneumococcal autolysin LytA in complex with a large peptidoglycan fragment reveals the pivotal role of glycans for lytic activity.
著者: Sandalova, T. / Lee, M. / Henriques-Normark, B. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Mellroth, P. / Achour, A.
履歴
登録2015年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autolysin
C: fragment of peptidoglycan
E: fragment of peptidoglycan
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1814
ポリマ－22,1783
非ポリマー1,0031
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area8060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.566, 54.623, 78.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Autolysin / Cell wall hydrolase / Mucopeptide aminohydrolase / Murein hydrolase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase


分子量: 21199.262 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-180 / 変異: C60A, H133A, C136A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: lytA, SP_1937
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P06653, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: タンパク質・ペプチド fragment of peptidoglycan


分子量: 489.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1002.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: PEG 6000, 1M LiCl, 0.1M Tris HCl / PH範囲: 5.9-6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→45 Å / Num. obs: 90326 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 65.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IVV

4ivv


解像度: 1.05→44.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.728 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15273 4525 5 %RANDOM
Rwork0.13383 ---
obs0.13477 85673 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.125 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.05→44.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 0 248 1736
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191568
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9772130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82633272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.225189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.80224.86876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.56715233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.948157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2410.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8650.718739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7570.713738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0571.07921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0771.075922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1870.869829
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2020.869829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5861.2551203
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.3347.521998
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.7056.6081857
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.51432989
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.649565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.28453126
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 345 -
Rwork0.222 6223 -
obs--99.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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