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- PDB-6ecj: Human cytochrome c G41T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ecj
タイトルHuman cytochrome c G41T
要素Cytochrome c
キーワードAPOPTOSIS / cytochrome c / heme / glycine to threonine substitution
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of apoptosome / apoptosome / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / cellular respiration / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen ...Formation of apoptosome / apoptosome / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / cellular respiration / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / execution phase of apoptosis / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Pyroptosis / : / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
Model detailsG41T variant
データ登録者Fellner, M. / Jameson, G.N.L. / Ledgerwood, E.C. / Wilbanks, S.M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Altered structure and dynamics of pathogenic cytochrome c variants correlate with increased apoptotic activity.
著者: Fellner, M. / Parakra, R. / McDonald, K.O. / Kass, I. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M. / Ledgerwood, E.C.
履歴
登録2018年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年2月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
B: Cytochrome c
C: Cytochrome c
D: Cytochrome c
E: Cytochrome c
F: Cytochrome c
G: Cytochrome c
H: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,42516
ポリマ－93,4778
非ポリマー4,9488
水3,351186
1
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3032
ポリマ－11,6851
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3032
ポリマ－11,6851
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3032
ポリマ－11,6851
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3032
ポリマ－11,6851
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3032
ポリマ－11,6851
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3032
ポリマ－11,6851
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3032
ポリマ－11,6851
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3032
ポリマ－11,6851
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.060, 76.170, 232.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 5...
21(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 5...
31(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 5...
41(chain D and (resid 1 or (resid 2 through 5...
51(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 5...
61(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 5...
71(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 5...
81(chain H and (resid 1 through 52 or (resid 53...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 5...A1
121(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 5...A2 - 5
131(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 5...A1 - 105
141(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 5...A1 - 105
151(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 5...A1 - 105
161(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 5...A1 - 105
211(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 5...B1
221(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 5...B2 - 5
231(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 5...B1 - 105
241(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 5...B1 - 105
251(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 5...B1 - 105
261(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 5...B1 - 105
311(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 5...C1
321(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 5...C2 - 5
331(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 5...C1 - 105
341(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 5...C1 - 105
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411(chain D and (resid 1 or (resid 2 through 5...D1
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611(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 5...F1
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651(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 5...F1 - 105
661(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 5...F1 - 105
711(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 5...G1
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731(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 5...G1 - 105
741(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 5...G1 - 105
751(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 5...G1 - 105
761(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 5...G1 - 105
811(chain H and (resid 1 through 52 or (resid 53...H1 - 52
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851(chain H and (resid 1 through 52 or (resid 53...H1 - 105
861(chain H and (resid 1 through 52 or (resid 53...H1 - 105
871(chain H and (resid 1 through 52 or (resid 53...H1 - 105
881(chain H and (resid 1 through 52 or (resid 53...H1 - 105

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome c


分子量: 11684.635 Da / 分子数: 8 / 変異: G41T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYCS, CYC / プラスミド: pBTR(HumanCc) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P99999
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 % / Mosaicity: 0.41 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Hanging drops of 1 microL of 30.1 mg/mL of reduced protein and 1 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (30% (w/v) polyethylene glycol 5000, 60 mM ...詳細: Hanging drops of 1 microL of 30.1 mg/mL of reduced protein and 1 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (30% (w/v) polyethylene glycol 5000, 60 mM lithiumsulfate, 50 mM Tris-HCl pH 8.5). The protein solution was 26 mM sodium phosphate, 37 mM sodium chloride, 14 mM sodium dithionite (pH 7.6).

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→77.61 Å / Num. obs: 32753 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.229 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 233952 / Scaling rejects: 171
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.764 / Num. unique obs: 4277 / CC1/2: 0.852 / Rpim(I) all: 0.303 / Rrim(I) all: 0.823 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation8.2 Å72.39 Å
Translation8.2 Å72.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.13-2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NWV

3nwv


解像度: 2.7→65.06 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 1598 4.92 %
Rwork0.2149 --
obs0.2166 32683 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.06 Å2 / Biso mean: 27.7552 Å2 / Biso min: 5.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→65.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6211 0 344 186 6741
Biso mean--21.05 22.78 -
残基数----832
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2544X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
12B2544X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
13C2544X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
14D2544X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
15E2544X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
16F2544X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
17G2544X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
18H2544X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7-2.74220.35341410.294526332774
2.7422-2.78710.26961180.279926852803
2.7871-2.83520.33561410.270126522793
2.8352-2.88680.30831130.256126322745
2.8868-2.94230.28251370.25326802817
2.9423-3.00230.28421400.251426092749
3.0023-3.06760.321160.264427182834
3.0676-3.1390.31431580.275226492807
3.139-3.21750.28921370.246726222759
3.2175-3.30450.27141420.245826542796
3.3045-3.40170.29181190.217826652784
3.4017-3.51150.27191290.21326502779
3.5115-3.6370.23981530.216226642817
3.637-3.78260.23211050.214326712776
3.7826-3.95470.22461480.193226352783
3.9547-4.16320.28061520.187126512803
4.1632-4.4240.16651400.1626302770
4.424-4.76550.21661760.1726512827
4.7655-5.24480.18331320.17726402772
5.2448-6.00330.20431460.179526422788
6.0033-7.56170.21281550.192326332788
7.5617-65.07880.20991200.197426642784

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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