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- PDB-6e6t: Dieckmann cyclase, NcmC, bound to cerulenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e6t
タイトルDieckmann cyclase, NcmC, bound to cerulenin
要素NcmC
キーワードLYASE/ANTIBIOTIC / Dieckmann cyclase / off-loading / Dieckmann condensation / LYASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold / Chem-HVV / NcmC
機能・相同性情報
生物種Saccharothrix syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Cogan, D.P. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Enzymatic Off-Loading of Hybrid Polyketides by Dieckmann Condensation.
著者: Cogan, D.P. / Ly, J. / Nair, S.K.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 2.02020年8月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / diffrn / diffrn_radiation / entity / exptl_crystal_grow / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_keywords / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _diffrn_radiation.monochromator / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns_shell.number_unique_obs / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_num_residues
解説: Real space R-factor / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NcmC
B: NcmC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2716
ポリマ－57,6292
非ポリマー6434
水6,738374
1
A: NcmC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1363
ポリマ－28,8141
非ポリマー3212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NcmC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1363
ポリマ－28,8141
非ポリマー3212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.269, 80.269, 77.743
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 NcmC


分子量: 28814.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharothrix syringae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X9WEN9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HVV / (4S,5R)-4,5-dihydroxy-5-[(3E,6E)-octa-3,6-dien-1-yl]pyrrolidin-2-one / cerulenin, bound form


分子量: 225.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 1.8% w/v PEG400, 4% v/v formamide, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 3 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月4日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→80.27 Å / Num. obs: 64817 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.605 Å / Rmerge(I) obs: 0.924 / Num. unique obs: 6221

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3908精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6E6Y

6e6y


解像度: 1.6→45.84 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2182 3174 4.9 %RANDOM
Rwork0.1878 61593 --
obs0.1893 64767 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.47 Å2 / Biso mean: 23.6338 Å2 / Biso min: 7.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→45.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3896 0 42 374 4312
Biso mean--21.79 31.11 -
残基数----525
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.620.31721140.29092521263595
1.62-1.650.2961450.27662605275097
1.65-1.680.2451000.250427272827100
1.68-1.710.2793990.239726992798100
1.71-1.740.24811630.225726472810100
1.74-1.770.24711390.20826892828100
1.77-1.810.25981200.206927122832100
1.81-1.840.22221270.194926672794100
1.85-1.890.2221830.182126352818100
1.89-1.940.24121230.174826982821100
1.94-1.990.21331280.180226812809100
1.99-2.050.19751270.179126982825100
2.05-2.110.18591640.169926902854100
2.11-2.190.22031320.170226692801100
2.19-2.270.1971620.172626542816100
2.28-2.380.21211830.179626602843100
2.38-2.50.22691220.180226902812100
2.5-2.660.24191440.185726772821100
2.66-2.870.2261260.185427302856100
2.87-3.150.19111120.193727092821100
3.15-3.610.20731890.181226462835100
3.61-4.550.21891340.169927292863100
4.55-45.840.20611380.186527602898100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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