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- PDB-6e5u: Crystal structure of the mRNA export receptor NXF1/NXT1 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e5u
タイトルCrystal structure of the mRNA export receptor NXF1/NXT1 in complex with influenza virus NS1 protein
要素
  • (Non-structural protein 1) x 2
  • NTF2-related export protein 1
  • Nuclear RNA export factor 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / mRNA nuclear export
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / nuclear pore central transport channel / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus ...nuclear RNA export factor complex / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / nuclear pore central transport channel / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / mRNA export from nucleus / nuclear pore / protein export from nucleus / small GTPase binding / cytoplasmic stress granule / protein transport / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / nuclear speck / mRNA binding / host cell nucleus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / Nuclear transport factor 2/Mtr2 / Influenza virus non-structural protein, effector domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Influenza A virus NS1 protein ...Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / Nuclear transport factor 2/Mtr2 / Influenza virus non-structural protein, effector domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / S15/NS1, RNA-binding / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / S15/NS1, RNA-binding / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1 / Nuclear RNA export factor 1 / NTF2-related export protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Xie, Y. / Ren, Y.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Structural basis for influenza virus NS1 protein block of mRNA nuclear export.
著者: Zhang, K. / Xie, Y. / Munoz-Moreno, R. / Wang, J. / Zhang, L. / Esparza, M. / Garcia-Sastre, A. / Fontoura, B.M.A. / Ren, Y.
履歴
登録2018年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear RNA export factor 1
B: NTF2-related export protein 1
C: Nuclear RNA export factor 1
D: NTF2-related export protein 1
E: Nuclear RNA export factor 1
F: NTF2-related export protein 1
G: Nuclear RNA export factor 1
H: NTF2-related export protein 1
K: Non-structural protein 1
L: Non-structural protein 1
M: Non-structural protein 1
U: Non-structural protein 1
V: Non-structural protein 1
X: Non-structural protein 1
Y: Non-structural protein 1
J: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,81016
ポリマ－395,81016
非ポリマー00
水00
1
A: Nuclear RNA export factor 1
B: NTF2-related export protein 1
C: Nuclear RNA export factor 1
D: NTF2-related export protein 1
L: Non-structural protein 1
M: Non-structural protein 1
U: Non-structural protein 1
Y: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,9058
ポリマ－197,9058
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Nuclear RNA export factor 1
F: NTF2-related export protein 1
G: Nuclear RNA export factor 1
H: NTF2-related export protein 1
K: Non-structural protein 1
V: Non-structural protein 1
X: Non-structural protein 1
J: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,9058
ポリマ－197,9058
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.905, 101.905, 949.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
Nuclear RNA export factor 1 / Tip-associated protein / Tip-associating protein / mRNA export factor TAP


分子量: 57482.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NXF1, TAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBU9
#2: タンパク質
NTF2-related export protein 1 / Protein p15


分子量: 15859.757 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NXT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKK6
#3: タンパク質
Non-structural protein 1 / NS1


分子量: 8449.549 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NS1, NS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7CAR2
#4: タンパク質
Non-structural protein 1 / NS1


分子量: 17160.717 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NS1, NS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7CAR2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 50 mM Sodium Citrate (pH 5.6), 6.5% PEG3350, 0.1 M NaCl, 0.1 M KCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 54178 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 3.8→3.87 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.423 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2660 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WYK,3RW6,4WYK,4OPA

4wyk

3rw6

4wyk

4opa


解像度: 3.8→44.126 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2825 2135 3.98 %
Rwork0.2356 --
obs0.2375 53634 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→44.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20434 0 0 0 20434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00520790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8828110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.52212700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-3.88840.39131370.32743394X-RAY DIFFRACTION98
3.8884-3.98550.26821380.28463435X-RAY DIFFRACTION99
3.9855-4.09320.29231450.25933520X-RAY DIFFRACTION99
4.0932-4.21360.30851440.26123455X-RAY DIFFRACTION99
4.2136-4.34950.23711400.22983415X-RAY DIFFRACTION99
4.3495-4.50480.23321450.20433453X-RAY DIFFRACTION99
4.5048-4.68490.21871410.19183451X-RAY DIFFRACTION99
4.6849-4.89790.2281440.18893510X-RAY DIFFRACTION99
4.8979-5.15580.29661480.22413402X-RAY DIFFRACTION99
5.1558-5.47820.29481500.23033435X-RAY DIFFRACTION99
5.4782-5.90030.29241420.24453457X-RAY DIFFRACTION99
5.9003-6.49240.31691410.25173432X-RAY DIFFRACTION99
6.4924-7.4280.32591450.26083423X-RAY DIFFRACTION98
7.428-9.34390.29761370.23313423X-RAY DIFFRACTION98
9.3439-44.12910.28061380.23393294X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.28314.6963-2.13464.88840.55048.95841.33170.30811.7070.6073-0.57372.3902-0.5693-0.7932-0.74083.20890.49570.21521.2050.11542.1265-81.914515.0195-21.4173
24.1838-2.0581-1.12175.32590.76253.4798-0.14980.129-0.43680.75450.02751.3284-0.6116-0.69960.18151.61780.85590.37290.4249-0.25121.3671-92.807787.8309-40.2852
32.8679-0.1699-0.90787.60720.23693.0959-0.3943-0.8969-0.91771.15690.253-0.2459-0.1450.1275-0.33062.09090.81030.55320.61250.14491.8813-78.350675.7032-47.062
45.83270.18992.69693.9409-3.61884.7301-0.85572.90322.9984-0.64470.41870.9636-1.06731.54410.52411.8384-0.3544-0.28912.21860.64582.5548-68.054198.7013-83.7819
53.8439-1.4484-0.18357.7405-1.58193.3365-0.41980.2061-0.13860.06020.1259-0.3650.2921-0.06810.05341.25910.47380.16180.4199-0.12781.6935-46.730931.8432-53.2193
64.4863-2.1334-0.22557.40290.6432.2483-0.0807-0.08980.05020.65640.18120.3744-0.2765-0.3761-0.00461.70310.95650.55720.4533-0.07651.2306-60.958644.2181-46.1966
76.80893.71782.59535.615-1.32233.08150.15510.9367-1.5310.5649-0.0486-0.05830.3826-0.8913-0.04351.78140.9302-0.19362.0067-0.4622.1487-129.926597.9277-136.3013
82.0212-0.983-0.25513.72520.58892.26150.22070.3501-0.4818-0.1105-0.46910.7120.77430.22130.08991.52631.1145-0.19680.804-0.44821.9859-72.274752.1874-117.603
98.4315-4.5716-0.3368.66270.68834.754-0.42510.30630.7186-0.54110.17180.599-0.5486-0.1728-0.00561.28790.7466-0.2160.827-0.34321.7611-75.534470.7745-110.8706
107.4528-2.55914.38726.9257-3.44278.58030.1363-1.3032-0.10072.5509-1.0288-0.6617-1.41441.58990.59591.7596-0.3942-0.18452.03850.26581.0954-50.43968.2227-74.1845
115.4796-2.01051.35857.5113-0.58353.04970.0837-0.36980.7501-0.1761-0.4816-0.3397-0.4364-0.41930.0811.06380.65560.02790.708-0.15871.4904-97.6424120.0932-104.6652
124.8668-2.2671-0.02368.1573-0.47352.50750.5360.5149-0.8311-0.185-0.19590.41751.02870.2358-0.02521.49551.1204-0.34320.6349-0.45671.5499-94.0684101.6162-111.628
135.97361.8354-0.58629.6338-1.46472.53871.1675-1.59130.46220.1560.5577-2.9012-2.0703-0.912-1.79272.23820.701-0.06682.7905-0.20492.1923-123.9319122.9691-170.5265
147.7746-6.32465.94865.2314-4.86474.5576-1.7398-5.9530.0359-0.53070.1135-1.56242.1740.17611.53492.30920.12280.78883.6840.53382.9598-46.062614.42628.8436
156.92481.1850.24373.0343-2.72432.7095-1.12292.4195-0.6731-1.46742.6666-0.50122.54092.2455-1.25244.4785-0.1811-0.34072.4654-1.24083.9803-57.63568.027612.7101
164.5541.47165.30988.7538-0.84876.98-0.966-0.71360.24-1.47860.073-0.2881-0.87650.33361.02482.5309-0.42810.75182.0053-0.5681.5467-79.108421.107618.2132
173.16632.77453.07487.1838-2.31238.22560.30862.2981.7749-1.75230.9955-1.84710.41591.4677-1.23572.25141.08780.8542.78020.31033.0914-85.6375125.3495-139.4785
188.50580.0337-1.70017.6185-4.08413.3604-0.3294-1.12870.8548-1.3495-0.49670.5481-0.6523-0.760.91291.96560.2-0.02062.4196-0.63761.5501-123.094897.3841-176.0284
192.77683.2263-1.62273.8697-2.66066.6212-0.224-1.31010.26643.5601-0.3003-1.9596-3.2184-0.62390.32043.36830.4796-0.75741.5434-0.42992.1555-37.028240.0916-18.5853
205.0795.03865.30126.63416.02265.8847-3.98073.0587-3.1215-8.62942.113-1.0572-0.53680.09151.59436.1899-0.36110.83772.6104-0.68953.7071-112.2417129.7078-166.5899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 205:354 )A205 - 354
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 376:549 )A376 - 549
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 3:140 )B3 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 205:354 )C205 - 354
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 376:549 )C376 - 549
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 3:140 )D3 - 140
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN E AND RESID 205:354 )E205 - 354
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN E AND RESID 376:549 )E376 - 549
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN F AND RESID 3:140 )F3 - 140
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN G AND RESID 205:354 )G205 - 354
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN G AND RESID 376:549 )G376 - 549
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND RESID 3:140 )H3 - 140
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN K AND RESID 2:72 )K2 - 72
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 8:45 )L8 - 45
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN M AND RESID 2:72 )M2 - 72
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN U AND RESID 88:202 )U88 - 202
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN V AND RESID 88:202 )V88 - 202
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN X AND RESID 88:202 )X88 - 202
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN Y AND RESID 88:202 )Y88 - 202
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN J AND RESID 8:45 )J8 - 45

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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