PDB-4h6p: Crystal structure of a putative chromate reductase from Gluconace...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h6p

タイトル

Crystal structure of a putative chromate reductase from Gluconacetobacter hansenii, Gh-ChrR, containing a R101A substitution.

要素

Chromate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / triple-layered / a/b/a structure / NAD(P)H-dependent FMN reductase / FMN / NADH / NADPH

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN binding / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Gluconacetobacter hansenii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.556 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Robinson, H. / Buchko, G.W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Mechanistic insights of chromate and uranyl reduction by the NADPH-dependent FMN reductase, ChrR, from Gluconacetobacter hansenii
著者: Buchko, G.W. / Robinson, H. / Zhang, Y.

履歴

登録	2012年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h6p.cif.gz	821.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h6p.ent.gz	689.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hs4C 3s2yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5g5n-d 3s2y-3 3s2y-1 3svl-1 5g5o-2 6g7h-1 1kgb-1 3u7r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chromate reductase

B: Chromate reductase

C: Chromate reductase

D: Chromate reductase

E: Chromate reductase

F: Chromate reductase

G: Chromate reductase

H: Chromate reductase

I: Chromate reductase

J: Chromate reductase

K: Chromate reductase

L: Chromate reductase

ヘテロ分子

260 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chromate reductase

B: Chromate reductase

ヘテロ分子

A: Chromate reductase

B: Chromate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.8 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Chromate reductase

D: Chromate reductase

ヘテロ分子

C: Chromate reductase

D: Chromate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.8 kDa, 4 ポリマー
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3

E: Chromate reductase

F: Chromate reductase

G: Chromate reductase

L: Chromate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.8 kDa, 4 ポリマー
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4

H: Chromate reductase

I: Chromate reductase

J: Chromate reductase

K: Chromate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.918, 287.590, 91.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-306- HOH
2	1	D-352- HOH

#1: タンパク質	Chromate reductase 分子量: 21249.316 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gluconacetobacter hansenii (バクテリア) 株: ATCC 23769 / 遺伝子: GXY_09224 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5QFC5
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 mixture of protein (~12 mg/mL) in 100 mM NaCl, 20 mM TrisHCl, 1 mM DTT, pH 7 and precipatant (Emerald BioSystems) 25% w/v PEG3350, 4% isopropanol, 0.1 M HEPES (pH 7.5) 0.1 M CaCl2, VAPOR ...詳細: 1:1 mixture of protein (~12 mg/mL) in 100 mM NaCl, 20 mM TrisHCl, 1 mM DTT, pH 7 and precipatant (Emerald BioSystems) 25% w/v PEG3350, 4% isopropanol, 0.1 M HEPES (pH 7.5) 0.1 M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.7 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1:1 mixture of protein (~12 mg/mL) in 100 mM NaCl, 20 mM TrisHCl, 1 mM DTT, pH 7 and precipatant (Emerald BioSystems) 25% w/v PEG3350, 4% isopropanol, 0.1 M HEPES (pH 7.5) 0.1 M CaCl2, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.556→49.191 Å / Num. all: 85635 / Num. obs: 85635 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.556→2.5865 Å / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3S2Y

3s2y

解像度: 2.556→49.191 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2712	4089	5.01 %	random
R_work	0.2328	-	-	-
obs	0.2348	81546	99.6 %	-
all	-	85635	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.556→49.191 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16440	0	372	381	17193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	17184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.329	23580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.677	6120
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	2808
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3000

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5564-2.5865	0.3296	125	0.2966	2362	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5865-2.618	0.3419	151	0.2795	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.618-2.6511	0.3318	148	0.2733	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6511-2.686	0.2914	166	0.2658	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.686-2.7228	0.3071	150	0.2663	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7228-2.7617	0.2982	126	0.2639	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7617-2.8029	0.3314	130	0.2568	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8029-2.8467	0.2761	118	0.2577	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8467-2.8934	0.3045	131	0.269	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8934-2.9433	0.2865	127	0.2709	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9433-2.9968	0.319	156	0.27	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9968-3.0544	0.3155	124	0.2679	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0544-3.1168	0.3533	142	0.275	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1168-3.1845	0.3036	157	0.2685	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1845-3.2586	0.3572	125	0.2694	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2586-3.3401	0.2811	134	0.2653	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3401-3.4303	0.2999	137	0.2465	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4303-3.5313	0.2703	133	0.2409	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5313-3.6452	0.3006	144	0.2357	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6452-3.7754	0.2647	135	0.2339	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7754-3.9265	0.2805	149	0.2276	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9265-4.1052	0.2353	149	0.2175	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1052-4.3215	0.2382	142	0.2051	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3215-4.592	0.2579	153	0.2001	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.592-4.9463	0.213	131	0.198	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9463-5.4435	0.2552	136	0.2203	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4435-6.2298	0.2623	144	0.2313	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2298-7.8438	0.226	165	0.2152	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8438-49.2002	0.2368	161	0.1925	2906	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -18.6294 Å / Origin y: 32.2858 Å / Origin z: -8.3015 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1746 Å²	-0.0731 Å²	-0.0808 Å²	-	0.1573 Å²	0.0539 Å²	-	-	0.1559 Å²
L	0.0389 °²	0.0013 °²	0.0169 °²	-	0.0741 °²	0.0096 °²	-	-	0.0559 °²
S	-0.062 Å °	-0.0168 Å °	0.0486 Å °	0.0035 Å °	-0.0142 Å °	0.0113 Å °	-0.0843 Å °	0.0627 Å °	-0.089 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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