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- PDB-3u7r: FerB - flavoenzyme NAD(P)H:(acceptor) oxidoreductase (FerB) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u7r
タイトルFerB - flavoenzyme NAD(P)H:(acceptor) oxidoreductase (FerB) from Paracoccus denitrificans
要素NADPH-dependent FMN reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha/beta twisted open-sheet / lavoprotein / quinone reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FNR / NADPH-dependent FMN reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Marek, J. / Klumpler, T. / Sedlacek, V. / Kucera, I.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The Structural and Functional Basis of Catalysis Mediated by NAD(P)H:acceptor Oxidoreductase (FerB) of Paracoccus denitrificans.
著者: Sedlacek, V. / Klumpler, T. / Marek, J. / Kucera, I.
履歴
登録2011年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent FMN reductase
B: NADPH-dependent FMN reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6285
ポリマ－43,2972
非ポリマー1,3313
水8,125451
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
2
A: NADPH-dependent FMN reductase
B: NADPH-dependent FMN reductase
ヘテロ分子

A: NADPH-dependent FMN reductase
B: NADPH-dependent FMN reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,25710
ポリマ－86,5954
非ポリマー2,6626
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area12680 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area26600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.030, 89.140, 71.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 183 / Label seq-ID: 2 - 183

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細DIMER-TETRAMER EQUILIBRIUM

-
要素

#1: タンパク質 NADPH-dependent FMN reductase


分子量: 21648.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: PD1222 / 遺伝子: ferB, Pden_4071 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: A1B9E3
#2: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15% PEG 4000, 0.2M Ammonium sulphate, 0.1M Sodium acetate, 0.1M MES buffer pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.97522, 0.97714, 0.97753
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111), horizontally focussing
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.975221
20.977141
30.977531
反射解像度: 1.4→19.56 Å / Num. obs: 75170 / % possible obs: 76.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / % possible all: 86.04

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345v.0.10.22データ収集
Auto-Rickshaw位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→19.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.598 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17386 3037 4 %RANDOM
Rwork0.16009 ---
obs0.16065 72133 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.834 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å20 Å2
2---0.14 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2848 0 90 451 3389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193071
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9964165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.38636859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.1865364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9423.926135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67615491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8181518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0213362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2981.51799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08422892
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.64831233
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.244.51221
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11446 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 217 -
Rwork0.214 4622 -
obs--86.06 %
精密化 TLS

T22: 0.0277 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1327-0.0319-0.03510.32050.12930.4528-0.00830.023-0.0144-0.01490.01040.03490.0485-0.0266-0.0020.0097-0.0109-0.00380.0020.017818.073-12.61346.026
20.08010.002-0.01180.37960.13060.4502-0.0041-0.01440.00780.02390.01090.0335-0.0362-0.0277-0.00690.0090.01190.00560.00260.016517.36911.74360.872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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