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- PDB-4hmz: Crystal Structure of ChmJ, a 3'-monoepimerase from Streptomyces b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hmz
タイトルCrystal Structure of ChmJ, a 3'-monoepimerase from Streptomyces bikiniensis in complex with dTDP-quinovose
要素Putative 3-epimerase in D-allose pathway
キーワードUNKNOWN FUNCTION / 3'-monoepimerase / natural product / deoxysugar / chalcomycin / dTDP-mycinose / dTDP-quinovose / Cupin fold / nucleotide-linked sugar / Epimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydro-6-deoxy-D-glucose 3-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-18T / dTDP-4-dehydro-6-deoxyglucose 3-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces bikiniensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Holden, H.M. / Kubiak, R.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Studies on a 3'-Epimerase Involved in the Biosynthesis of dTDP-6-deoxy-d-allose.
著者: Kubiak, R.L. / Phillips, R.K. / Zmudka, M.W. / Ahn, M.R. / Maka, E.M. / Pyeatt, G.L. / Roggensack, S.J. / Holden, H.M.
履歴
登録2012年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 3-epimerase in D-allose pathway
B: Putative 3-epimerase in D-allose pathway
C: Putative 3-epimerase in D-allose pathway
D: Putative 3-epimerase in D-allose pathway
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,53115
ポリマ－88,9034
非ポリマー2,62811
水6,936385
1
A: Putative 3-epimerase in D-allose pathway
B: Putative 3-epimerase in D-allose pathway
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7347
ポリマ－44,4512
非ポリマー1,2835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
2
C: Putative 3-epimerase in D-allose pathway
D: Putative 3-epimerase in D-allose pathway
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7968
ポリマ－44,4512
非ポリマー1,3456
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.721, 140.721, 117.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質
Putative 3-epimerase in D-allose pathway


分子量: 22225.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces bikiniensis (バクテリア)
遺伝子: chmJ / プラスミド: pET-31b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SFD1
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 糖
ChemComp-18T / [(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl dihydrogen diphosphate / dTDP-6-deoxy-d-allose / チミジン5′-二りん酸β-(6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)


タイプ: D-saccharide / 分子量: 548.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O15P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3400, 2% 2-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM MOPS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月10日 / 詳細: Montel
放射モノクロメーター: Nickel filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→99.5 Å / Num. all: 77282 / Num. obs: 73347 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.78 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 9355 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2C0Z

2c0z


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 4.194 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24883 3693 5 %RANDOM
Rwork0.19911 ---
obs0.20165 69652 94.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6242 0 168 385 6795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0216665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2171.9639123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7295811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63822.861332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.52815959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5171565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3661.54003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23326446
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.65932662
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4684.52669
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 255 -
Rwork0.277 4706 -
obs--87.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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