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Yorodumi- PDB-6e5u: Crystal structure of the mRNA export receptor NXF1/NXT1 in comple... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6e5u | ||||||
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Title | Crystal structure of the mRNA export receptor NXF1/NXT1 in complex with influenza virus NS1 protein | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / mRNA nuclear export | ||||||
Function / homology | Function and homology information nuclear RNA export factor complex / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / nuclear pore central transport channel / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus ...nuclear RNA export factor complex / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / nuclear pore central transport channel / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / mRNA export from nucleus / nuclear pore / protein export from nucleus / small GTPase binding / cytoplasmic stress granule / protein transport / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / nuclear speck / mRNA binding / host cell nucleus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Influenza A virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.8 Å | ||||||
Authors | Xie, Y. / Ren, Y. | ||||||
Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2019 Title: Structural basis for influenza virus NS1 protein block of mRNA nuclear export. Authors: Zhang, K. / Xie, Y. / Munoz-Moreno, R. / Wang, J. / Zhang, L. / Esparza, M. / Garcia-Sastre, A. / Fontoura, B.M.A. / Ren, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6e5u.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6e5u.ent.gz | 892.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6e5u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6e5u_validation.pdf.gz | 571.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6e5u_full_validation.pdf.gz | 621.7 KB | Display | |
Data in XML | 6e5u_validation.xml.gz | 89.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6e5u_validation.cif.gz | 119.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e5u | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57482.434 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NXF1, TAP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9UBU9 #2: Protein | Mass: 15859.757 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NXT1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9UKK6 #3: Protein | Mass: 8449.549 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Gene: NS1, NS / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: I7CAR2 #4: Protein | Mass: 17160.717 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Gene: NS1, NS / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: I7CAR2 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.6 Å3/Da / Density % sol: 65.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation Details: 50 mM Sodium Citrate (pH 5.6), 6.5% PEG3350, 0.1 M NaCl, 0.1 M KCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97857 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.8→50 Å / Num. obs: 54178 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 20.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.8→3.87 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.423 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2660 / % possible all: 98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4WYK,3RW6,4WYK,4OPA Resolution: 3.8→44.126 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 30.59
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.8→44.126 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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