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- PDB-6e52: Chimeric structure of Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zippe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+52
タイトルChimeric structure of Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zipper fused to Staphylococcus aureus AgrC cytoplasmic histidine kinase module (dataset anisotropically truncated by STARANISO)
要素Staphylococcus aureus AgrC histidine kinase module fused to Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zipper
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein histidine kinase / bacterial quorum sensing / coiled coil / Bergerat fold
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding ...protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / amino acid biosynthetic process / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / kinase activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sensor histidine kinase NatK, C-terminal domain / GHKL domain / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Accessory gene regulator C (Histidine kinase) / General control transcription factor GCN4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Staphylococcus aureus subsp. aureus Z172 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Xie, Q. / Jeffrey, P.D. / Muir, T.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI042783 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095880 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Identification of a Molecular Latch that Regulates Staphylococcal Virulence.
著者: Xie, Q. / Zhao, A. / Jeffrey, P.D. / Kim, M.K. / Bassler, B.L. / Stone, H.A. / Novick, R.P. / Muir, T.W.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Staphylococcus aureus AgrC histidine kinase module fused to Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zipper
B: Staphylococcus aureus AgrC histidine kinase module fused to Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zipper


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6882
ポリマ－57,6882
非ポリマー00
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
2
A: Staphylococcus aureus AgrC histidine kinase module fused to Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zipper
B: Staphylococcus aureus AgrC histidine kinase module fused to Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zipper

A: Staphylococcus aureus AgrC histidine kinase module fused to Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zipper
B: Staphylococcus aureus AgrC histidine kinase module fused to Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zipper


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3754
ポリマ－115,3754
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565x,-y+1,-z1
Buried area16190 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area49070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.141, 83.375, 146.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-439-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Staphylococcus aureus AgrC histidine kinase module fused to Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zipper / Amino acid biosynthesis regulatory protein


分子量: 28843.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera constructed by fusing Saccharomyces cerevisiae GCN4 leucine zipper (residues 250-274) to the N-terminus of Staphylococcus aureus AgrC cytoplasmic histidine kinase module (residues 209-430)
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Z172 (黄色ブドウ球菌)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS3, ARG9, YEL009C, agrC, SAZ172_2038 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: A0A0E1AMS6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 % / 解説: Plate-shaped crystal
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0 and 2.8 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→31.76 Å / Num. obs: 36936 / % possible obs: 61.6 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.08 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 312 / CC1/2: 0.49 / Rpim(I) all: 0.655 / Rrim(I) all: 1.405 / Rsym value: 1.236 / Χ2: 1.05 / % possible all: 7.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 4.581 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.21 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26807 1830 5 %RANDOM
Rwork0.21839 ---
obs0.22081 35104 62.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.216 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----1.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.93→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3813 0 0 250 4063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133886
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.6375243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3211.5788613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.015476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06724.395223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.86215772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1551522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7464.9061892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7464.9041891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5217.3332360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.527.3362361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.255.2591994
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2495.2611995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5137.722879
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.62457.6774529
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.52157.4844465
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 15 -
Rwork0.309 336 -
obs--8.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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