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- PDB-6e4x: Human antibody S5V2-29 in complex with influenza hemagglutinin A/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e4x
タイトルHuman antibody S5V2-29 in complex with influenza hemagglutinin A/Texas/50/2012 (H3N2)
要素
  • Hemagglutinin
  • S5V2-29 heavy chain
  • S5V2-29 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region ...viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / : / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / : / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ribbon / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U19AI117892-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI128832 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Antibodies to a Conserved Influenza Head Interface Epitope Protect by an IgG Subtype-Dependent Mechanism.
著者: Watanabe, A. / McCarthy, K.R. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. / Adachi, Y. / Onodera, T. / Tonouchi, K. / Caradonna, T.M. / Bajic, G. / Song, S. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Feng, F. / ...著者: Watanabe, A. / McCarthy, K.R. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. / Adachi, Y. / Onodera, T. / Tonouchi, K. / Caradonna, T.M. / Bajic, G. / Song, S. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Feng, F. / Urick, P. / Kepler, T.B. / Takahashi, Y. / Harrison, S.C. / Kelsoe, G.
履歴
登録2018年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Hemagglutinin
Y: S5V2-29 light chain
Z: S5V2-29 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,21011
ポリマ－81,4063
非ポリマー2,8048
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area33190 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)115.740, 163.480, 136.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 32618.846 Da / 分子数: 1 / 断片: head domain (UNP residues 53-335) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Texas/50/2012(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Texas/50/2012(H3N2) / 遺伝子: HA, L998_47834gpHA / プラスミド: pFB / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4L1D1

-
抗体 , 2種, 2分子 YZ

#2: 抗体 S5V2-29 light chain


分子量: 22803.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKV1-39*01 / プラスミド: pVRC / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#3: 抗体 S5V2-29 heavy chain


分子量: 25984.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV4-61*01 / プラスミド: pVRC / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 4分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 148分子

#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.95 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM magnesium sulfate, 100 mM PIPES, pH 6.0, 30% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月20日
放射モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.37 Å / Num. obs: 61532 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.81
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Num. unique obs: 31682 / % possible all: 99.05

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→46.37 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 2961 4.93 %RANDOM SELECTION
Rwork0.2025 ---
obs0.2036 60119 97.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5505 0 186 144 5835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7497958
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4963475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048918
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005999
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.28690.34961420.32552769X-RAY DIFFRACTION99
2.2869-2.32630.32731220.30012720X-RAY DIFFRACTION99
2.3263-2.36860.33821350.28342734X-RAY DIFFRACTION99
2.3686-2.41420.35481260.27322733X-RAY DIFFRACTION99
2.4142-2.46350.28111420.26492707X-RAY DIFFRACTION98
2.4635-2.5170.2851200.26762664X-RAY DIFFRACTION96
2.517-2.57560.25161410.26222717X-RAY DIFFRACTION99
2.5756-2.640.28631340.25262774X-RAY DIFFRACTION99
2.64-2.71130.31231530.2552709X-RAY DIFFRACTION99
2.7113-2.79110.27721530.2492743X-RAY DIFFRACTION99
2.7911-2.88120.26021610.24492722X-RAY DIFFRACTION99
2.8812-2.98420.23981530.23642738X-RAY DIFFRACTION99
2.9842-3.10360.24531400.22692722X-RAY DIFFRACTION99
3.1036-3.24480.24521290.21292775X-RAY DIFFRACTION98
3.2448-3.41590.22871370.21582708X-RAY DIFFRACTION97
3.4159-3.62980.22561260.18942628X-RAY DIFFRACTION95
3.6298-3.90990.18431370.18372691X-RAY DIFFRACTION96
3.9099-4.30320.18751580.1682708X-RAY DIFFRACTION97
4.3032-4.92530.1921440.14792743X-RAY DIFFRACTION97
4.9253-6.20310.21381580.17552722X-RAY DIFFRACTION96
6.2031-47.24170.19621500.19282731X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62322.1418-1.9884.0699-2.58084.072-0.08640.79030.415-0.23790.43370.1889-0.2572-0.5456-0.41370.461-0.0035-0.04160.65010.10260.445817.1388-55.6384-39.9468
21.58940.23970.07772.3063-1.96474.2114-0.06920.2091-0.1975-0.22520.10440.0480.5612-0.253-0.040.4381-0.0522-0.02260.3555-0.02690.371817.3466-74.1604-22.9323
31.1347-0.38080.57042.1439-0.08573.0288-0.0964-0.0652-0.15540.0378-0.0218-0.11530.07970.05880.1670.3899-0.0022-0.01480.27240.01420.384722.3198-72.5033-13.8425
41.93020.03030.08583.9708-3.364.0036-0.07310.65720.241-0.4194-0.0874-0.23470.1154-0.0250.1660.4929-0.0423-0.01340.53570.06180.442721.0089-60.2958-36.0495
55.88612.9744-0.99716.9436-2.9897.2497-0.11820.34520.89160.06810.23560.0529-0.23160.3229-0.18330.5316-0.0993-0.00910.75930.2530.736328.1876-42.3397-43.6935
65.50382.646-5.15665.4382-1.50378.7614-0.06310.58980.5806-0.5161-0.19780.1764-0.8269-0.43140.26290.58980.1478-0.13870.5428-0.04990.4235-1.5667-39.6309-11.6698
74.033-1.34241.68453.7771-0.07992.98170.0698-0.06610.01210.0151-0.19810.19950.09840.03640.11990.45020.0542-0.02980.5528-0.09330.4383.6746-50.0777-7.5001
87.5890.61032.08862.06830.90613.50280.11560.40780.0287-0.3799-0.30650.127-0.2916-0.39090.1850.47530.1166-0.03020.4554-0.07210.41160.3961-45.3728-9.1742
94.68561.31610.87690.49120.14870.28410.35970.8353-0.319-0.1853-0.39990.11270.1151-0.61130.20750.53070.0806-0.04010.6704-0.19690.5938-15.5851-38.59120.0695
103.67682.31834.19654.61732.75834.77460.2076-0.2821-0.29770.33110.0244-0.25180.2039-0.5336-0.36760.4672-0.012-0.04840.5825-0.02310.4518-13.9004-28.907129.2858
112.39940.98531.03575.45435.10768.85730.11670.5765-0.1606-0.2678-0.0549-0.09150.04470.2295-0.10150.28150.0265-0.03840.4811-0.07250.376-16.1578-28.13514.1569
126.3514-4.5841-1.16716.41861.53143.83210.27330.31170.4421-0.333-0.05090.1726-0.36630.2245-0.14420.4714-0.03630.00830.51110.05650.4376-13.1302-19.959317.3772
132.74130.6260.59823.64323.99184.3634-0.38970.7282-0.9401-0.41910.3528-0.5740.47780.562-0.27240.56690.0972-0.14190.8934-0.22950.8165-13.0525-41.49716.6687
142.77270.77350.21831.80472.61675.16440.07990.0692-0.0249-0.05490.0342-0.1751-0.14340.2207-0.10440.44760.0445-0.04310.4387-0.00670.4337-15.5645-20.692724.5189
154.08051.84293.19024.07743.38453.5475-0.20740.20740.1952-0.2535-0.44350.544-0.5066-0.87340.51080.40740.1186-0.06390.5139-0.06280.5428-24.7234-25.788216.7485
161.8581-0.55790.42722.40421.84812.88070.3191-0.5654-0.07640.2369-0.1139-0.46140.15540.0873-0.31570.58-0.0759-0.02110.6863-0.08150.496915.1246-44.153514.473
174.60891.5971-0.97811.20281.48118.6279-0.0117-0.2598-0.12360.210.2753-0.50660.38810.8588-0.24250.42480.0088-0.01030.5757-0.13810.439518.2859-48.82323.2691
185.86970.39340.34110.99791.79656.05760.0630.16720.2151-0.10390.3395-0.7867-0.00280.7551-0.42360.416-0.06380.03440.644-0.20490.564522.4582-42.74258.0069
192.7246-0.9340.2196.52830.58162.05710.26230.7316-0.12080.034-0.2851-0.25850.4785-0.30780.01970.24820.0349-0.01530.5979-0.0970.362614.4134-50.3923-2.3805
208.3822-1.7211-6.20784.75111.25064.58620.50470.94690.3112-0.6171-0.0815-0.20180.1209-0.531-0.24550.51470.0127-0.00860.5183-0.02620.533314.2737-51.8587-10.505
211.5361-0.2396-2.39632.19710.75393.5122-0.03340.0605-0.1541-0.00550.14670.2627-0.0235-0.0854-0.23540.43110.0094-0.09550.39960.00350.511-3.8373-35.722.8725
222.20480.3602-0.23751.68710.64292.94640.10590.1253-0.46110.0239-0.06260.04540.2431-0.207-0.07490.4003-0.0248-0.07420.5529-0.08410.5401-7.4842-38.298522.0725
230.97391.30220.78353.2998-0.54183.62030.276-0.0575-0.30710.2088-0.05420.17790.2122-0.1713-0.03630.44070.0134-0.06090.454-0.04780.5666-6.3301-42.566630.4692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 37 through 89 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 90 through 174 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 175 through 247 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 248 through 288 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 289 through 311 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'Y' and (resid 1 through 25 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'Y' and (resid 26 through 61 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'Y' and (resid 62 through 97 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'Y' and (resid 98 through 109 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'Y' and (resid 110 through 124 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'Y' and (resid 125 through 146 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'Y' and (resid 147 through 159 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'Y' and (resid 160 through 170 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'Y' and (resid 171 through 193 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'Y' and (resid 194 through 208 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'Z' and (resid 1 through 17 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'Z' and (resid 18 through 61 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'Z' and (resid 62 through 92 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'Z' and (resid 93 through 106 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'Z' and (resid 107 through 120 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'Z' and (resid 121 through 151 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'Z' and (resid 152 through 206 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'Z' and (resid 207 through 231 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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