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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6.0E+48 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Murine Norovirus VP1 P domain in complex with the CD300lf Receptor and Lithocholic Acid | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Norovirus / Capsid protein / Protruding domain / bile acid / LCA / myeloid receptor / CMRF-35-like molecule-1 / CLM-1 / CLM1 / DIR2 / IREM1 / LMIR3 / PIGR3 / IgSF13 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding ...interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding / osteoclast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / virus receptor activity / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å | |||||||||
データ登録者 | Nelson, C.A. / Fremont, D.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Structural basis for murine norovirus engagement of bile acids and the CD300lf receptor. 著者: Christopher A Nelson / Craig B Wilen / Ya-Nan Dai / Robert C Orchard / Arthur S Kim / Roderick A Stegeman / Leon L Hsieh / Thomas J Smith / Herbert W Virgin / Daved H Fremont / 要旨: Murine norovirus (MNoV) is closely related to human norovirus (HNoV), an infectious agent responsible for acute gastroenteritis worldwide. Here we report the X-ray crystal structure of the dimeric ...Murine norovirus (MNoV) is closely related to human norovirus (HNoV), an infectious agent responsible for acute gastroenteritis worldwide. Here we report the X-ray crystal structure of the dimeric MNoV VP1 protruding (P) domain in complex with its cellular receptor CD300lf. CD300lf binds the P domain with a 2:2 stoichiometry, engaging a cleft between the AB and DE loops of the P2 subdomain at a site that overlaps the epitopes of neutralizing antibodies. We also identify that bile acids are cofactors enhancing MNoV cell-binding and infectivity. Structures of CD300lf-P domain in complex with glycochenodeoxycholic acid (GCDCA) and lithocholic acid (LCA) reveal two bile acid binding sites at the P domain dimer interface distant from receptor binding sites. The structural determinants for receptor and bile acid binding are supported by numerous biophysical assays utilizing interface residue mutations. We find that the monomeric affinity of CD300lf for the P domain is low and is divalent cation dependent. We have also determined the crystal structure of CD300lf in complex with phosphocholine, revealing that MNoV engages its receptor in a manner mimicking host ligands including similar metal coordination. Docking of the cocomplex structures onto a cryo-EM-derived model of MNoV suggests that each virion can make multiple CD300lf engagements, and thus, infection may be driven by the avidity of cell surface clustered CD300lf. These studies identify multiple potential modulators of norovirus infection that may act to regulate the interaction between the viral capsid P domain and its cognate cellular receptor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e48.cif.gz | 342 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6e48.ent.gz | 276 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e48.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6e48_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6e48_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6e48_validation.xml.gz | 43.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6e48_validation.cif.gz | 66.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e48 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABFG
#1: タンパク質 | 分子量: 33050.223 Da / 分子数: 2 / 断片: VP1 Protruding domain (UNP residues 229-532) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: native 由来: (組換発現) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80J94 #2: タンパク質 | 分子量: 12786.489 Da / 分子数: 2 / 断片: CD300lf ectodomain (UNP residues 20-131) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolded / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CD300lf, CLM1, DIR2, IREM1, LMIR3, PIGR3, IgSF13 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6SJQ7 |
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-非ポリマー , 4種, 1141分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.7, 40 mM calcium chloride, 5.5% PEG10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00004 Å |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CMOS / 日付: 2017年10月2日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→63.68 Å / Num. obs: 95932 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 5.92 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.87 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 11228 / CC1/2: 0.324 / % possible all: 63 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 3LQ6 & 5FFL 解像度: 1.801→63.674 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.53
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.67 Å2 / Biso mean: 23.9946 Å2 / Biso min: 9.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.801→63.674 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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