[日本語] English
万見
- PDB-6dxw: Human N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) precurso... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxw
タイトルHuman N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) precursor (C126A)
要素N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
キーワードHYDROLASE / endocannabinoid / lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter release cycle / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / sphingosine metabolic process / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / : / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity ...Neurotransmitter release cycle / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / sphingosine metabolic process / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / : / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / extrinsic component of membrane / lipid catabolic process / lysosomal lumen / fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription factor binding / lysosome / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acid ceramidase-like / Acid ceramidase, N-terminal / beta subunit of N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Molecular mechanism of activation of the immunoregulatory amidase NAAA.
著者: Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.
履歴
登録2018年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.32018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年4月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct / Item: _entity.pdbx_ec / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
B: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
C: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
D: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,17341
ポリマ－154,2884
非ポリマー3,88537
水15,421856
1
A: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3958
ポリマ－38,5721
非ポリマー8237
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,80716
ポリマ－38,5721
非ポリマー1,23515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,03611
ポリマ－38,5721
非ポリマー1,46410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9356
ポリマ－38,5721
非ポリマー3635
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.909, 140.011, 90.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase / Acid ceramidase-like protein / N-acylsphingosine amidohydrolase-like / ASAH-like protein


分子量: 38571.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAAA, ASAHL, PLT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02083, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase

-
糖 , 4種, 9分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 884分子

#6: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1 M LiCl, 0.1 M MES pH 6 and 10 % PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 87300 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U7Z

5u7z


解像度: 2.3→38.257 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1933 1796 2.22 %
Rwork0.1673 --
obs0.1679 80800 92.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.257 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10424 0 216 856 11496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85114926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7726394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051901
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36220.259870.21524002X-RAY DIFFRACTION61
2.3622-2.43170.26191100.2144630X-RAY DIFFRACTION71
2.4317-2.51020.27241170.21665346X-RAY DIFFRACTION81
2.5102-2.59990.22851380.20575900X-RAY DIFFRACTION90
2.5999-2.70390.24321450.20286427X-RAY DIFFRACTION98
2.7039-2.82690.22741490.18816592X-RAY DIFFRACTION100
2.8269-2.97590.21421510.18256549X-RAY DIFFRACTION100
2.9759-3.16230.19451540.17136541X-RAY DIFFRACTION100
3.1623-3.40630.17331470.16246602X-RAY DIFFRACTION100
3.4063-3.74890.18431450.15766567X-RAY DIFFRACTION100
3.7489-4.29070.18011490.14226576X-RAY DIFFRACTION100
4.2907-5.40340.13431510.12936593X-RAY DIFFRACTION100
5.4034-38.26210.20181530.17466679X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9534-0.1298-2.49792.23030.84774.7385-0.18640.13230.4646-0.3388-0.146-0.1901-0.3181-0.04280.25910.36490.075-0.04320.20820.10190.4185-25.248724.1362-17.8971
25.50049.6859-0.15022.0020.02051.2567-0.38710.4155-0.1847-1.03250.236-0.4619-0.10180.13070.18240.50540.03110.02870.4701-0.03660.4166-32.844513.8684-31.8144
34.55111.59472.18176.06262.16233.5718-0.2030.3230.4974-0.2813-0.1090.3696-0.3861-0.31010.25320.27710.0606-0.07010.3808-0.0240.2531-40.990613.4405-21.3145
42.347-0.96910.04532.5625-0.91521.1628-0.03620.22920.5131-0.1793-0.0862-0.1255-0.1521-0.06370.13410.18930.0159-0.00530.14270.03360.2676-19.21810.6523-15.0911
56.3202-0.93962.12921.2225-0.08982.20760.22130.4064-0.3298-0.178-0.12920.14010.1954-0.4709-0.00560.243-0.0119-0.00070.2734-0.02610.1574-34.0025-0.2892-17.1851
63.1254-0.11120.61062.1634-0.35272.15170.01880.14280.1241-0.1258-0.1157-0.25890.10560.06950.06930.16580.02190.0130.09460.01910.1373-17.7160.6845-12.6699
72.80170.98060.21730.339-0.06562.5798-0.0211-0.505-0.47360.1093-0.3045-0.47240.21960.11890.29990.3656-0.0203-0.08040.29170.16490.493516.4164-19.234723.9108
85.81240.0594-0.35113.5114-0.0732.52250.1496-0.1532-0.6871-0.0151-0.3297-0.6960.49990.23830.20480.3204-0.0083-0.0090.18160.07910.42858.4645-25.273812.7314
92.0431-0.3771-0.11892.5412-0.23252.25250.011-0.1173-0.14530.2168-0.1532-0.46640.05010.11970.16040.1804-0.0512-0.07020.20390.0890.234116.5241-4.752318.6444
101.43760.55760.16242.40770.22061.66840.056-0.1095-0.03820.1017-0.1641-0.1629-0.14150.03420.12390.149-0.03860.00150.1410.05660.191210.08460.534512.6144
111.4133-2.31132.05366.7527-2.56023.14780.11290.2082-0.2826-0.6509-0.1965-0.04210.02080.02050.12440.39170.0562-0.01430.1707-0.06750.2873-25.4491-38.1447-14.0794
126.61515.05549.10896.61175.87312.0043-0.14060.16340.2311-0.56250.0080.0305-0.2395-0.14330.1090.47760.0498-0.10090.25710.04630.393-15.5561-21.9707-11.5067
134.08571.5536-0.55814.90790.71722.4915-0.04780.1524-0.4848-0.2562-0.0264-0.53320.33540.1970.03680.21610.04130.0080.15650.00160.338-9.8505-31.8578-4.4081
140.8565-0.1462-0.43691.50420.09911.61090.17670.037-0.1663-0.0918-0.14470.23290.08670.0459-0.04870.19340.0048-0.05130.1174-0.04340.2966-32.6044-32.5453-2.0104
155.33441.8703-0.94392.27420.20820.36180.3218-0.44720.30390.1127-0.2085-0.0699-0.1160.1171-0.04580.2493-0.1026-0.00110.1729-0.02440.3232-18.215-27.15118.3802
162.5943-0.2478-0.11891.9293-0.25040.96890.2935-0.48060.22140.2233-0.16610.2155-0.0666-0.0224-0.09710.2395-0.09790.03370.1801-0.06440.3179-34.238-30.114710.6027
171.84430.1072-0.17137.8608-0.22812.68440.05390.19830.2061-0.50450.08060.566-0.0961-0.1579-0.04870.20990.0165-0.08060.1375-0.00290.3587-38.3558-26.4487-4.1313
180.90780.6009-0.13950.3775-0.09230.41230.039-0.4114-0.15120.2792-0.19050.06170.1448-0.40820.08740.6863-0.40870.23591.7163-0.30590.637-71.6647-12.338-21.2618
193.07820.3650.37241.50150.56421.03980.079-0.20170.0250.2888-0.31120.57810.1864-1.0550.19920.4731-0.21970.09981.3941-0.33820.2791-61.3978-1.472-20.8693
200.47950.0803-0.39931.24180.5082.2975-0.0011-0.61780.12320.2681-0.41270.26560.0812-0.49230.13650.4868-0.57690.25951.6203-0.1717-0.1119-69.7262-16.6872-35.7545
211.54770.87011.63141.79131.77222.9815-0.17140.05450.0630.01590.0673-0.12630.0121-0.1270.04710.3029-0.2373-0.14050.9453-0.20720.0025-54.1036-6.9316-34.0995
221.78530.65210.34741.39730.14562.13210.0051-0.56670.0005-0.0375-0.27880.07930.4675-0.79830.20270.4124-0.2243-0.0020.8289-0.08470.1868-61.2127-16.0137-45.4946
231.8876-1.39320.1581.7638-0.25951.5051-0.0176-0.2559-0.29440.4583-0.17540.13950.2403-0.21970.11860.6624-0.60640.19951.34680.0040.1633-68.7874-25.3719-35.3259
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 56 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 73 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 188 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 189 through 211 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 212 through 356 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 29 through 73 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 74 through 121 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 122 through 188 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 189 through 356 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 29 through 56 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 57 through 73 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 74 through 121 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 122 through 188 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 189 through 211 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 212 through 326 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 327 through 356 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 29 through 73 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 74 through 121 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 122 through 188 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 189 through 211 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 212 through 326 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 327 through 356 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る