PDB-6dwq: Subtilisin serine protease modified with the protease inhibitor c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dwq

タイトル

Subtilisin serine protease modified with the protease inhibitor cyanobenzylsulfonylfluoride

要素

KerA

キーワード

HYDROLASE / serine protease / subtilisin

機能・相同性

機能・相同性情報

subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus licheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Luo, M. / Eaton, C.N. / Phillips-Piro, C.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chemistryselect / 年: 2019
タイトル: Paired Spectroscopic and Crystallographic Studies of Protease Active Sites
著者: Luo, M. / Eaton, C.N. / Hess, K.R. / Phillips-Piro, C.M. / Brewer, S.H. / Fenlon, E.E.

履歴

登録	2018年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dwq.cif.gz	171.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dwq.ent.gz	137.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dwq_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dwq_full_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示
XML形式データ	6dwq_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	6dwq_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dwrC 4c3vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ubn-d 2wuv-d 1sbh-d 2wuw-d 1sbc-d 4c3v-d 7am3-d 1scb-d 1sbt-d 1s02-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (16)

登録構造単位

A: KerA

ヘテロ分子

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.926, 67.926, 123.481
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	KerA 分子量: 27551.430 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 37-310 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus licheniformis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9FDF2, UniProt: P00780*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 26% PEG 3350, 0.350 M NH4NO3 / PH範囲: 6.5 - 7.8 / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→50 Å / Num. obs: 87671 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 38.6
反射シェル	解像度: 1.27→1.29 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 4340 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4C3V

4c3v

解像度: 1.27→42.589 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 12.64

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.148	4577	5.23 %	Random selection
R_work	0.122	-	-	-
obs	0.1234	87552	99.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→42.589 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1947	0	58	360	2365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2146
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.263	2925
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.136	725
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	333
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.2841	0.2282	127	0.1788	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2841-1.2992	0.2057	158	0.1616	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2992-1.3151	0.1519	147	0.15	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3151-1.3317	0.1633	143	0.1387	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3317-1.3493	0.1551	160	0.1294	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3493-1.3678	0.1776	163	0.1233	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3678-1.3873	0.1356	171	0.1171	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3873-1.408	0.1213	118	0.1174	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.408-1.43	0.1485	143	0.1126	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.4535	0.1344	155	0.1099	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4535-1.4785	0.1491	168	0.1078	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4785-1.5054	0.1287	144	0.1057	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5054-1.5344	0.1259	160	0.1066	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5344-1.5657	0.143	125	0.1	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5657-1.5997	0.1343	135	0.0983	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5997-1.6369	0.1306	157	0.1013	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6369-1.6779	0.128	157	0.1062	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6779-1.7232	0.1384	142	0.105	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7232-1.7739	0.1394	165	0.1126	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7739-1.8312	0.1345	174	0.1138	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8312-1.8967	0.126	118	0.1136	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8967-1.9726	0.1295	152	0.12	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9726-2.0624	0.124	145	0.1163	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0624-2.1711	0.117	120	0.1155	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1711-2.3071	0.1432	165	0.1148	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3071-2.4852	0.1418	183	0.1191	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4852-2.7353	0.1458	175	0.128	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7353-3.131	0.1589	158	0.1289	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
3.131-3.9443	0.1597	174	0.1211	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9443-42.589	0.1754	175	0.1449	2985	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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