PDB-6dwe: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dwe

タイトル

Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - aminoacrylate- and BRD0059-bound form

要素

(Tryptophan synthase ...) x 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / PLP / heterotetramer / amino acid biosynthesis / substrate channeling / allostery / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.691 Å

データ登録者

Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Satchell, K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - closed form with BRD6309 bound
著者: Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Satchell, K.

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2024年12月25日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6dwe.ent.gz	807.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6dwe_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dwe_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6e9pC 5tcjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ocw-3 5ocw-5 5tch-1 6e9p-1 5ocw-6 6usa-1 5tcg-1 6ub9-2 5ocw-2 5ocw-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-CPX_06552_06553

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (13) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase beta chain

G: Tryptophan synthase alpha chain

H: Tryptophan synthase beta chain

E: Tryptophan synthase alpha chain

F: Tryptophan synthase beta chain

C: Tryptophan synthase alpha chain

D: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

294 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase beta chain

C: Tryptophan synthase alpha chain

D: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Tryptophan synthase alpha chain

H: Tryptophan synthase beta chain

E: Tryptophan synthase alpha chain

F: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.093, 159.396, 165.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Tryptophan synthase ... , 2種, 8分子 AGECBHFD

#1: タンパク質	Tryptophan synthase alpha chain 分子量: 28579.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFY1, tryptophan synthase
#2: タンパク質	Tryptophan synthase beta chain 分子量: 43334.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / プラスミド: pMCSG81 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFX9, tryptophan synthase

#1: タンパク質

Tryptophan synthase alpha chain

分子量: 28579.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFY1, tryptophan synthase

#2: タンパク質

Tryptophan synthase beta chain

分子量: 43334.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / プラスミド: pMCSG81 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFX9, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 10種, 822分子

#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	... ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-P1T / 2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]ACRYLIC ACID 分子量: 318.220 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₂O₇P
#6: 化合物	ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン分子量: 132.905 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#7: 化合物	ChemComp-HDJ / (2R,3S,4R)-3-(2',6'-difluoro-4'-methyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-4-(fluoromethyl)azetidine-2-carbonitrile 分子量: 316.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₅F₃N₂
#8: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#9: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#10: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#11: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.22 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 8% Tacsimate, pH 8.0, 20% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 7.0 PH範囲: 7.0~8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月10日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.691→30 Å / Num. obs: 98448 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 43.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.178 / Χ²: 0.775 / Net I/σ(I): 4.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.691-2.75	5.1	0.745	4648	0.61	0.352	0.827	0.689	94.5
2.75-2.8	5.4	0.635	4720	0.727	0.294	0.703	0.693	97
2.8-2.85	5.5	0.615	4810	0.753	0.283	0.68	0.719	97.7
2.85-2.91	5.7	0.578	4832	0.777	0.263	0.638	0.718	98.4
2.91-2.97	5.8	0.562	4857	0.779	0.255	0.619	0.711	99.2
2.97-3.04	6	0.504	4889	0.838	0.228	0.555	0.702	99.7
3.04-3.12	6.1	0.459	4904	0.855	0.206	0.505	0.723	99.5
3.12-3.2	5.7	0.392	4918	0.881	0.182	0.434	0.737	99.8
3.2-3.29	5.9	0.354	4897	0.918	0.16	0.39	0.749	99.9
3.29-3.4	7	0.296	4940	0.959	0.121	0.32	0.742	100
3.4-3.52	7	0.255	4911	0.97	0.104	0.276	0.754	100
3.52-3.66	7	0.199	4959	0.981	0.081	0.215	0.746	100
3.66-3.83	6.9	0.168	4934	0.986	0.069	0.181	0.777	100
3.83-4.03	6.8	0.138	4955	0.99	0.057	0.149	0.793	99.9
4.03-4.28	6.7	0.115	4959	0.993	0.048	0.125	0.791	99.9
4.28-4.61	6.2	0.091	4969	0.995	0.039	0.099	0.824	99.8
4.61-5.07	6.1	0.084	4987	0.995	0.037	0.092	0.831	100
5.07-5.8	7	0.105	5023	0.994	0.043	0.113	0.811	100
5.8-7.3	6.7	0.083	5071	0.996	0.035	0.09	0.829	100
7.3-30	6.2	0.048	5265	0.998	0.021	0.052	1.073	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5TCJ

5tcj

解像度: 2.691→29.899 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2024	1955	1.99 %
R_work	0.1555	-	-
obs	0.1564	98346	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.5 Å² / B_iso mean: 41.9582 Å² / B_iso min: 1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.691→29.899 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19112	0	352	762	20226
B_iso mean	-	-	53.7	39.36	-
残基数	-	-	-	-	2597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	19928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.751	27037
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	3016
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.366	11698

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6913-2.7586	0.359	120	0.2585	6434	6554	93
2.7586-2.8331	0.3381	125	0.2293	6714	6839	98
2.8331-2.9164	0.2585	150	0.2126	6696	6846	98
2.9164-3.0105	0.2478	141	0.2134	6884	7025	100
3.0105-3.118	0.2856	134	0.2048	6843	6977	100
3.118-3.2427	0.2559	152	0.1908	6877	7029	100
3.2427-3.39	0.2326	165	0.1723	6869	7034	100
3.39-3.5685	0.206	129	0.1592	6913	7042	100
3.5685-3.7917	0.1978	161	0.1407	6923	7084	100
3.7917-4.0838	0.1802	141	0.131	6947	7088	100
4.0838-4.4935	0.1645	144	0.1163	6937	7081	100
4.4935-5.1409	0.1391	120	0.1141	7020	7140	100
5.1409-6.4661	0.1636	153	0.1445	7037	7190	100
6.4661-29.9013	0.1602	120	0.1396	7297	7417	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0987	-0.0478	0.0872	0.1143	-0.0516	0.0702	0.1395	0.0229	-0.0309	0.0627	-0.0545	-0.1459	-0.0132	0.0451	0.0009	0.176	0.0173	0.0174	0.2812	0.0509	0.3717	89.2945	-13.0836	21.8847
2	0.048	-0.0119	0.0563	0.0082	-0.0189	0.063	-0.0819	-0.0058	0.1396	0.0623	-0.0471	-0.1977	-0.2078	0.1824	-0.0203	0.1746	-0.0508	0.0248	0.2722	0.0679	0.3969	87.2855	-1.3738	21.2376
3	0.0657	-0.0404	0.0228	0.031	0.0101	0.035	0.0047	0.253	0.0594	0.0711	-0.0326	-0.109	-0.0269	-0.0281	-0	0.2418	0.0242	0.0345	0.3032	0.0724	0.3268	79.2641	-8.0889	9.0901
4	0.0679	-0.0328	-0.0421	0.0101	0.0153	0.0235	-0.0012	0.223	-0.3675	-0.0397	-0.1676	-0.1562	0.1984	0.0822	-0.0041	0.2694	0.0799	0.0078	0.3188	-0.0207	0.4361	89.2209	-23.9215	15.1051
5	0.0082	-0.0121	-0.0176	0.025	-0.007	0.0372	-0.0117	0.1551	0.0059	-0.0686	0.0586	0.1432	-0.1427	0.0256	0.0003	0.1519	0.0155	0.0019	0.2	0.0436	0.1575	58.0095	-5.3444	11.2925
6	0.0098	0.0608	-0.0693	0.0974	-0.1054	0.1116	0.0359	-0.04	-0.0272	-0.0786	0.0098	0.0246	-0.0539	-0.0861	0.0002	0.1412	0.0139	0.0123	0.1281	-0.0074	0.1269	42.5184	-10.241	26.2343
7	0.0746	0.0089	0.0119	0.0295	-0.0089	0.0223	0.0777	-0.2032	-0.1675	0.0347	-0.1037	-0.1541	-0.0017	0.025	-0	0.1633	0.0117	-0.0097	0.2249	0.0651	0.2359	59.124	-17.854	29.2086
8	0.1958	0.1244	-0.1863	0.2964	0.0734	0.2295	0.0501	-0.0396	0.0245	0.0242	-0.0143	-0.0372	-0.0792	0.0259	0	0.152	-0.0038	0.0007	0.1664	0.0184	0.1288	51.2207	2.439	33.193
9	0.1221	0.0241	0.0838	0.2651	-0.1133	0.1187	0.1815	0.0351	-0.1188	-0.1034	0.0128	0.2954	0.0836	-0.0479	0.046	0.1186	0.0371	0.0082	0.2146	-0.042	0.3461	-20.9133	14.5241	9.4822
10	0.0249	-0.0095	-0.0087	0.0506	0.0433	0.0472	0.1312	-0.0445	0.0141	0.0181	-0.0157	0.1372	-0.055	0.049	-0	0.1795	0.0263	0.0115	0.2748	-0.0027	0.2804	-12.0623	22.1953	12.185
11	0.0271	0.0027	0.0029	0.0116	-0.0198	0.0309	0.051	-0.0828	-0.2548	0.1246	0.0296	0.1271	-0.0912	0.0686	0	0.2824	-0.0494	0.0391	0.2485	-0.0345	0.3002	-8.5969	18.4077	22.417
12	0.2174	-0.1083	-0.1072	0.1093	0.0251	0.072	0.0357	-0.3077	-0.2449	0.0307	0.085	0.342	0.1094	0.0408	-0.0054	0.2031	-0.0465	-0.0079	0.3113	0.055	0.4885	-22.2215	5.8996	18.8924
13	0.0504	-0.0069	0.0324	0.0426	0.0209	0.0362	0.0128	-0.1369	-0.0285	-0.024	0.0174	-0.0035	-0.1405	0.0947	0.0008	0.1217	-0.0257	0.0238	0.217	-0.0199	0.1225	11.2914	6.4557	19.8697
14	0.1734	-0.0965	-0.1635	0.4656	0.1223	0.4397	0.0343	-0.0272	-0.0119	-0.0782	-0.0461	0.032	-0.056	-0.0045	0	0.1071	-0.0112	0	0.132	-0.0081	0.1173	16.9779	3.3928	0.468
15	0.0202	0.0199	0.0432	0.0648	0.0583	0.0707	-0.2784	0.2482	-0.1147	-0.6203	0.1833	-0.1008	0.1509	0.0311	-0.0767	0.9992	-0.2783	0.2188	0.3857	-0.222	0.1986	35.4491	-38.5477	-49.1031
16	0.5391	0.0265	0.3269	-0.0008	0.0226	0.2152	-0.3245	0.1586	-0.1386	-0.4392	0.0072	-0.2662	0.275	-0.044	-0.4213	0.7374	-0.042	0.3405	0.2163	-0.0888	0.3181	44.6209	-41.8458	-38.7779
17	0.0865	0.0298	0.1272	0.3235	0.0102	0.3508	-0.3221	0.3861	-0.033	-0.8984	0.1749	-0.266	0.2533	0.1935	-0.232	0.9137	-0.3759	0.2985	0.5933	-0.05	0.1226	44.9023	-28.1021	-51.9465
18	0.009	-0.0022	-0.0046	0.0069	0.0087	0.007	-0.0795	0.0323	-0.0834	-0.1802	0.0965	-0.077	0.0678	0.1888	0	0.3419	0.1161	0.083	0.3213	0.0006	0.3146	46.8857	-33.8042	-18.659
19	0.0141	0.0129	-0.0209	0.0326	-0.0221	0.0245	0.0049	-0.1115	0.031	-0.0672	0.0425	-0.2496	-0.0394	0.109	-0.0001	0.1559	0.018	0.0447	0.2314	0.0054	0.2007	47.7086	-14.7876	-15.7078
20	0.1731	-0.1009	-0.1191	0.438	0.0534	0.36	-0.0445	-0.0051	-0.0219	-0.1035	-0.0431	0.0192	0.1245	-0.0586	-0	0.1678	-0.0141	0.0247	0.111	-0.0172	0.153	29.9264	-24.5516	-12.8482
21	0.0311	0.0084	-0.0372	0.0102	-0.0016	0.0315	0.0119	-0.0484	-0.0817	-0.0374	0.0535	0.1013	0.1737	-0.1494	-0	0.1856	-0.0433	-0.0056	0.2135	0.0087	0.1948	17.102	-22.9552	-5.3759
22	0.2354	0.108	-0.0163	0.3586	0.0913	0.0413	0.0174	-0.0747	-0.0488	0.6069	-0.0395	0.0236	-0.1476	-0.1537	0.0526	0.5489	-0.0267	0.1747	0.2957	0.0178	0.2154	10.1298	-29.7928	82.6532
23	0.0858	-0.0631	-0.0179	0.0631	-0.0201	0.0495	-0.0316	0.0229	-0.0024	0.2969	-0.0395	0.1733	-0.074	-0.0182	-0.0003	0.2677	-0.0443	0.0913	0.1951	0.0235	0.2928	10.7234	-34.5796	71.9071
24	0.0219	-0.0016	-0.0003	0.0081	0.0021	0.0195	-0.0546	-0.015	-0.0394	0.017	0.0433	0.1416	-0.21	0.0243	-0.0001	0.2781	-0.013	0.1457	0.2075	-0.0255	0.3582	0.4074	-25.9486	69.0046
25	0.2994	0.2033	-0.1859	0.1472	-0.1326	0.1398	0.1613	-0.0301	0.1777	0.6271	-0.0573	0.3713	-0.2293	-0.1594	0.168	0.7613	-0.0199	0.1706	0.2134	-0.1157	0.1905	10.0437	-18.3224	82.9402
26	0.0168	-0.0054	-0.0098	0.0026	0.0007	0.0061	-0.0513	0.0641	-0.106	0.0397	-0.0705	0.0804	-0.1052	-0.1289	0	0.1605	-0.0461	-0.0051	0.3755	-0.0373	0.2461	6.2735	-22.9248	49.4075
27	0.2469	0.1899	-0.0997	0.2997	-0.0441	0.1804	0.0192	0.0011	0.0157	0.0198	-0.038	-0.0068	-0.0243	-0.0907	0	0.1222	-0.0065	0.0043	0.172	0.0052	0.1458	24.0141	-16.0886	44.2206
28	0.0316	0.058	-0.0765	0.1068	-0.0251	0.1919	-0.0523	-0.0555	-0.0337	-0.0211	-0.0146	-0.0276	0.2344	0.0112	0	0.1829	-0.0099	0.0265	0.1639	0.0255	0.2028	27.9244	-32.367	42.5946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 85 )	A	8 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 86 through 126 )	A	86 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 127 through 197 )	A	127 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 198 through 267 )	A	198 - 267
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 50 )	B	5 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 51 through 140 )	B	51 - 140
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 141 through 210 )	B	141 - 210
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 211 through 408 )	B	211 - 408
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'G' and (resid 9 through 85 )	G	9 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 86 through 142 )	G	86 - 142
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 143 through 165 )	G	143 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'G' and (resid 166 through 267 )	G	166 - 267
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 4 through 50 )	H	4 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 51 through 407 )	H	51 - 407
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 9 through 97 )	E	9 - 97
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 98 through 165 )	E	98 - 165
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 166 through 265 )	E	166 - 265
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 9 through 31 )	F	9 - 31
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 32 through 64 )	F	32 - 64
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 65 through 379 )	F	65 - 379
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 380 through 407 )	F	380 - 407
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 8 through 69 )	C	8 - 69
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 70 through 142 )	C	70 - 142
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 143 through 165 )	C	143 - 165
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 166 through 266 )	C	166 - 266
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 9 through 31 )	D	9 - 31
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 32 through 271 )	D	32 - 271
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 272 through 407 )	D	272 - 407

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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