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万見
- PDB-6drf: Structure of human Retinal Degeneration 3(RD3) Protein -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6drf
タイトルStructure of human Retinal Degeneration 3(RD3) Protein
要素Protein RD3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Sensory transduction / Vision
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of guanylate cyclase activity / cone photoreceptor outer segment / rod photoreceptor outer segment / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / visual perception / protein transport / retina development in camera-type eye / endosome / perinuclear region of cytoplasm ...negative regulation of guanylate cyclase activity / cone photoreceptor outer segment / rod photoreceptor outer segment / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / visual perception / protein transport / retina development in camera-type eye / endosome / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retinal degeneration protein 3 / RD3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Yu, Q. / Lim, S. / Peshenko, I. / Cudia, D. / Dizhoor, A.M. / Ames, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY012347 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Retinal degeneration 3 (RD3) protein, a retinal guanylyl cyclase regulator, forms a monomeric and elongated four-helix bundle.
著者: Peshenko, I.V. / Yu, Q. / Lim, S. / Cudia, D. / Dizhoor, A.M. / Ames, J.B.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年2月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_seq_id / _citation.country ..._atom_site.auth_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num
改定 2.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein RD3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6021
ポリマ－16,6021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10560 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein RD3 / Retinal degeneration protein 3


分子量: 16601.789 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 19-153 / 変異: R68D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RD3, C1orf36 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z3Z2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic13D HNCA
132isotropic13D HN(CA)CB
142isotropic13D CBCA(CO)NH
152isotropic13D HNCO
172isotropic13D (H)CCH-TOCSY
162isotropic13D CC(CO)NH
182isotropic13D (H)CC(CO)NH
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1102isotropic13D 1H-13C NOESY
1111isotropic13D 1H-15N TOCSY
1122isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.9 mM [U-15N] human RD3, 20 mM D11 TRIS, 3 mM D10 DTT, 50 uM D12 EDTA, 0.04 % w/v sodium azide, 93% H2O/7% D2OThe added 0.04% w/v NaN3 was used to preserve sample over series of 2D NMR experiments.15N_RD393% H2O/7% D2O
solution20.9 mM [U-13C; U-15N] human RD3, 20 mM d11 TRIS, 3 mM d10 DTT, 50 uM d12 EDTA, 0.04 % w/v sodium azide, 93% H2O/7% D2OThe added NaN3 was used to preserve sample over series of 3D NMR experiments.15N,13C_RD393% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMhuman RD3[U-15N]1
20 mMTRISD111
3 mMDTTD101
50 uMEDTAD121
0.04 % w/vsodium azidenatural abundance1
0.9 mMhuman RD3[U-13C; U-15N]2
20 mMTRISd112
3 mMDTTd102
50 uMEDTAd122
0.04 % w/vsodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: RD3 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe8.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.134Goddardchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.47Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.47Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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