[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5d4l: Structure of the apo form of CPII from Thiomonas intermedia K12, ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5d4l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of the apo form of CPII from Thiomonas intermedia K12, a nitrogen regulatory PII-like protein | ||||||
![]() | Nitrogen regulatory protein P-II | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / carbon regulatory PII protein / CPII / nitrogen regulatory PII protein / nucleotide binding / ADP hydrolysis / bicarbonate binding / acetate binding | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | nitrogen regulatory PII superfamily protein | ||||||
![]() | Wheatley, N.M. / Ngo, J. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
![]() | ![]() Title: A PII-Like Protein Regulated by Bicarbonate: Structural and Biochemical Studies of the Carboxysome-Associated CPII Protein. Authors: Wheatley, N.M. / Eden, K.D. / Ngo, J. / Rosinski, J.S. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Collazo, M. / Hoveida, H. / Hubbell, W.L. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 51.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 34.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 435.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5d4nC ![]() 5d4oC ![]() 5d4pC ![]() 5drkC ![]() 5ds7C ![]() 2cz4S ![]() 5d4m C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 12967.990 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: Tint_0114 / Plasmid: pET28 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.74 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 / Details: 20% PEG 3500, 0.15 M LD Malic Acid pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 13, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→71.61 Å / Num. obs: 10491 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 16.96 / Num. measured all: 121103 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2CZ4 Resolution: 2.3→35.806 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 24.27 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.02 Å2 / Biso mean: 34.0123 Å2 / Biso min: 16.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→35.806 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
|