PDB-4cnz: Structure of PII signaling protein GlnZ from Azospirillum brasile...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cnz

タイトル

Structure of PII signaling protein GlnZ from Azospirillum brasilense in complex with adenosine diphosphate

要素

PII-LIKE PROTEIN PZ

キーワード

SIGNALING PROTEIN / GLNK-LIKE

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

AZOSPIRILLUM BRASILENSE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Truan, D. / Li, X.-D. / Winkler, F.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and Thermodynamics of Effector Molecule Binding to the Nitrogen Signal Transduction Pii Protein Glnz from Azospirillum Brasilense.
著者: Truan, D. / Bjelic, S. / Li, X. / Winkler, F.K.

履歴

登録	2014年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月4日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.3	2014年8月13日	Group: Atomic model / Other
改定 1.4	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.5	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.6	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cnz.cif.gz	256.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cnz.ent.gz	211.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cnz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cnz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cnz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cnySC 4co0C 4co1C 4co2C 4co3C 4co4C 4co5C 3mhy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nqj-2 5d8w-2 5z46-2 4ee7-2 5z43-2 7a77-d 2nqh-d 2hes-d 1v9o-d 1gnk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PII-LIKE PROTEIN PZ

B: PII-LIKE PROTEIN PZ

C: PII-LIKE PROTEIN PZ

D: PII-LIKE PROTEIN PZ

E: PII-LIKE PROTEIN PZ

F: PII-LIKE PROTEIN PZ

ヘテロ分子

76.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PII-LIKE PROTEIN PZ

B: PII-LIKE PROTEIN PZ

C: PII-LIKE PROTEIN PZ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: PII-LIKE PROTEIN PZ

E: PII-LIKE PROTEIN PZ

F: PII-LIKE PROTEIN PZ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.324, 87.350, 119.693
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PII-LIKE PROTEIN PZ 分子量: 12287.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) AZOSPIRILLUM BRASILENSE (バクテリア) / 参照: UniProt: P70731
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.17 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0 MM ADP, 0.02 M CACL, 0.1 M NAAC PH 4.6, 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年5月3日詳細: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR AND A TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→43.8 Å / Num. obs: 74797 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.95 % / B_iso Wilson estimate: 21.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 6.52 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CNY

4cny

解像度: 1.7→43.815 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2314	3766	5 %
R_work	0.1921	-	-
obs	0.1941	74782	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.948 Å² / k_sol: 0.341 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7932 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.485 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6918 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.815 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4601	0	162	394	5157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.254	6695
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.929	1861
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	817
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	831

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7215	0.329	139	0.2807	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7215-1.7442	0.2897	149	0.2673	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7442-1.7681	0.2883	123	0.2625	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7681-1.7933	0.339	137	0.2675	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7933-1.8201	0.2685	154	0.246	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8201-1.8485	0.2963	140	0.2397	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8485-1.8789	0.2782	142	0.2243	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8789-1.9113	0.2364	151	0.209	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9113-1.946	0.231	135	0.2013	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9834	0.2437	131	0.2037	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9834-2.0239	0.2506	128	0.2022	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0239-2.0679	0.2076	122	0.2052	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0679-2.116	0.2186	136	0.1978	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.116-2.169	0.2623	129	0.1899	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.2276	0.234	131	0.1956	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2276-2.2931	0.2271	159	0.193	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2931-2.3671	0.2337	167	0.1873	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3671-2.4517	0.2435	146	0.1885	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.5499	0.2543	147	0.195	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5499-2.6659	0.2542	127	0.1903	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6659-2.8065	0.2328	123	0.1997	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8065-2.9823	0.2646	146	0.1831	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9823-3.2125	0.2284	111	0.1807	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2125-3.5356	0.1973	127	0.1674	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5356-4.0469	0.1935	143	0.1671	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0469-5.0975	0.187	153	0.1572	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0975-43.8299	0.2357	170	0.2168	2794	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1166	0.1749	0.2084	1.5061	0.1878	2.0662	-0.0132	0.0907	0.0421	-0.2664	-0.063	0.1621	-0.0809	-0.2414	0.0157	0.0673	0.0204	-0.0348	0.1068	-0.0009	0.0824	38.6421	57.5801	18.3688
2	1.3614	0.0184	-0.0252	1.8054	0.1739	1.5119	0.0485	-0.116	0.0514	0.1866	0.0024	-0.2164	0.0185	0.1028	-0.0184	0.0681	-0.0083	-0.0311	0.0823	0.0082	0.1129	59.0104	57.3935	41.4811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A OR CHAIN B OR CHAIN C
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN D OR CHAIN E OR CHAIN F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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