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- PDB-4ee7: Crystal Structure of the Novel Phenazine Prenyltransferase EpzP i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ee7
タイトルCrystal Structure of the Novel Phenazine Prenyltransferase EpzP in complex with S-thiolodiphosphate (methylated)
要素Prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / PT fold / dihydrophenazine carboxylate prenyltransferase
機能・相同性Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase / prenyltransferase activity / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / Prenyltransferase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces cinnamonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / PHASER / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Zocher, G. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structure-based engineering increased the catalytic turnover rate of a novel phenazine prenyltransferase.
著者: Zocher, G. / Saleh, O. / Heim, J.B. / Herbst, D.A. / Heide, L. / Stehle, T.
履歴
登録2012年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prenyltransferase
B: Prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,68014
ポリマ－67,0982
非ポリマー1,58212
水11,422634
1
A: Prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3587
ポリマ－33,5491
非ポリマー8096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3227
ポリマ－33,5491
非ポリマー7736
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.110, 97.010, 135.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prenyltransferase


分子量: 33549.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cinnamonensis (バクテリア)
遺伝子: epzP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: E5KWG9

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非ポリマー , 5種, 646分子

#2: 化合物 ChemComp-PIS / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / THIOPYROPHOSPHATE


分子量: 193.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3O6P2S
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 200 mM (NH4)2SO4, 30% (w/v) PEG2000MME, 100 mM sodium acetate 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月7日
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→30 Å / Num. all: 65578 / Num. obs: 65469 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.67→1.71 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: PHASER / 解像度: 1.67→29.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.287 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22383 2619 4 %RANDOM
Rwork0.18765 ---
obs0.18908 62847 100 %-
all-62847 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.188 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4480 0 83 634 5197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224718
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.9916431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87237748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0535597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.52523.895190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.84215697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5111522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.52342911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.65841175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1884.54718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58151807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6175.51702
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 189 -
Rwork0.241 4527 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5978-0.13790.50170.6022-0.04680.6146-0.0053-0.02010.1053-0.0077-0.01-0.0146-0.0541-0.01440.01530.0372-0.01930.01550.0141-0.00990.0137-2.487-17.522215.1308
21.5497-0.05580.45220.7271-0.12430.726-0.08380.02530.1240.03210.0168-0.0001-0.10360.02530.0670.01720.0028-0.00710.02680.01720.01945.1736-17.44252.9943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 292
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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