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- PDB-6dr3: Crystal structure of E. coli LpoA amino terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dr3
タイトルCrystal structure of E. coli LpoA amino terminal domain
要素Penicillin-binding protein activator LpoA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TPR-like motifs OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN ACTIVATOR OF PBP1A PEPTIDOGLYCAN
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic side of cell outer membrane / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / enzyme regulator activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell outer membrane / regulation of cell shape / periplasmic space / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein activator LpoA / LppC putative lipoprotein / Lytic transglycosylase, superhelical U-shaped / Periplasmic binding protein-like I / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein activator LpoA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Kelley, A.C. / Saper, M.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the amino-terminal domain of LpoA from Escherichia coli and Haemophilus influenzae.
著者: Kelley, A. / Vijayalakshmi, J. / Saper, M.A.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of the Haemophilus influenzae peptidoglycan synthase activator LpoA suggest multiple conformations in solution.
著者: Sathiyamoorthy, K. / Vijayalakshmi, J. / Tirupati, B. / Fan, L. / Saper, M.A.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Elongated structure of the outer-membrane activator of peptidoglycan synthesis LpoA: implications for PBP1A stimulation.
著者: Jean, N.L. / Bougault, C.M. / Lodge, A. / Derouaux, A. / Callens, G. / Egan, A.J. / Ayala, I. / Lewis, R.J. / Vollmer, W. / Simorre, J.P.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein activator LpoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1781
ポリマ－25,1781
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.001, 70.001, 97.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein activator LpoA / PBP activator LpoA / Lipoprotein activator of PBP from the outer membrane A


分子量: 25178.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lpoA, yraM, b3147, JW3116 / プラスミド: pMCSG7-EcLpoA-N(31-252)
詳細 (発現宿主): Expresses of fusion of His6, TeV cleavage sequence, and EcLpoA-N(31-252)
細胞株 (発現宿主): Origami 2(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2(DE3) / Variant (発現宿主): Origami 2(DE3) / 参照: UniProt: P45464
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % / 解説: needles with square cross-section
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Drops contained 0.5 ul protein and 0.5 ul precipitant and equilibrated against precipitant by vapor diffusion. Protein: 19 mg/ml in 50 mM NaCl, 1 mM dithiothreitol, 50 mM TrisHCl pH 7.5. ...詳細: Drops contained 0.5 ul protein and 0.5 ul precipitant and equilibrated against precipitant by vapor diffusion. Protein: 19 mg/ml in 50 mM NaCl, 1 mM dithiothreitol, 50 mM TrisHCl pH 7.5. Precipitant contained: 0.03 M magnesium chloride hexahydrate, 0.03 M calcium chloride dihydrate, 5% glycerol, 0.1 M Buffer System 1, pH 6.5, 10% PEG 20,000, 17% PEG 550 MME Buffer System 1: 30 mL MES (pH 3.11) was titrated with 24.1 mL Imidazole (pH 10.23) to a final pH of 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97717 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 14791 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 27.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 160798
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.185.70.7614510.6920.3390.8370.91999.6
2.18-2.267.60.56314360.880.2160.6051.039100
2.26-2.378.40.42814400.9310.1570.4570.962100
2.37-2.4910.80.33814540.9690.1070.3550.941100
2.49-2.6511.50.26714420.9810.0820.2790.942100
2.65-2.8513.20.19814760.9920.0560.2060.962100
2.85-3.14140.13614750.9960.0370.1410.976100
3.14-3.5912.60.08314780.9980.0240.0870.997100
3.59-4.5212.90.05515230.9990.0160.0570.985100
4.52-3011.50.04416160.9990.0130.0460.86799

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.91 Å22.7 Å
Translation5.91 Å22.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZO2.3.10データ削減
HKL-20002.3.10データスケーリング
PHASER2.7.2位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P29

4p29


解像度: 2.101→22.697 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 20.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2132 1465 9.99 %
Rwork0.1771 --
obs0.1808 14660 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.63 Å2 / Biso mean: 42.4992 Å2 / Biso min: 14.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.101→22.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1769 0 0 151 1920
Biso mean---40.02 -
残基数----223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4412449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0441116
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1007-2.17570.28121350.24911223135894
2.1757-2.26280.25111440.21812931437100
2.2628-2.36570.26431430.21312961439100
2.3657-2.49020.23941440.204113021446100
2.4902-2.6460.22981440.188812971441100
2.646-2.850.22651480.185213251473100
2.85-3.13610.2071470.189713181465100
3.1361-3.58840.22091480.156913331481100
3.5884-4.51520.17791530.135613621515100
4.5152-22.6980.19011590.177814461605100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1807-1.11730.22714.29281.25944.38170.01680.24760.1072-0.135-0.118-0.198-0.08590.17770.07950.1362-0.0138-0.01250.15630.05680.1552.3786-25.3257-20.136
22.06122.288-1.13375.3034-2.6742.99760.07420.03730.05620.1282-0.01980.0709-0.0408-0.1544-0.05270.1428-0.0235-0.00080.2136-0.00210.1794-13.3947-41.70510.3184
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 111 )A30 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 249 )A112 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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