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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dpn | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 E188A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 200 s at 21 C | ||||||
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![]() | HYDROLASE/RNA/DNA / protein-RNA-DNA complex / double helix / RNA hydrolysis / in crystallo catalysis / metal dependent catalysis / monovalent cations / divalent cations / HYDROLASE-RNA-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cation trafficking propels RNA hydrolysis. 著者: Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 483 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6dmnC ![]() 6dmvC ![]() 6do8C ![]() 6do9C ![]() 6doaC ![]() 6dobC ![]() 6docC ![]() 6dodC ![]() 6doeC ![]() 6dofC ![]() 6dogC ![]() 6dohC ![]() 6doiC ![]() 6dojC ![]() 6dokC ![]() 6dolC ![]() 6domC ![]() 6donC ![]() 6dooC ![]() 6dopC ![]() 6doqC ![]() 6dorC ![]() 6dosC ![]() 6dotC ![]() 6douC ![]() 6dovC ![]() 6dowC ![]() 6doxC ![]() 6doyC ![]() 6dozC ![]() 6dp0C ![]() 6dp1C ![]() 6dp2C ![]() 6dp3C ![]() 6dp4C ![]() 6dp5C ![]() 6dp6C ![]() 6dp7C ![]() 6dp8C ![]() 6dp9C ![]() 6dpaC ![]() 6dpbC ![]() 6dpcC ![]() 6dpdC ![]() 6dpeC ![]() 6dpfC ![]() 6dpgC ![]() 6dphC ![]() 6dpiC ![]() 6dpjC ![]() 6dpkC ![]() 6dplC ![]() 6dpmC ![]() 6dpoC ![]() 6dppC ![]() 1zblS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 Bb
#2: RNA鎖 | 分子量: 1224.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 605.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 16272.427 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic Domain / 変異: E188A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rnhA, BH0863 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 1824.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 6種, 200分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-IOD / #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→19.89 Å / Num. obs: 29802 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 1 % / % possible all: 75.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDBID 1ZBL 解像度: 1.493→19.893 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.493→19.893 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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