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- PDB-6dpi: Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 K196A in... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dpi | ||||||
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Title | Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 K196A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 10 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 40 s at 21 C | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE/RNA/DNA / protein-RNA-DNA complex / double helix / RNA hydrolysis / in crystallo catalysis / metal dependent catalysis / monovalent cations / divalent cations / HYDROLASE-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Cation trafficking propels RNA hydrolysis. Authors: Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 122.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 89.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 484.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 485.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6dmnC ![]() 6dmvC ![]() 6do8C ![]() 6do9C ![]() 6doaC ![]() 6dobC ![]() 6docC ![]() 6dodC ![]() 6doeC ![]() 6dofC ![]() 6dogC ![]() 6dohC ![]() 6doiC ![]() 6dojC ![]() 6dokC ![]() 6dolC ![]() 6domC ![]() 6donC ![]() 6dooC ![]() 6dopC ![]() 6doqC ![]() 6dorC ![]() 6dosC ![]() 6dotC ![]() 6douC ![]() 6dovC ![]() 6dowC ![]() 6doxC ![]() 6doyC ![]() 6dozC ![]() 6dp0C ![]() 6dp1C ![]() 6dp2C ![]() 6dp3C ![]() 6dp4C ![]() 6dp5C ![]() 6dp6C ![]() 6dp7C ![]() 6dp8C ![]() 6dp9C ![]() 6dpaC ![]() 6dpbC ![]() 6dpcC ![]() 6dpdC ![]() 6dpeC ![]() 6dpfC ![]() 6dpgC ![]() 6dphC ![]() 6dpjC ![]() 6dpkC ![]() 6dplC ![]() 6dpmC ![]() 6dpnC ![]() 6dpoC ![]() 6dppC ![]() 1zblS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-RNA chain , 2 types, 2 molecules Bb
#2: RNA chain | Mass: 1224.802 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|---|
#3: RNA chain | Mass: 605.430 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Protein / DNA chain , 2 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 16272.360 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Catalytic Domain / Mutation: K196A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#4: DNA chain | Mass: 1824.228 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 6 types, 218 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/RB.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/RB.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-GOL / #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.46 % / Mosaicity: 0 ° |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 24, 2015 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.35→19.98 Å / Num. obs: 40007 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 16 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 1.8 %
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDBID 1ZBL Resolution: 1.347→19.981 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.347→19.981 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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