PDB-6dnu: Crystal Structure of Neisseria meningitidis DsbD c-terminal domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dnu

タイトル

Crystal Structure of Neisseria meningitidis DsbD c-terminal domain in the oxidised form

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbD

キーワード

OXIDOREDUCTASE / disulphide reductase / Dsb proteins

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-disulfide reductase / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / cytochrome complex assembly / cell redox homeostasis / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.283 Å

データ登録者

Heras, B. / Smith, R.P. / Paxman, J.J.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical insights into the disulfide reductase mechanism of DsbD, an essential enzyme for neisserial pathogens.
著者: Smith, R.P. / Mohanty, B. / Mowlaboccus, S. / Paxman, J.J. / Williams, M.L. / Headey, S.J. / Wang, G. / Subedi, P. / Doak, B.C. / Kahler, C.M. / Scanlon, M.J. / Heras, B.

履歴

登録	2018年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年12月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dnu.cif.gz	112.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dnu.ent.gz	85.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6dnu_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dnu_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6dnu_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	6dnu_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dnlC 6dnvC 6dpsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xdy-d 2l72-d 3lys-2 3qb1-4 1mg4-d 1zeh-d 2ejq-2 3vg5-d 2ed2-d 3djm-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDCJ7associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbD

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbD

ヘテロ分子

28.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.796, 35.796, 188.738
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbD / Protein-disulfide reductase / Disulfide reductase 分子量: 13345.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (strain alpha14) (髄膜炎菌) 株: alpha14 / 遺伝子: dsbD, NMO_1340 / プラスミド: pMCSG7 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: C6S7X6, protein-disulfide reductase
#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 5% w/v PEG 400, 1.7-2.2 M citrate/citric acid pH 7.0 - 7.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 10761 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 44.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / Χ²: 1.225 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.28-2.36	12.7	0.556	1083	1.053	1	100
2.36-2.46	12.7	0.47	1048	1.103	1	100
2.46-2.57	12.8	0.353	1107	1.114	1	100
2.57-2.7	12.8	0.274	1041	1.192	1	100
2.7-2.87	12.8	0.218	1075	1.272	1	100
2.87-3.09	12.8	0.169	1076	1.237	1	100
3.09-3.41	12.7	0.131	1075	1.3	1	100
3.41-3.9	12.2	0.118	1085	1.429	1	99.7
3.9-4.91	11.5	0.091	1068	1.188	1	99.3
4.91-50	12.2	0.079	1103	1.37	1	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.283→35.796 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2569	516	4.82 %
R_work	0.1893	-	-
obs	0.1923	10700	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.15 Å² / B_iso mean: 52.6507 Å² / B_iso min: 27.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.283→35.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1856	0	45	58	1959
B_iso mean	-	-	72.28	52.33	-
残基数	-	-	-	-	233

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2834-2.5131	0.3169	139	0.2094	2522	2661	100
2.5131-2.8766	0.3122	140	0.2106	2526	2666	100
2.8766-3.6237	0.2614	118	0.2146	2583	2701	100
3.6237-35.8004	0.2274	119	0.1692	2553	2672	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.7037	6.1162	4.3539	9.842	2.7838	7.9004	-0.0145	-0.1496	0.4946	0.8174	0.1078	-0.3066	-0.5151	0.064	-0.04	0.4638	0.1394	-0.0679	0.4102	-0.0038	0.5343	12.1438	0.1749	10.4727
2	5.0423	2.0748	-3.0387	3.7824	-1.5153	4.459	-0.0308	0.1234	-0.4627	0.038	0.0043	-0.3344	0.177	-0.3008	-0.0154	0.3132	0.0465	-0.0302	0.3396	0.0426	0.3668	7.8547	-1.1511	-2.3865
3	4.8016	2.8084	-5.4463	6.2986	-0.7653	9.5444	0.2779	0.0848	-0.3603	0.3587	0.2893	0.2636	-0.1568	-1.0682	-0.2812	0.398	0.0882	0.0104	0.4689	0.0881	0.3956	0.903	3.749	0.3432
4	8.1496	-0.532	0.3895	6.248	0.6218	2.5034	-0.142	0.001	1.2709	0.5055	0.3089	-0	-0.4961	-0.3726	-0.2552	0.417	0.063	0.0046	0.3372	-0.0314	0.5074	8.7218	11.3925	-1.9956
5	7.5638	3.4056	-1.051	7.2951	-4.8617	3.6234	0.1645	0.8667	0.5625	-0.5518	-0.1029	-0.3927	0.2334	0.2459	-0.1712	0.5306	0.1022	0.0294	0.4994	0.0802	0.5053	17.9262	-5.4917	16.0186
6	3.3303	1.8369	1.3521	5.0831	1.8379	4.7098	-0.0055	-0.1686	0.4047	0.339	0.0342	0.2464	0.0934	0.0255	0.0005	0.3489	0.0486	-0.0196	0.3122	-0.0132	0.3953	18.5937	-6.8324	32.9768
7	3.7114	4.8035	-2.0696	6.2597	-3.221	8.2511	-0.4355	0.2807	0.0001	-0.3733	0.5204	-0.1718	0.0001	-0.6242	-0.1501	0.3458	0.0911	-0.0307	0.4508	0.0062	0.4774	14.2168	-9.7912	24.4008
8	5.8605	1.7436	-4.6609	3.9667	-0.7881	7.7883	0.6403	2.0974	-1.1245	-0.7408	-0.0715	0.1923	1.6686	0.001	-0.2568	0.5592	0.0017	-0.1195	0.4918	-0.101	0.3865	13.9124	-21.4445	19.8747
9	4.7032	-1.0094	-0.6015	6.7403	-3.6473	8.4433	-0.0143	-0.2937	-0.3637	0.0492	-0.0263	-0.0348	1.0201	0.1697	-0.0369	0.4989	0.1043	-0.0641	0.2937	-0.012	0.4309	21.7012	-17.1535	25.6407
10	7.3823	-2.2005	-3.2348	8.229	-2.1972	5.8317	0.266	1.1414	-0.1974	-0.4484	-0.2457	-0.1424	0.5971	-0.3965	0.2953	0.405	-0.0153	-0.0879	0.4199	-0.0541	0.3684	27.3525	-12.3151	26.1462
11	9.0092	0.6509	-0.6721	9.103	4.7763	2.6393	-0.2669	0.3582	0.0721	0.6119	0.0548	-0.9328	0.1359	1.2332	0.0879	0.3819	0.0038	-0.0324	0.4219	0.0509	0.5965	31.142	-5.6682	30.313

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 23 )	A	0 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 76 )	A	24 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 88 )	A	77 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 89 through 115 )	A	89 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 23 )	B	-1 - 23
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 54 )	B	24 - 54
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 55 through 67 )	B	55 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 68 through 76 )	B	68 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 77 through 88 )	B	77 - 88
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 89 through 103 )	B	89 - 103
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 104 through 115 )	B	104 - 115

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関連情報:EMDBヘッダ

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