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万見
- PDB-6dn7: SPRY domain-containing SOCS box protein 2 complexed with WDINNN(B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dn7
タイトルSPRY domain-containing SOCS box protein 2 complexed with WDINNN(BAL) Cyclic peptide inhibitor
要素
  • SPRY domain-containing SOCS box protein 4
  • WDINNN(BAL) Cyclic peptide inhibitor
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / proteasomal degradation / nitric oxide / inhibitor / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein polyubiquitination / SCF ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction ...positive regulation of protein polyubiquitination / SCF ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily ...: / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WDINNN(BAL) Cyclic peptide inhibitor / SPRY domain-containing SOCS box protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Law, R.H.P. / Caradoc-Davies, T.T. / Norton, R.S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1099428 オーストラリア
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: A Cyclic Peptide Inhibitor of the iNOS-SPSB Protein-Protein Interaction as a Potential Anti-Infective Agent.
著者: Sadek, M.M. / Barlow, N. / Leung, E.W.W. / Williams-Noonan, B.J. / Yap, B.K. / Shariff, F.M. / Caradoc-Davies, T.T. / Nicholson, S.E. / Chalmers, D.K. / Thompson, P.E. / Law, R.H.P. / Norton, R.S.
履歴
登録2018年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
B: WDINNN(BAL) Cyclic peptide inhibitor
C: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
D: WDINNN(BAL) Cyclic peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2196
ポリマ－52,1494
非ポリマー712
水11,530640
1
A: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
ヘテロ分子

D: WDINNN(BAL) Cyclic peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1103
ポリマ－26,0742
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area630 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9670 Å2
2
C: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
ヘテロ分子

B: WDINNN(BAL) Cyclic peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1103
ポリマ－26,0742
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area630 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9230 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.690, 65.440, 69.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SPRY domain-containing SOCS box protein 4 / SSB-4


分子量: 25228.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPSB4, SSB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q96A44
#2: タンパク質・ペプチド WDINNN(BAL) Cyclic peptide inhibitor


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 845.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: WDINNN(BAL) Cyclic peptide inhibitor
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→32.61 Å / Num. obs: 91682 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rpim(I) all: 0.324

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.4→32.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.068 / SU Rfree Blow DPI: 0.066 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.062
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 4651 5.07 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 91680 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4322 Å20 Å2-0.1252 Å2
2---5.8844 Å20 Å2
3---2.4521 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→32.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3134 0 12 642 3788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013327HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.024540HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1113SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes75HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes505HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3327HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion399SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4503SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 369 5.44 %
Rwork0.2224 6412 -
all0.2244 6781 -
obs--98.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9593-0.0055-0.07330.41730.10670.9404-0.01510.0240.0411-0.00320.0227-0.0506-0.00820.1337-0.0076-0.01080.0026-0.0152-0.0313-0.0013-0.0448-1.82358.401132.8364
20.7699-0.07460.22040.3319-0.51982.8251-0.0515-0.24980.03350.04240.1240.0379-0.1583-0.6204-0.0725-0.05960.0388-0.00650.1020.0061-0.106221.90797.68259.4832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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