PDB-6dmq: Crystal structure of the T27A mutant of human alpha defensin HNP4.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dmq

タイトル

Crystal structure of the T27A mutant of human alpha defensin HNP4.

要素

Neutrophil defensin 4

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / HUMAN ALPHA-DEFENSIN / ANTIMICROBIAL PEPTIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / antifungal humoral response / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / azurophil granule / defense response to fungus / transport vesicle / innate immune response in mucosa / Golgi lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Biomembr / 年: 2019
タイトル: Systematic mutational analysis of human neutrophil alpha-defensin HNP4.
著者: Hu, H. / Di, B. / Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Yuan, W. / Gao, P. / Ma, B. / He, Q. / Pazgier, M. / Zhao, L. / Lu, W.

履歴

登録	2018年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dmq.cif.gz	112.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dmq.ent.gz	90.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dmq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dmq_validation.pdf.gz	495.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dmq_full_validation.pdf.gz	500.8 KB	表示
XML形式データ	6dmq_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	6dmq_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/6dmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/6dmq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dmmC 1zmmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xbd-d 1xbd-d 6dmm-6 7cn6-1 6dmm-5 5oay-d 6dmm-2 6dmm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (10) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutrophil defensin 4

B: Neutrophil defensin 4

C: Neutrophil defensin 4

D: Neutrophil defensin 4

E: Neutrophil defensin 4

F: Neutrophil defensin 4

G: Neutrophil defensin 4

H: Neutrophil defensin 4

ヘテロ分子

29.6 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neutrophil defensin 4

B: Neutrophil defensin 4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
7.38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Neutrophil defensin 4

D: Neutrophil defensin 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Neutrophil defensin 4

F: Neutrophil defensin 4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Neutrophil defensin 4

H: Neutrophil defensin 4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.704, 38.989, 71.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	Neutrophil defensin 4 / Defensin / alpha 4 / HNP-4 / HP-4 分子量: 3690.460 Da / 分子数: 8 / 変異: T27A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12838
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 30% MPD 15% PEG 8000 100 mM sodium acetate pH 5.5 100 mM calcium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月7日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 27445 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC_1/2: 0.67 / R_pim(I) all: 0.66 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
PHENIX		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZMM

1zmm

解像度: 1.7→33.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 2.123 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30998	1383	5 %	RANDOM
R_work	0.26909	-	-	-
obs	0.27112	26124	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.974 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.88 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	-2.76 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→33.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1940	0	8	172	2120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.014	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.967	1.667	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.973	1.639	4249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.857	5	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.43	14.667	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.751	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.766	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	411
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.286	1.636	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.285	1.635	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.889	2.443	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.888	2.443	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.448	1.841	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.449	1.843	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.076	2.714	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.737	19.84	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.71	19.563	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	105	-
R_work	0.179	1870	-
obs	-	-	99.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2662	-1.0948	-0.5845	5.787	-0.4933	3.0667	-0.0481	-0.2182	-0.1965	0.2609	-0.0048	0.4137	0.2779	-0.1202	0.0528	0.0443	-0.018	0.0213	0.1132	-0.0205	0.0576	7.4976	2.0968	40.0893
2	3.3706	-0.2114	0.9886	3.5683	0.4338	3.4286	0.0426	0.1034	0.0552	-0.3091	-0.0528	0.2244	0.0187	-0.0904	0.0101	0.028	0.0006	-0.0185	0.0727	-0.0033	0.0206	12.9563	-2.2104	26.929
3	1.777	-0.0369	1.3177	5.8382	0.7669	2.5393	-0.0797	-0.1007	0.2045	0.0776	0.0421	-0.2437	-0.2425	0.1948	0.0376	0.0306	-0.0272	-0.0007	0.1035	-0.0151	0.0413	-5.9748	-16.7632	39.0615
4	1.1644	-0.4106	-0.9056	2.5762	-1.9318	6.1007	0.0072	0.0284	-0.1423	-0.2116	0.0108	0.0638	0.2559	0.0684	-0.0181	0.0212	-0.0106	-0.0057	0.0764	0.0007	0.0224	-13.5821	-11.9075	27.0309
5	1.7018	1.015	-0.3975	5.6703	0.6066	2.0006	-0.0354	0.173	-0.1766	-0.2598	0.0276	-0.485	0.2466	0.1526	0.0078	0.0575	0.0206	0.0235	0.1238	0.01	0.0524	4.9286	2.6016	-6.1292
6	2.5029	0.3894	0.9062	3.3037	-0.5114	4.3832	0.0055	-0.0891	0.1234	0.2324	-0.0577	-0.1971	0.0335	0.0484	0.0522	0.019	-0.0008	-0.0137	0.0751	-0.0012	0.0261	-0.6206	-2.2629	6.675
7	2.017	0.3311	1.0616	5.8763	-0.9764	2.6037	-0.1073	0.0911	0.2228	-0.0837	0.0875	0.1255	-0.2174	-0.2135	0.0197	0.0234	0.0218	-0.0055	0.0911	0.0184	0.0297	18.314	-16.753	-5.4556
8	0.5367	0.3876	-0.6568	2.2665	2.0941	5.5521	0.0307	-0.0221	-0.0695	0.1379	0.0338	-0.0631	0.1532	-0.0078	-0.0645	0.0106	0.0064	-0.0099	0.0693	0.0012	0.0233	26.2235	-11.939	6.1771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 32
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 31

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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