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Yorodumi- PDB-6dmm: Crystal structure of the G23A mutant of human alpha defensin HNP4. -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dmm | ||||||
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Title | Crystal structure of the G23A mutant of human alpha defensin HNP4. | ||||||
Components | Neutrophil defensin 4 | ||||||
Keywords | ANTIMICROBIAL PROTEIN / HUMAN ALPHA-DEFENSIN / ANTIMICROBIAL PEPTIDE | ||||||
Function / homology | Function and homology information Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / antifungal humoral response / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / azurophil granule / defense response to fungus / transport vesicle / innate immune response in mucosa / Golgi lumen ...Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / antifungal humoral response / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / azurophil granule / defense response to fungus / transport vesicle / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / specific granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.67 Å | ||||||
Authors | Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M. | ||||||
Citation | Journal: Biochim Biophys Acta Biomembr / Year: 2019 Title: Systematic mutational analysis of human neutrophil alpha-defensin HNP4. Authors: Hu, H. / Di, B. / Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Yuan, W. / Gao, P. / Ma, B. / He, Q. / Pazgier, M. / Zhao, L. / Lu, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dmm.cif.gz | 169.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dmm.ent.gz | 138.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dmm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/6dmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/6dmm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6dmqC 1zmmS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 3734.512 Da / Num. of mol.: 12 / Mutation: G23A / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P12838 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 30% isopropanol 10% PEG 1500 200 mM lithium sulfate 100 mM sodium acetate pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL14-1 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 7, 2016 |
Radiation | Monochromator: SI (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.67→50 Å / Num. obs: 40384 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 28.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.67→1.7 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Num. unique all: 1991 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.521 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ZMM Resolution: 1.67→34.567 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.5 / Phase error: 28.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.67→34.567 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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