[日本語] English
万見
- PDB-6djk: Structure of DNA polymerase III subunit beta from Rickettsia typh... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6djk
タイトルStructure of DNA polymerase III subunit beta from Rickettsia typhi in complex with a natural product
要素
  • ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
  • Beta sliding clamp
キーワードDNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / SSGCID / BETA SLIDING CLAMP / DNAN / DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA / GRISELMYCIN / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / TRANSFERASE-PEPTIDE complex / DNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia typhi str. Wilmington (発疹熱リケッチア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of DNA polymerase III subunit beta from Rickettsia typhi in complex with a natural product
著者: Abendroth, J. / Conrady, D.G. / Higgins, T.W. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2485
ポリマ－45,0182
非ポリマー2303
水4,414245
1
A: Beta sliding clamp
B: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
ヘテロ分子

A: Beta sliding clamp
B: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,49710
ポリマ－90,0364
非ポリマー4616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area5480 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area33200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.500, 43.730, 83.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / ...Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / DNA polymerase III subunit beta


分子量: 43902.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia typhi str. Wilmington (発疹熱リケッチア)
株: ATCC VR-144 / Wilmington / 遺伝子: dnaN, RT0405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q68WW0
#2: タンパク質・ペプチド ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1115.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Anatrace TOP96 screen, D10: 25 % (w/v) PEG 3350, 200mM Lithium Sulfate, 100mM Bis-Tris: HCl, pH 6.5: RifeA.17987.a.B1.PW38224 at 20mg/ml: soaked for 3.5h with 2.5mM Griselmycin: cryo: 15% EG ...詳細: Anatrace TOP96 screen, D10: 25 % (w/v) PEG 3350, 200mM Lithium Sulfate, 100mM Bis-Tris: HCl, pH 6.5: RifeA.17987.a.B1.PW38224 at 20mg/ml: soaked for 3.5h with 2.5mM Griselmycin: cryo: 15% EG + soak buffer: tray 21006D10: puck WUA6-4.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→38.766 Å / Num. obs: 39292 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.328 % / Biso Wilson estimate: 29.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 19.59 / Num. measured all: 130762
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.93.3120.4942.739609291029010.8890.58999.7
1.9-1.953.3460.3743.719399281428090.9190.44499.8
1.95-2.013.3450.2844.779143274227330.9470.33899.7
2.01-2.073.3580.2186.159024269126870.9720.25999.9
2.07-2.143.3570.1538.478595257325600.9860.18299.5
2.14-2.213.3560.1279.968347250124870.9890.1599.4
2.21-2.293.3460.09712.468133243624310.9930.11599.8
2.29-2.393.3640.07914.557730230622980.9950.09499.7
2.39-2.493.3430.06916.587418223322190.9960.08299.4
2.49-2.623.3450.05719.917118214421280.9970.06899.3
2.62-2.763.3430.04623.226826205320420.9980.05599.5
2.76-2.933.3420.03827.636414193419190.9980.04599.2
2.93-3.133.3220.033326017182218110.9980.03999.4
3.13-3.383.3110.02637.25652171717070.9990.03199.4
3.38-3.73.3060.02342.335045154315260.9990.02798.9
3.7-4.143.3190.02146.864680142014100.9990.02599.3
4.14-4.783.280.01949.534143127012630.9990.02399.4
4.78-5.853.2570.01950.13482108310690.9990.02398.7
5.85-8.273.2040.0248.7926598398300.9990.02498.9
8.27-38.7662.8740.02150.513284954620.9990.02593.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3092精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5W7W-A AS PER MORDA

5w7w


解像度: 1.85→38.766 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.02
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2111 1904 4.85 %0
Rwork0.1729 ---
obs0.1747 39270 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.54 Å2 / Biso mean: 39.9195 Å2 / Biso min: 19.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→38.766 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 94 247 3271
Biso mean--47.68 45.87 -
残基数----376
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.89630.30821250.279226752800100
1.8963-1.94760.32281280.248226492777100
1.9476-2.00490.25641280.216826712799100
2.0049-2.06960.2571210.208326742795100
2.0696-2.14350.24511560.190826172773100
2.1435-2.22930.21621420.184926202762100
2.2293-2.33080.21281180.1826902808100
2.3308-2.45370.26231360.187426512787100
2.4537-2.60740.20481440.180226562800100
2.6074-2.80860.25021700.184126292799100
2.8086-3.09120.23031320.178126982830100
3.0912-3.53820.22321470.172426632810100
3.5382-4.45670.15741260.142927062832100
4.4567-38.77470.17071310.15342767289899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8086-3.29845.13545.9122-0.72926.185-0.0418-0.1050.30890.2144-0.5511-0.5559-0.2515-0.49870.54280.3361-0.0138-0.00970.53540.19020.381124.260637.530839.3134
22.95771.52950.41813.3785-0.9264.80760.0509-0.3370.06370.105-0.1373-0.0858-0.0625-0.02770.08540.17180.0138-0.00540.2812-0.03420.183.723321.934880.5143
33.6124-0.7511-1.8011.22110.38394.11390.00820.26710.0269-0.0186-0.07620.02940.0648-0.24420.06590.17220.0025-0.01740.17930.00350.16998.481124.038152.3182
43.755-0.1021-0.2960.80560.02470.91070.0130.7942-0.0558-0.0263-0.0482-0.12040.04560.17430.04370.24160.0289-0.02240.39830.02770.191331.103321.141243.1409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1001 through 1011 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 0 through 115 )A0 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 116 through 230 )A116 - 230
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 231 through 381 )A231 - 381

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る