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- PDB-6dj4: Crystal Structure of Bacillus thuringiensis Cry1A.105 Tryptic Core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dj4
タイトルCrystal Structure of Bacillus thuringiensis Cry1A.105 Tryptic Core
要素Cry1A.105
キーワードTOXIN / Pesticidal crystal protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Pesticidal crystal protein Cry1Aa, domain IV / : / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain ...Pesticidal crystal protein Cry1Aa, domain IV / : / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Delta-Endotoxin; domain 1 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Crystaline entomocidal protoxin / Pesticidal crystal protein Cry1Ab / Crystaline entomocidal protoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Rydel, T.J. / Sturman, E.J. / Lee, T.C.
引用ジャーナル: Regul. Toxicol. Pharmacol. / 年: 2018
タイトル: Safety of the Bacillus thuringiensis-derived Cry1A.105 protein: Evidence that domain exchange preserves mode of action and safety.
著者: Wang, C. / Li, W. / Kessenich, C.R. / Petrick, J.S. / Rydel, T.J. / Sturman, E.J. / Lee, T.C. / Glenn, K.C. / Edrington, T.C.
履歴
登録2018年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cry1A.105


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5391
ポリマ－66,5391
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area23030 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)124.375, 49.441, 103.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cry1A.105


分子量: 66539.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: cryIA(c) / 発現宿主: Bacillus thuringiensis (バクテリア)
参照: UniProt: O32306, UniProt: V9I164, UniProt: P0A372*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A perfect matching reference sequence is GenBank accession AGN47973.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % / 解説: Rectangular, plate-like
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals were obtained using a precipitant/reservoir solution of 5% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate buffer, pH 6, and 10% isopropanol. Micro-seeding was required to obtain crystals ...詳細: Crystals were obtained using a precipitant/reservoir solution of 5% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate buffer, pH 6, and 10% isopropanol. Micro-seeding was required to obtain crystals sizable enough for X-ray intensity data collection at the synchrotron.
PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→98.25 Å / Num. obs: 11744 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.01→3.11 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1167 / Rsym value: 0.503 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CryIAa

解像度: 3.01→49.124 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2791 558 4.75 %
Rwork0.219 --
obs0.2218 11741 96.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→49.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4551 0 0 27 4578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5416355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6432739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005832
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0064-3.30890.3131430.25632736X-RAY DIFFRACTION96
3.3089-3.78760.30751270.23472799X-RAY DIFFRACTION97
3.7876-4.77130.28251450.21372770X-RAY DIFFRACTION96
4.7713-49.13070.25131430.20112878X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3879-0.65940.35530.8650.60331.1727-0.08530.1840.3028-0.09460.0395-0.18180.09860.1826-00.464-0.04170.040.53010.01590.4978-4.8735-0.327716.284
21.8725-0.060.74030.57760.1331.1386-0.0698-0.07050.1859-0.069-0.02050.0930.0287-0.0181-00.45390.01710.03470.3837-0.01250.4178-27.2391-0.51121.0075
30.9034-0.2710.76660.61050.05892.69720.0851-0.2036-0.17020.03810.09770.04110.1707-0.26170.00010.3815-0.05570.02110.41630.02970.4793-33.2851-7.991225.8902
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 153 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 154 through 345 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 346 through 609 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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