PDB-6dii: Structure of Arabidopsis Fatty Acid Amide Hydrolase in Complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dii

タイトル

Structure of Arabidopsis Fatty Acid Amide Hydrolase in Complex with methyl linolenyl fluorophosphonate

要素

Fatty acid amide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / FAAH / NAE signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / N-acylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase / fatty acid amide hydrolase activity / plant-type vacuole / plastid / lipid catabolic process / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Aziz, M. / Wang, X. / Tripathi, A. / Bankaitis, V. / Chapman, K.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of a plant fatty acid amide hydrolase provides insights into the evolutionary diversity of bioactive acylethanolamides.
著者: Aziz, M. / Wang, X. / Tripathi, A. / Bankaitis, V.A. / Chapman, K.D.

履歴

登録	2018年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dii.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dii.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dii_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dii_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6dii_validation.xml.gz	232.9 KB	表示
CIF形式データ	6dii_validation.cif.gz	306.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/6dii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/6dii	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dhvSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1m7w-d 4upl-d 3odm-3 2xq2-d 5tz1-d 3odm-6 4pex-d 1e6q-1 2dik-d 5ux5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fatty acid amide hydrolase

B: Fatty acid amide hydrolase

C: Fatty acid amide hydrolase

D: Fatty acid amide hydrolase

E: Fatty acid amide hydrolase

F: Fatty acid amide hydrolase

G: Fatty acid amide hydrolase

H: Fatty acid amide hydrolase

I: Fatty acid amide hydrolase

J: Fatty acid amide hydrolase

K: Fatty acid amide hydrolase

L: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

839 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Fatty acid amide hydrolase

B: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Fatty acid amide hydrolase

D: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Fatty acid amide hydrolase

F: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

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140 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Fatty acid amide hydrolase

H: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

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5

I: Fatty acid amide hydrolase

J: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

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6

K: Fatty acid amide hydrolase

L: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

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140 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	225.577, 83.311, 272.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.980, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fatty acid amide hydrolase / N-acylethanolamine amidohydrolase 分子量: 69579.141 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: FAAH, At5g64440, T12B11.3 / プラスミド: pTrcHis2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q7XJJ7, fatty acid amide hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GJY / methyl-9Z,12Z,15Z-octadecatrienylphosphonofluoridate / Methyl alpha-Linolenyl Fluorophosphonate (MLnFP) 分子量: 344.444 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₄FO₂P
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 30% PEG 200, 5% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93.15 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1808 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1808 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 132397 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 64.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.132 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 368215

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.2-3.31	2.3	0.543	10900	0.796	0.405	0.682	1.095	69.1
3.31-3.45	2.3	0.446	11088	0.838	0.33	0.558	1.089	70
3.45-3.6	2.3	0.331	11181	0.893	0.245	0.414	1.077	70.6
3.6-3.79	2.4	0.233	11436	0.951	0.171	0.291	1.085	72.1
3.79-4.03	2.5	0.178	11883	0.971	0.13	0.222	1.066	74.9
4.03-4.34	2.6	0.124	13006	0.986	0.088	0.153	1.029	81.9
4.34-4.78	2.8	0.102	14870	0.991	0.071	0.125	1.044	93.5
4.78-5.47	3.2	0.101	15834	0.993	0.067	0.122	1.048	99.1
5.47-6.89	3.4	0.099	16028	0.995	0.063	0.117	1.018	99.5
6.89-50	3.3	0.042	16171	0.998	0.027	0.05	1.026	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DHV

6dhv

解像度: 3.2→34.614 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2961	6719	5.14 %
R_work	0.2525	-	-
obs	0.2547	130689	81.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 528.11 Å² / B_iso mean: 77.44 Å² / B_iso min: 6.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→34.614 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	55668	0	264	0	55932
B_iso mean	-	-	67.41	-	-
残基数	-	-	-	-	7275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	57126
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.474	77484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	8856
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	10017
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.998	34611

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1781-3.2142	0.4264	139	0.3806	2724	2863	53
3.2142-3.252	0.3999	187	0.3643	3452	3639	70
3.252-3.2916	0.3581	198	0.3638	3522	3720	70
3.2916-3.3333	0.3914	190	0.3619	3488	3678	68
3.3333-3.3771	0.3727	197	0.3656	3457	3654	71
3.3771-3.4233	0.3665	211	0.3672	3539	3750	71
3.4233-3.4722	0.386	203	0.3499	3521	3724	69
3.4722-3.524	0.402	194	0.3457	3529	3723	71
3.524-3.579	0.3833	203	0.32	3637	3840	72
3.579-3.6376	0.3641	196	0.3187	3596	3792	71
3.6376-3.7002	0.3436	180	0.3133	3630	3810	72
3.7002-3.7674	0.3363	193	0.2941	3685	3878	73
3.7674-3.8398	0.3672	176	0.2862	3696	3872	73
3.8398-3.9181	0.3362	198	0.2878	3773	3971	74
3.9181-4.0032	0.3267	215	0.2672	3888	4103	77
4.0032-4.0961	0.2951	194	0.2501	3955	4149	78
4.0961-4.1984	0.2791	208	0.239	4144	4352	81
4.1984-4.3117	0.2618	248	0.2367	4284	4532	85
4.3117-4.4383	0.2623	264	0.2247	4504	4768	90
4.4383-4.5813	0.2738	230	0.2179	4771	5001	94
4.5813-4.7446	0.2702	252	0.209	4853	5105	96
4.7446-4.9341	0.242	281	0.2156	5029	5310	98
4.9341-5.158	0.2595	280	0.2182	4987	5267	99
5.158-5.4289	0.2711	276	0.2109	5019	5295	99
5.4289-5.7676	0.2641	276	0.2152	5062	5338	99
5.7676-6.2106	0.263	280	0.2139	5068	5348	99
6.2106-6.8312	0.2572	301	0.2151	5061	5362	99
6.8312-7.8098	0.2506	290	0.2067	5051	5341	99
7.8098-9.8024	0.2507	227	0.1851	5153	5380	98
9.8024-34.6158	0.2497	232	0.2179	3892	4124	73

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