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- PDB-6dgj: Cronobacter turicensis RpfR quorum-sensing receptor PAS domain in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dgj
タイトルCronobacter turicensis RpfR quorum-sensing receptor PAS domain in complex with BDSF
要素RpfR
キーワードUNKNOWN FUNCTION / quorum sensing / diffusible signal factor / diguanylate cyclase / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / Nucleotide cyclase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
(2Z)-dodec-2-enoic acid / Protein gmr
類似検索 - 構成要素
生物種Cronobacter turicensis
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.294 Å
データ登録者Waldron, E.J. / Neiditch, M.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125452 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110444 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125185 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol. / : 2019
タイトル: Structural basis of DSF recognition by its receptor RpfR and its regulatory interaction with the DSF synthase RpfF.
著者: Waldron, E.J. / Snyder, D. / Fernandez, N.L. / Sileo, E. / Inoyama, D. / Freundlich, J.S. / Waters, C.M. / Cooper, V.S. / Neiditch, M.B.
履歴
登録2018年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RpfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8052
ポリマ-12,6061
非ポリマー1981
68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.932, 29.150, 41.554
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RpfR / Protein gmr


分子量: 12606.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cronobacter turicensis (strain DSM 18703 / LMG 23827 / z3032) (バクテリア)
: DSM 18703 / LMG 23827 / z3032 / 遺伝子: gmr, Ctu_23300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9XTL5
#2: 化合物 ChemComp-GEY / (2Z)-dodec-2-enoic acid / (Z)-2-ドデセン酸


分子量: 198.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C12H22O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 150 mM lithium citrate and 16% (vol/vol) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.294→50 Å / Num. obs: 4004 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / CC1/2: 0.682 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.239 / Χ2: 1.779 / Net I/σ(I): 9.33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.294-2.343.80.6181870.6820.3630.7191.606100
2.34-2.383.90.6672070.640.3810.7711.602100
2.38-2.433.80.5812110.7460.3390.6751.761100
2.43-2.483.90.4811820.8150.2760.5561.659100
2.48-2.533.90.4171930.8340.2460.4851.554100
2.53-2.593.90.4562040.7450.2690.5321.624100
2.59-2.663.90.4662010.7860.2720.5421.716100
2.66-2.7340.4321900.8330.2460.4991.511100
2.73-2.813.90.3181940.8610.1840.3681.634100
2.81-2.940.2892080.8680.1670.3351.632100
2.9-33.90.2561910.9370.1490.2981.803100
3-3.123.90.2352070.9550.1350.2721.734100
3.12-3.2640.1951990.9720.1110.2251.844100
3.26-3.443.90.1991940.9570.1160.2312.019100
3.44-3.653.90.1662080.970.0970.1932.02899.5
3.65-3.933.90.1321920.9820.0770.1532.008100
3.93-4.333.90.1012030.990.0580.1171.912100
4.33-4.953.80.092090.9880.0540.1052.0199.5
4.95-6.243.70.1392030.9820.0830.1631.907100
6.24-503.50.0822210.990.0520.0982.01599.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.294→37.509 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 398 9.95 %
Rwork0.2277 --
obs0.2334 3998 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.8 Å2 / Biso mean: 27.9001 Å2 / Biso min: 1.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.294→37.509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数831 0 35 38 904
Biso mean--27.62 23.12 -
残基数----102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5221146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.681512
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2936-2.62540.36511260.2821178130499
2.6254-3.30740.28351340.243311941328100
3.3074-37.51410.25051380.194712281366100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.47790.29280.29062.2991-1.09442.24830.0705-0.1507-0.13240.35370.1980.08740.2489-0.0827-0.21210.20270.0015-0.0210.11560.00120.13613.836418.276613.2246
21.638-1.96711.37153.1924-1.04511.6142-0.02840.4252-0.02090.0833-0.20220.0139-0.03240.07370.24080.2631-0.01330.03110.1973-0.0250.14289.194325.73981.5726
31.7275-1.1004-0.83253.98520.55592.81360.17490.0763-0.0498-0.2515-0.05810.025-0.19980.1248-0.10940.1914-0.0289-0.04550.0901-0.02250.117511.761726.769910.935
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 116 through 151 )A116 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 152 through 176 )A152 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 224 )A177 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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