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- PDB-6dg0: MEC-8 C-terminal RRM domain bound to AGCACA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dg0
タイトルMEC-8 C-terminal RRM domain bound to AGCACA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*A)-3')
  • Mec-8 protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN/DNA / RNA recognition motif / splicing factor / RNA-binding / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nematode larval development / muscle organ morphogenesis / hemidesmosome assembly / mechanosensory behavior / embryo development ending in birth or egg hatching / neuron development / mRNA binding / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein couch potato, RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Mec-8 protein / Mec-8 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.457 Å
データ登録者Mackereth, C.D. / Soufari, H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of MEC-8 RRM2 in complex with AGCACA
著者: Soufari, H. / Mackereth, C.D.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mec-8 protein
B: Mec-8 protein
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7704
ポリマ－22,7704
非ポリマー00
水1,838102
1
A: Mec-8 protein
D: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3852
ポリマ－11,3852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mec-8 protein
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3852
ポリマ－11,3852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.075, 68.714, 57.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-213-

HOH

21B-217-

HOH

31B-225-

HOH

41B-238-

HOH

51B-241-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mec-8 protein


分子量: 9582.746 Da / 分子数: 2 / 変異: C227A,C266A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mec-8 / プラスミド: pET-GB1a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysY / 参照: UniProt: Q22039, UniProt: G5ECJ4*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 1802.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1mM MES ph6.5, PEG 8000 25%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.457→28.082 Å / Num. obs: 8221 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 31.75 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.05359 / Rrim(I) all: 0.07579 / Net I/σ(I): 9.64
反射 シェル解像度: 2.457→2.544 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.2121 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 658 / CC1/2: 0.932 / % possible all: 76.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1URN

1urn


解像度: 2.457→28.082 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2871 413 5.02 %
Rwork0.235 --
obs0.2376 8221 94.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.457→28.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1278 240 0 102 1620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7792161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.758573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4567-2.81190.37641330.29132426X-RAY DIFFRACTION89
2.8119-3.54150.35191410.26152732X-RAY DIFFRACTION99
3.5415-28.08350.22841390.20242650X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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